夫混沌未判，鴻蒙未開之際，有玄元始三炁交感，化生三十六重天闕。其天非雲霧可至，非日月所照，乃大道精微所凝，萬象根源所聚。自太皇黃曾天至皓庭霄度天，層層疊嶂，重重複複，每重皆有無量妙境，諸天仙真各司其職。今且說那大羅天中忽生異變，三十六天罡柱同時震顫，金光迸射三萬裡，雲海翻騰，星河倒懸，驚動三清聖境。
太上老君於八景宮爐前睜目，見八卦爐中真火搖曳，玄都鏡中顯出血色讖文：天罡傾覆，萬象更新。原始天尊在玉虛宮中急敲琉璃磬，聲震九霄；靈寶道君於碧遊宮內速展造化圖，光耀八極。三者共推玄機，但見河圖洛書自行演變，周天星鬥錯位，算得三十六天將曆九百年一大劫，此番劫數尤甚，天道或將重組。恰此時，昆侖山修真的少年道士雲宸，於北鬥星輝最盛之夜，誤闖上古祭壇，觸動了軒轅黃帝所留的天機石，被天罡柱震波卷入霄漢，自此開啟巡天之旅。
初登太皇黃曾天，但見黃金為地，白玉為階，紫氣氤氳如幔，有九頭青鸞銜瓔珞飛舞。天階九千九百級，每級皆刻帝王訓誡。雲宸方定神魂，便見一天官持笏板疾行而來，神色惶急：此天掌人間帝王氣運，今因下界天子失德，致天階崩裂。隨其指引，但見遠處確有赤色裂痕蔓延如蛛網，無數帝王魂魄在裂痕中掙紮哀嚎，其中竟有秦皇漢武之影。忽有黑氣自下界衝起，化作文昌帝君模樣，聲如雷霆：昏君無道，合該我執掌天命！雲宸急取懷中昆侖鏡照去，鏡中顯出其本相——竟是蚩尤殘魂借末法戾氣所化！那魔君見形跡敗露，即揮袖召來陰兵十萬，圍攻天階。
第二重太明玉完天，乃掌文明教化之境。此刻卻見萬卷天書自焚，青煙蔽空，詩仙詞聖皆掩麵泣血。雲宸穿過煙火，遇一白發天女，正以指血修補殘卷：魔頭篡改經文，令《論語》生殺心，《道德經》起貪念。二人追查至譯經閣，見假文昌帝君正將己所不欲勿施於人己所欲必奪於人。閣中七十二賢魂魄被縛，口不能言。雲宸催動真言咒，天女拋出水精梭，經緯交織間終保住最後三頁真經。天女泣曰：此三頁乃文明火種，若失則人間再無真義。正言語間，忽見閣外黑雲壓頂，魔君已追至此天。
第三重清明何童天，此天專司嬰孩純真。瑤池瓊液皆化墨色，赤子之心染斑，轉世天童啼哭不止。假文昌帝君在此播撒早慧塵，令孩童三歲即通算計，五歲便生妄念。雲宸與守護此天的何仙姑共煉百花露，取瑤池根源清泉，采百家灶台煙火，集童真笑語三斛，方成淨化甘露。洗滌三千童心靈台時，忽見下界某戶新生兒綻出無邪笑容，此天便有一星複明，仙姑喜極而泣：純真不滅，天道永存！然魔君已遣座下七情童子來擾，手持惑心鈴，搖動間令人憶起前世種種遺憾。
第四重玄胎平育天掌萬物生長，今見嘉禾變毒草，瑞獸生獠牙。雲宸見一老農模樣的天人正以血澆灌枯苗，問之乃知是神農氏殘魂。得其指點，雲宸往取女媧補天石屑，需經過百毒沼澤，戰勝守護石礦的相柳後裔。取得石屑撒入天田，暫止毒瘴蔓延。忽見東方青光衝天，原是句芒神被困於自己創造的生機牢籠中。
第五重元明文舉天司科舉功名，竟出現買賣天榜的惡市。雲宸假扮應試書生潛入，見有妖魔以壽元換功名，有邪道以陰德購官職。最可歎者，竟有數位前世大儒也在市中等價交換，忘卻君子固窮之訓。雲宸暗訪得知，此市乃魔君利用文曲星暗淡之機所設，專門腐蝕士子之心。
第六重七曜摩夷天控星辰運轉，有妖星篡奪紫微之位。雲宸助北鬥七星布陣，卻見天樞星君暗藏異心。原來其因人間信仰漸衰，竟生怨望之心，暗通假文昌。雲宸以《度人經》點化，星君泣而悔過，共複星辰正道。然紫微星已被魔氣侵染三分，需取銀河核心之水洗滌。
第七重虛無越衡天掌陰陽平衡，今見晝夜倒錯，四時逆行。雲宸尋得南極大帝，共調晷儀，卻遭時光亂流衝擊，險些永困時間裂隙。幸得羲皇殘影指引，方悟陰陽本自同根之理。然調節晷儀時，發現地支錯位，需尋回逃逸的十二元辰。
第八重太極蒙翳天司智慧開蒙，今被知見障籠罩。諸天仙真竟相爭論道可道非常道之義，各執一詞乃至兵戈相向。雲宸示現拈花一笑妙境，暫平爭端，然知心病未除。細查之下，竟是魔君散布真假經卷，令諸仙陷入無限猜疑。
第九重赤明和陽天掌人間溫暖，此刻卻寒冰覆天。查乃假文昌盜取太陽精魄，欲煉焚世之火。雲宸追至湯穀，見十日並出之危象，急請後羿神弓殘影，射落九日幻象。然真正的太陽精魄已被魔君煉入一盞幽冥燈中，需以三昧真火相換。
第十重玄明恭華天司禮法綱常，今見禮崩樂壞。諸侯天官皆僭越本分，孔子虛影歎而撫琴，琴弦儘斷。雲宸取昆侖蠶絲續弦，奏《簫韶》九成，鳳凰來儀，暫定秩序。卻發現禮器儘失，需尋回禹王九鼎方能徹底安定此天。
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十一重耀明宗飄天掌宗族傳承，今見族譜錯亂。神農氏、軒轅氏爭長，堯舜禹相訟。雲宸請出盤古幡影，示現百姓同源之象，眾聖乃慚而止爭。然發現血脈長河被汙染，需取媧皇息壤重塑源流。
十二重竺落皇笳天司音律教化，今聞魔音貫耳。伶倫所製十二律管儘被篡改，宮商錯亂。雲宸憶起師傳《雲門大卷》，以心弦奏之，召來百鳥朝鳳，正本清源。然發現天籟之音被竊，需至南海取天樂神木重製律管。
十三重虛明堂曜天掌光明普照，今被無明幛遮蔽。目連尊者在此煉天眼通，見下界苦難卻不能救，目滴血淚。雲宸與之共發宏願，願力破幛，光耀重現。卻發現光明本源受損，需取燭龍目珠補充。
十四重觀明端靖天司監察善惡，今見照妖鏡蒙塵。千裡眼、順風耳病耳瞽目，雷公電母法器生鏽。雲宸取天河弱水洗鏡，鏡光重現時，照見自身前世竟與假文昌有宿緣！原來雲宸本是文昌帝君一縷善念轉世，與魔君本同源而生。
十五重玄明恭慶天司慶典吉凶，今見喜事成喪。月老紅線儘斷，和合二仙反目。雲宸見哪吒正怒撕姻緣簿，問之乃知因其廟宇冷落而生怨。勸以功德在心不在祀，哪吒慚而重係紅線。然發現吉慶之氣被竊，需至蓬萊取祥瑞寶樹。
十六重太煥極瑤天掌極變之道，今陷僵死之局。玄女推演兵陣竟得死卦，天機老人卦盤崩裂。雲宸擲崆峒印破局，示現窮則變，變則通之妙。然發現變化之機被鎖，需取伏羲卦盤重定玄機。
十七重元載孔升天司功德載錄，今見功過顛倒。閻王送來的功過簿被篡改，忠良錄惡，奸佞記功。雲宸重開判官筆，卻見筆尖滴血——原是書寫太多冤屈所致。需至地府取三生石修正記載。
十八重太安皇崖天掌安定祥和，今現兵戈之象。天兵天將自相殘殺，真武大帝寶劍倒懸。雲宸悟得止戈為武真意，化乾戈為玉帛，卻見假文昌正在暗收戾氣煉刀。需召集四方神獸平定兵禍。
十九重顯定極風天司風雲變幻，今見颶風鎖天。風伯雨師反目，雷公電母相爭。雲宸調解不成，反被卷入風暴眼，得鳳族相助方脫險，然見羽族已與龍族結怨。需調節龍鳳之爭，取定風珠平息風暴。
二十重始黃孝芒天掌孝道倫理，今見倫常崩壞。目連救母卻被斥違天道，黃香溫席反被笑為愚孝。雲宸請出《孝經》真本，光華照處，忤逆者皆慚。然發現孝道之力流失，需至人間取二十四孝圖補充。
二十一重太黃翁重天司長者尊崇，今見少淩長上。彭祖被譏老不死，薑尚被笑無能。雲宸展太極圖，示現家有一老如有一寶之境，少者乃悟。需取壽星杖重整尊卑。
二十二重無思江由天司自在逍遙，今被戒律束縛。赤腳大仙被迫穿履，濟公被逼持戒。雲宸撕破天條卷軸，卻引發更大混亂，方知自在不逾矩之難。需尋莊子殘魂重釋逍遙真義。
二十三重上揲阮樂天司天樂教化，今聞靡靡之音。師曠摔琴，嵇康絕響。雲宸取伏羲琴弦，奏《清角》之音，魔音暫退時見假文昌正在竊取天樂精髓。需集九天真樂重譜天章。
二十四重無極曇誓天司宏願功德，今見誓言反噬。發願者皆遭報應，地藏王地獄不空誓竟成枷鎖。雲宸悟得無住生心妙理，破誓言之障，卻見宏願之力儘被假文昌吸取。需至西天請教如來如何解脫誓約。