混沌初開，鴻蒙始判，天地間有一縷先天清氣，受日月精華千萬年滋養，化形為神，自號昊天氏。彼時三界未定，群魔亂舞，人間哀鴻遍野。昊天氏發下宏願，欲整肅乾坤，乃踏三十六重天，曆一萬七千五百劫，每劫十二萬九千六百年。
這一日，昊天氏行至西昆侖絕頂，見紫氣東來三萬裡，有玄鶴銜丹書而至。展開觀之，乃天地至理凝結的《混元道經》。正參悟時，忽聞下界哭嚎震天，垂目望去，但見九幽血海翻湧，魔祖羅睺率八部天魔吞噬人間。昊天氏歎道：“不破不立，今日當證大道。”
遂取昆侖山五色石，采北極玄冰，納南極真火，煉就一柄昊天劍。劍成之時，三十六重天震動，日月並耀於蒼穹。昊天氏仗劍直下九重，與魔祖戰於不周山下。這一戰打得山崩地裂，羅睺召來億萬裡血雲，昊天劍引動周天星辰，鬥到激烈處，忽見昊天氏頭頂現出畝許大的慶雲，其中三花聚頂，五氣朝元，竟是勘破了混元道果。
魔祖見勢不妙，欲遁入歸墟，卻被昊天劍斬去三首六臂。正當要絕其根本時，西方忽現七彩祥光，有道人乘青牛而來，言道：“天道貴生，魔祖雖惡，亦為造化一環，不如鎮於北冥海眼，以全因果。”昊天氏稽首應諾，自此奠定三界秩序。
鴻鈞道人顯聖，冊封昊天氏為“昊天金闕無上至尊自然妙有彌羅至真玉皇上帝”，統禦諸天，綜領萬聖。登基之日，三十三重天鐘鼓齊鳴，瑤池金母獻蟠桃，老君呈金丹，如來奉金蓮，三界仙真齊聚淩霄寶殿。
然天庭初立，百廢待興。玉帝首頒天條三百六十款，設雷、火、瘟、鬥、水、痘六部正神，又立四海龍王司雨，十殿閻羅掌生死。卻不想諸神久居散漫，常有怠職之事。
這年人間大旱，江淮流域三年不雨，赤地千裡。百姓設壇祈雨，香火直透九重天。玉帝震怒，召四海龍王問罪。東海龍王敖廣伏地請罪：“非臣等瀆職，實是雨部天尊私改雨簿，將江淮雨水儘數撥與其凡間族親。”
玉帝命千裡眼、順風耳查探，果見閩南某縣三年風調雨順，而縣令正是雨部天尊胞弟。玉帝冷笑：“朕初登大寶，便有人試探天威。”即命雷部眾神布設九霄神雷陣，將雨部天尊削去頂上三花，打入輪回。又親執昊天劍，將私改的雨簿一斬為二：“天道無私，豈容徇情！”言畢口含天憲，敕令四海龍王即刻行雨。
但見四海龍王現出萬丈龍身，騰雲駕霧而來。雷公擂鼓，電母照鏡，風伯展袋，雨師灑露。頃刻間甘霖普降，枯木逢春。百姓望空叩拜，感念天恩。
此事方了，西王母來報：“蟠桃園中三千六百株仙樹遭蟲蛀，恐是魔氣侵染。”玉帝親往察看，但見桃葉枯黃，果實萎縮。運慧眼觀之，竟見一絲若有若無的幽冥之氣。遂召地藏王菩薩共查，發現乃當年魔祖羅睺殘存魔念，附於桃蚜之上，欲壞天庭根基。
玉帝沉吟片刻，取瑤池聖水混合三光神水，以太陽真火煆燒七七四十九日，煉成“淨世琉璃瓶”。持瓶繞桃園三周，灑下甘露，魔氣儘消。蟠桃樹重煥生機，花開九重，香溢三十三天。
正值王母壽誕，玉帝特開蟠桃盛會。八洞神仙獻藝，嫦娥起舞，天官賜福。卻見齊天大聖孫悟空盜金丹、竊禦酒，擾亂盛會。玉帝本欲遣天兵擒拿，忽心有所感，歎道：“此猴乃補天石所化，與朕同源而生，殺之不祥。”遂請如來佛祖施法鎮壓於五行山下，留待日後機緣。
三界稍定，玉帝忽感道心波動，知是塵緣未了。原來當年曆劫時，曾有一世為凡間書生，與賣豆腐的老翁有半師之誼。如今老翁轉世七次，今生投在江南為蠶農，正值困頓。玉帝乃化做遊方道士，降臨凡間。
但見桑田枯黃，蠶戶麵有菜色。打聽方知，此地遭了“鬼蠶”之災——蠶寶寶吐絲即斷，戶戶絕收。玉帝夜宿破廟，運神通探查，見一黑氣盤踞蠶神廟。原是當地廟祝勾結妖道，在神像下埋了厭勝之物，欲逼百姓獻童男童女祭祀。
玉帝假意應征廟祝，被引至密室。見妖道正煉邪法，供桌上擺著七盞魂燈。玉帝現出真身，喝曰：“朕統三界，豈容邪祟害民！”妖道大驚，化黑風而逃。玉帝屈指一彈，昊天劍分身追出三千裡，將妖道釘在峨眉山絕壁。又取三光神水灑向桑田，枯木逢春，蠶寶寶重吐銀絲。
蠶農感念，欲為道士立生祠。玉帝笑而不受，踏雲而去時，空中飄落金簡一枚，上書《養蠶真經》。百姓方知遇天帝臨凡，望空叩拜不已。
返回天庭途中，忽見東海惡浪滔天。巡海夜叉來報：“龍王三太子被九頭蟲所困，水晶宮危在旦夕。”玉帝蹙眉：“朕已敕封四海龍王，何妖敢犯天威？”親臨東海，見九頭蟲現萬丈妖身，九個頭顱噴吐毒火玄冰。原來竟是上古相柳遺種，欲奪四海之精修煉魔功。
玉帝脫去九章法服，現出混元道體。頭頂現出畝許慶雲，其中三花旋轉，五氣結成華蓋。也不用法寶，隻將右手一指，喝聲：“定！”周天星辰頓止運轉，萬裡波濤凝如琉璃。九頭蟲九個頭顱齊噴本命毒焰，玉帝張口一吸，竟將毒焰儘數吞入腹中，運三昧真火煉成一顆毒珠。
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“汝修煉不易，奈何逆天行事。”玉帝歎道，將毒珠擲還。九頭蟲被自家毒焰所傷，現出原形——竟是共工怒觸不周山時，濺出的一滴精血所化。玉帝取八景宮燈，將其封印於北冥之眼，永世不得出。
龍王感激涕零，獻上定海神針鐵。玉帝笑道：“此物合該另遇明主。”命龍王好生保管，日後自有緣法。
剛回淩霄殿，忽感心潮湧動。掐指一算，原是當年鎮壓魔祖羅睺時，其一絲殘魂附在昊天劍上，潛入天宮。此刻正蠱惑執掌天條的青童君，欲篡改天道法則。
玉帝急赴天條殿，見青童君雙目赤紅，正在篡改姻緣簿。原來魔魂欲亂三界人倫，使人間夫妻反目，父子成仇，從根本上動搖天庭氣運。
“道友迷了。”玉帝輕歎，頭頂現出混沌珠，照定青童君元神。那魔魂尖嘯欲逃，被玉帝一掌罩住。卻不料魔魂竟自爆本源，汙了三百條天條。玉帝不惜損耗本命元氣，口吐真言，字字化成金色符篆，將破損天條逐一修補。
忽見一道天條崩裂，化作流光墜向凡間。玉帝分神追趕，見那流光投生在一書生之妻腹中。來年此子降生，取名包拯，日後將成為鐵麵無私的判官，補全人間法度——此乃後話。
修補天條畢，玉帝元氣大傷，閉關九九八十一日。出關時忽見三界怨氣升騰，原是人間帝王失德，戰亂四起。玉帝欲降天罰，太白金星諫曰：“天道無為，人道自強。若事事乾預，反失造化之機。”
玉帝頷首：“善。”乃命九天玄女降世，傳授兵法韜略；遣文曲武曲下凡，輔佐明主；又讓四海龍王節製雨水，使惡君之地旱澇交替。不過三年，民心歸附有德之君，天下重歸太平。
這日巡視天河，見織女坐望凡塵，麵有憂色。問之，乃思凡間牛郎。玉帝感其真情，特準每年七月七日鵲橋相會。卻不想開此先例，引得瑤池仙女皆動凡心。