話說大明宣德年間，應天府上元縣有個秀才姓沈名謙，表字文和，祖上三代懸壺濟世，傳至文和這輩卻棄醫從文。其人眉目疏朗，性喜山水，常負笈遊學。這年清明方過，文和攜書童墨鳴往姑蘇訪友，舟行至太湖煙波深處，忽見西北方黑雲壓頂，舟子驚呼：“龍吸水矣！”但見渦旋接天，白浪如山，一葉扁舟如敗絮般卷入旋渦。
文和正惶懼間，忽聞淒楚嗚咽之聲，定睛望去，竟見漩渦中有青衫老者抱木浮沉。當下顧不得凶險，急令舟子拋纜相救。那老丈得救時已氣息奄奄，懷中緊抱個紫檀醫箱，鎏金鎖頭刻著“青囊”二字。文和試其脈象，竟是油儘燈枯之兆，連忙施以祖傳金針之術。
老者蘇醒後長歎：“老朽秦九襄，本欲攜祖傳秘術赴金陵救人，豈料天降橫禍。今蒙君子搭救，願以《青囊經》三卷相贈。”遂開醫箱取出一函古冊，羊皮封麵泛著幽藍光澤。文和推辭道：“小生略通岐黃，豈敢受此重寶？”老者正色道：“醫道貴在傳承，觀君施針手法，乃沈濟舟先生後人。昔年先師與沈公在華山論醫，曾訂下青囊之約...”語未竟忽噴血不止，竟溘然長逝。
文和悲慟不已，依禮將老者葬於太湖西山梅林，守墓三七之期。每夜展卷研讀，方知此經載有“移星換鬥針”、“觀氣辨疽術”等失傳絕學，更有百餘奇方，竟有起死回生之論。期滿那夜忽夢老者執手囑托：“金陵有痘疫將發，可用經中‘百花辟癘湯’解救，然切記醫者七戒，尤不可施術求祿...”
翌日啟程赴金陵，方入城郭便聞滿城悲聲。原來痘疫橫行，十戶九哀。文和憶起夢中囑咐，當即賃下永寧寺旁廢宅，依經方采買藥材。說也奇哉，那藥方需以寅時荷花露配伍，文和夜宿玄武湖采露時，竟見荷叢中浮著個昏迷女童，額間朱砂痣殷紅如血。救醒後問之，乃織造局匠戶蘇氏之女，名喚蘅娘，年方十二，父母皆亡於痘疫。
文和心生惻隱，遂收為藥童。這蘅娘雖年幼，卻穎悟非常，煎藥分劑毫厘不差。更奇者，每與文和同製辟癘湯，藥效便增三分。不過旬日，求醫者塞巷填街。這日忽有豪奴開道，八抬大轎停駐醫廬前，竟是魏國公府長史前來，言府中郡主染疫危殆。文和立即攜蘅娘往診，見那郡主麵紫息微，痘瘡儘黑，顯是毒入膏肓。
依經載秘法，需以金針度穴輔以紫雪丹。施針時蘅娘忽指郡主右臂疑雲：“先生瞧這痘叢中是否隱著青紋？”文和細觀果見蛛網狀青痕，正是經中所言“蛛絲痧”凶兆，急改換“北鬥叩闕”針法。三更時分郡主忽嘔黑血升許，繼而熱退神清。國公大喜，賜金百兩，文和卻謹記夢中戒訓，隻取診資三錢。
誰知這番動靜驚動了太醫院判王濟仁。此人素以“金針王”自詡，聞得文和醫術神妙，假意來訪。恰逢文和出診，王院判在藥房見那《青囊經》抄本，翻至“逆生死脈”篇時瞳孔驟縮——原來宮中貴妃罹患怪疾，症狀與此篇所載一般無二。當夜便有心腹小吏攜厚禮來聘，言明請文和入太醫院供職。文和婉拒道：“山野之人，豈敢聖前獻拙？”
轉眼重陽又至，痘疫漸息。這日文和帶蘅娘登棲霞山采藥，忽於紅葉深處遇一道姑，碧玉拂塵掃過蘅娘額間朱砂痣，愕然道：“此女乃‘藥檀骨’，百年難遇的醫道奇才，然命中帶煞，雙親必遭橫死...”文和慍怒打斷：“仙姑慎言！”道姑卻凝望文和麵容良久，忽擲簽語：“青囊重開日，紫微照影時。欲解生死劫，須尋明月枝。”言罷飄然而去。
臘月裡忽有急症患者叩門，稱是揚州鹽商家眷。文和連夜赴診，歸時卻見醫廬焚為白地，鄰人哭告有官差以“施邪術”為由搜走全部醫書。蘅娘因往雞鳴寺送藥僥幸得免。文和憤然往應天府衙理論，反被以“妄議朝政”收監。原來那王院判治不好貴妃怪疾，恐皇帝降罪，便誣陷文和用巫蠱之術。
陰暗牢中，文和正自悲憤，忽聞鐵鏈響動，獄卒引來個蓬頭垢麵的老囚。那人見文和囚衣下露出金針囊，猛地撲上前抓住針囊暗繡的“沈”字，顫聲問：“公子莫非姑蘇沈濟舟後人？”原來此人竟是三十年前失蹤的禦醫崔文素，與文和祖父乃同門師兄弟。他泣告當年王濟仁為奪師傳《靈樞秘要》，竟在禦藥中做手腳誣陷於他。
崔禦醫夜半咳血將亡，臨終前取出貼身珍藏的半片玉玦：“此乃師門信物，另半片在秦師兄處...《青囊經》實有上下兩卷，下卷載有‘換髓續命法’，然需藥檀骨者為引...”言未儘而氣絕。文和悲慟間忽悟道姑簽語，那“明月枝”莫非指秦淮明月坊？趁獄卒換班時，將玉玦藏於粥碗遞與蘅娘。
且說蘅娘得玉玦後，依文和暗中指點往明月坊尋訪。坊間最有名的卻是位盲眼琴伎，人稱“明月先生”。這女先生撫著玉玦忽然淚下：“秦師兄終究先我而去...”原來她竟是《青囊經》下卷傳人，本與秦九襄有白首之約，因試藥盲雙目，不願連累師兄而隱市井。當下取出一卷銀絲縫合的帛書：“下卷在此，然欲成換髓術，需藥檀骨者以心血為引，施術者亦將折壽...”
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正當蘅娘攜書歸來時，文和在獄中忽被提出。原來貴妃病情加劇，王院判隻得奏稱文和能治，實欲將罪責推卸。宮轎直抬入禁苑，但見貴妃麵色金紙，脈象如雀啄食——正是經中所載“鎖喉風”死症。文和奏曰：“需以金針渡穴，然請赦揚州冤獄七十三人。”皇帝急準。
施針時王院判卻暗中將文和金針偷換為磁針。文和取針時忽覺沉重，心知有詐，當即扯下發帶裹手隔針。九針施罷貴妃嘔出瘀血，王院判突然發難：“逆賊竟用磁針施巫！”文和朗笑：“若非隔以絲帛，磁針早附龍椅金飾。大人怎知針具被換？”皇帝震怒，令查王院判府邸，竟搜出與邊將往來密信，謀逆事發。
文和救駕有功，敕封太醫院判。卻於頒旨當夜掛冠而去，攜蘅娘隱居於太湖西山。每晨啟窗時，總見案頭置著新采藥材，門楣懸起病家答謝的臘肉。這日風雪叩門，開扉見一道姑負垂死者至，竟是當年棲霞山遇者。救醒那人後，道姑忽指蘅娘額間朱砂痣笑曰：“可記得‘紫微照影’之語？”文和驀然驚覺蘅娘眉目竟與貴妃有七分相似。
原來貴妃本有孿生妹妹，幼時因宮闈鬥爭被嬤嬤抱出，流落民間成為織戶女。道姑歎道：“今上無子，貴妃若崩則國本動搖。然貴妃體弱難孕，若尋得胞妹...”蘅娘忽跪泣曰：“願代姊入宮。”文和大驚：“宮門深似海！”蘅娘卻笑：“非貪富貴。先生豈不聞《青囊經》序言：上醫醫國，其次醫人...”
三年後元宵，已為昭儀的蘅娘忽遣內侍密召文和。原來皇帝突發風痹，太後竟令昭儀侍疾——實欲行漢武帝鉤弋故事。文和夜半潛行至宮苑，見蘅娘淚濕羅帕：“妾身有孕矣，然太後已賜鴆酒...”文和憶起《青囊經》末篇“李代桃僵方”，需以醫者心頭血混藥。當即刺胸取血調製藥丸，服後脈象竟與中毒無異。
翌日昭儀“暴斃”，靈柩送出玄武門時，忽有西山醫廬藥童們攔轎哭喪——竟是障眼法。真棺早已換作陶甕，文和於京郊彆院救醒蘅娘時，忽見案頭《青囊經》無風自翻，墨字漸融為秦老丈留書：“青囊非經，仁心為術；破卷得道，舍身成仁。”
忽聞蹄聲如雷，竟是太後心腹追至。文和急攜蘅娘避入深山，產婆驚呼：“娘子是雙胎！”蘅娘氣若遊絲：“請先生以金針取子...”文和手顫不能施針。蘅娘笑撫其手曰：“昔年太湖初遇，妾身本已絕生機，得先生施救多活三載，今又以命續國祚，足矣。”言罷氣絕。
文和抱雙生子立於懸崖，追兵火把已映紅天穹。忽見那道姑乘鶴而至，擲下百花編繩：“係好嬰孩！”待文和係牢雙生子，繩端忽生巨力將嬰兒提上鶴背。道姑朗笑：“青囊一脈不絕，二十年後自有因果！”言畢鶴唳九天，追兵俱驚伏在地。
晨光熹微時，文和獨坐孤峰，掌中半片玉玦忽綻紫光。東望金陵城闕，聞鐘鼓齊鳴——新帝登基矣。山風拂開《青囊經》末頁，顯出秦老丈朱批：“世人所求者長生，醫道所求者舍生。青囊非卷帙，乃代代赴死之心也。”
文和大慟三聲，繼而長笑。擲經於深淵，散金針於雲海，自此浪跡江湖。每逢疫病流行處，總有青衫郎中施藥，民間稱為“青囊客”。有小兒歌謠傳唱：“青囊開，紫微來；明月枝上藥檀栽。金針度儘蒼生厄，不求人間萬戶侯。”
這正是：
太湖煙雨葬遺編，金闕深宵磁針寒。
誰言青囊終湮滅？仁心代代薪火傳。
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