其五：治理台灣
施琅認為朝廷應該在台灣和澎湖駐軍，並設立官員進行治理。
他一直將台灣和澎湖視為一個整體，堅決反對放棄台灣，也不讚同隻守澎湖而棄台灣的觀點。
他指出，如果僅僅守衛澎湖而放棄台灣，那麼澎湖就會像孤懸在汪洋大海中的一片薄土，與台灣相隔甚遠，且遠離金門、廈門等地，這樣怎麼能不受製於人呢？
所以，守衛台灣才是鞏固澎湖的根本所在。
施琅主張台灣和澎湖應該同時守衛，兩者相互犄角，聲氣相通，一旦有需要，彼此之間的應援也會更加容易，這樣才能保持安寧。
接著，施琅以一個曆史見證者的身份，站在戰略家的高度，以史為鑒，嚴肅地指出：“昔日鄭成功之所以能夠負隅頑抗，久久不降，就是因為他以台灣為老巢，以澎湖為門戶，四通八達，讓他可以隨意遊移肆虐。”
施琅從反麵論述了留下澎湖就必須留下台灣的道理。
其六：治理方案。
在台灣設置一名總兵，一名水師副將，兩名陸師參將，共計八千名士兵；在澎湖設置一名水師副將，兩千名士兵。
如此一來，總共的兵力可達一萬名，這樣的兵力足以堅守台灣，而且無需額外增加兵力和軍餉開支。
此外，對於防守的總兵、副將、參將、遊擊等官員，規定每三年或兩年就轉調至內地任職，避免他們長期在台灣任職，這將成為一項固定的製度。
施琅不僅對駐軍的安排考慮得十分周全，他還對駐軍與當地人民的關係進行了深思熟慮。
在他的奏疏中提到：“由於此地剛剛開辟，當地的正賦和雜餉都應該予以免除。
目前這一萬名士兵的口糧，可以暫時全部由官府供給。
三年之後開始征收賦稅，這些稅收可以用來輔助軍需。
這樣做既可以寓兵於農，又能滿足實際需求，還可以節省開支，不必完全依賴內地的物資轉運。”
施琅因為曾經親自到過台灣，並對南北兩路進行過考察，所以他的這些設想非常全麵且細致，可以說是深思熟慮後的結果。
這些設想為清廷治理台灣描繪了一幅詳儘的藍圖，為後來的治理提供了重要的參考和指導。
其七：總結。
施琅深知天下形勢的重要性，他認為在謀劃天下局勢時，必須追求萬無一失。
台灣雖然是一個外島，但實際上關係到四個省份的要害之處。
不能因為那裡可以耕種，還能稍稍提供一些軍糧，就認為可以考慮放棄。
即使台灣是一片不毛之地，必須依靠內地運送物資，也絕對不能將其舍棄。
施琅還結合了自清朝順治十八年以來的情況，當時為了躲避賊寇的禍患，竟然將五個省份的邊境地區都畫出來進行遷移。
這種做法導致了一係列的積弊，他毫不顧忌地尖銳指出：
“以我朝的兵力，與前代相比，是何等的強盛。然而當時的封疆大臣們，卻沒有長遠的治國方略，也沒有立誌消滅賊寇的決心。
他們拘泥於眼前的苟且安穩，隻知道用遷移邊境地區的方法來躲避賊寇的禍患，結果使得賊寇的勢力愈發猖獗，而百姓的生活也因此變得顛沛流離。