甲寅日，任命左仆射裴寂為司空，每天派遣一名員外郎在他的府邸輪流值班。
二月庚申日，任命齊王李元吉為司徒。
丙子日，朝廷開始命令各州、縣祭祀土地神和穀神，又下令百姓以鄉裡為單位共同建立社廟。各自祭祀祈福、報答神靈，以增進鄉鄰之間的和睦。戊寅日，高祖祭祀土地神和穀神。
丁亥日，突厥侵犯原州，朝廷派遣折威將軍楊毛迎擊。
三月庚寅日，高祖前往昆明池；壬辰日，返回宮中。
癸巳日，吐穀渾、黨項侵犯岷州。戊戌日，益州道行台尚書郭行方進擊眉州反叛的獠人，將其擊敗。
壬寅日，梁師都侵犯邊境，攻陷靜難鎮。
丙午日，高祖前往周氏陂。
辛亥日，突厥侵犯靈州。
乙卯日，高祖返回宮中。
癸醜日，南海公歐陽胤奉命出使突厥，率領隨從五十人謀劃突襲可汗的牙帳；事情泄露，突厥將他囚禁。
丁巳日，突厥侵犯涼州，都督長樂王李幼良擊退敵軍。
戊午日，郭行方在洪州、雅州進擊反叛的獠人，大敗敵軍，俘獲男女五千人。
夏季四月丁卯日，突厥侵犯朔州；庚午日，侵犯原州；癸酉日，侵犯涇州。
戊寅日，安州大都督李靖與突厥頡利可汗在靈州的硤石交戰，從清晨打到下午，突厥才撤退。
太史令傅奕上奏疏請求廢除佛法，說：“佛教起源於西域，言論荒誕且路途遙遠；漢人翻譯胡人的經書，肆意虛假編造。讓不忠不孝之人削發為僧，拜見君主和父母時不行禮；讓遊手好閒之人改換服飾，逃避賦稅徭役。佛教虛假宣揚地獄、餓鬼、畜生三途之苦，荒謬編造天道、人道、阿修羅道、畜生道、餓鬼道、地獄道六道輪回，恐嚇愚昧之人，欺騙平庸之輩。還讓人追悔過去的罪孽，虛妄謀求未來的福報；布施一萬錢，就希望得到一萬倍的回報，持齋一天，就企圖獲得一百天的糧食。於是讓愚昧之人妄求功德，不懼法令禁令，輕易觸犯法律；有人犯下謀反大逆之罪，身陷法網，才在獄中禮佛，企圖免除罪責。況且生死壽夭，取決於自然規律；刑罰恩德、威嚴福祿，掌握在君主手中；貧富貴賤，由功業所決定；而愚蠢的僧人虛假欺詐，都說這一切由佛主宰。竊取君主的權力，擅自掌控自然的力量，這種危害朝政的行為，實在令人痛心！從伏羲、神農到漢朝，都沒有佛法，卻君主英明、臣子忠誠，國運長久。漢明帝開始設立胡人的神靈，西域的僧人自行傳播佛法。西晉以前，國家有嚴格的法令，不允許中原之人擅自剃發為僧。到了苻秦、石趙時期，羌人、胡人擾亂華夏，君主昏庸、臣子奸佞，政治殘暴、國運短促，梁武帝、齊襄公的下場，足以作為明鏡。如今天下的僧尼，數量超過十萬，他們剪裁彩帛，裝飾泥像，爭相搞厭勝邪術，迷惑百姓。請下令讓僧尼婚配，就能形成十萬多戶人家，生育子女後，經過十年養育、十二年教育，就可以補充兵力。天下百姓能避免被蠶食的災禍，知道威嚴福祿的歸屬，那麼妖惑的風氣自然會革除，淳樸的教化就能恢複。我見過齊朝章仇子佗的奏表說：‘僧尼徒眾，耗費國家財物，寺廟佛塔奢侈，浪費金銀布帛。’但因為眾僧依附宰相，在朝廷上詆毀他，眾尼依托妃嬪、公主，暗中誹謗他，章仇子佗最終被囚禁，在鬨市處死。等到周武帝平定北齊，下令為他修建墳墓。我雖然不才，卻私下仰慕他的行為。”
高祖下詔讓百官商議這件事，隻有太仆卿張道源稱讚傅奕的話合理。蕭瑀說：“佛是聖人，而傅奕詆毀他；詆毀聖人的人沒有王法，應當治他的罪。”傅奕說：“人與人之間最重要的倫理，莫過於君臣、父子。佛作為嫡長子卻背叛父親，作為平民卻對抗天子。蕭瑀不是從空桑中出生，卻遵奉這種無父之教。不孝順父母的人就沒有親情，說的就是蕭瑀！”蕭瑀無法反駁，隻是雙手合十說：“設置地獄，正是為了懲罰這種人！”
高祖也厭惡僧人、道士隨意逃避賦稅徭役，不遵守戒律，都像傅奕所說的那樣。另外，寺廟、道觀與市井店鋪相鄰，混雜著屠宰、賣酒的場所。辛巳日，高祖下詔命令有關部門篩選淘汰天下的僧尼、道士、女冠，其中精進勤勉、修養有成的，遷移到大型寺廟、道觀，供給他們衣食，不讓他們短缺；平庸粗俗、品行惡劣的，全部勒令還俗，遣返回鄉。京城保留三座寺廟、兩座道觀，各州各保留一座，其餘的都廢除。
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傅奕性情謹慎周密，擔任占候之職後，斷絕了與他人的交往，所上奏的災異現象，都燒掉底稿，沒有人知道。
癸未日，突厥侵犯西會州。
五月戊子日，虔州胡人成郎等人殺死長史，反叛歸附梁師都；都督劉昮追擊並斬殺了他們。
壬辰日，黨項侵犯廓州。
戊戌日，突厥侵犯秦州。
壬寅日，越州人盧南反叛，殺死刺史寧道明。
丙午日，吐穀渾、黨項侵犯河州。
突厥侵犯蘭州。
丙辰日，朝廷派遣平道將軍柴紹率領軍隊進擊胡人。
六月丁巳日，太白星白天出現。
秦王李世民與太子李建成、齊王李元吉產生矛盾後，認為洛陽是地勢險要的戰略要地，擔心一旦發生變故，想要出兵駐守那裡以自保，於是任命行台工部尚書溫大雅鎮守洛陽，派遣秦府車騎將軍滎陽人張亮率領左右王保等一千多人前往洛陽，暗中結交山東的豪傑之士等待時機，拿出大量金銀布帛，任由他們使用。李元吉告發張亮圖謀不軌，朝廷將張亮交付官吏審訊；張亮始終不說話，朝廷於是釋放了他，讓他返回洛陽。
李建成夜裡召見李世民，設宴飲酒並在酒中下毒，李世民突然心口疼痛，吐了幾升血，淮安王李神通攙扶著他返回西宮。高祖前往西宮探望李世民的病情，告誡李建成說：“秦王向來不能飲酒，從今往後不要再夜裡設宴飲酒了！”接著對李世民說：“首先提出反隋的大計，平定天下，都是你的功勞。我想立你為太子，你卻堅決推辭；況且李建成年長，作為太子已經很久了，我不忍心剝奪他的太子之位。看你們兄弟之間似乎互不相容，住在同一個京城，必然會發生紛爭，我會派你返回行台，駐守洛陽，從陝州以東的地區都歸你管轄。還會讓你設置天子的旌旗儀仗，就像漢朝梁孝王的舊例一樣。”李世民流淚哭泣，以不願遠離父親身邊為由推辭。高祖說：“天下是一家，東都和西都距離很近。我想念你時就會前去看望你，不必悲傷。”李世民即將出發時，李建成、李元吉一起謀劃說：“秦王如果到了洛陽，擁有土地和軍隊，就再也無法控製他了；不如把他留在長安，他不過是個普通人，要除掉他就容易了。”於是秘密讓幾個人上奏密信，說：“秦王的部下聽說要前往洛陽，無不歡欣雀躍，看他們的誌向，恐怕不會再回來了。”又派遣親近寵信的大臣用利害關係勸說高祖。高祖的心意就此改變，這件事又中途停止了。
李建成、李元吉與後宮妃嬪日夜在高祖麵前詆毀李世民，高祖相信了他們的話，準備治李世民的罪。陳叔達勸諫說：“秦王對天下有大功，不能廢黜他。而且他性情剛烈，如果加以壓製，恐怕會承受不住憂愁憤怒，或許會引發難以預料的疾病，陛下到時後悔就來不及了！”高祖才作罷。李元吉秘密請求殺死秦王，高祖說：“他有平定天下的功勞，罪狀還不明顯，用什麼作為借口呢！”李元吉說：“秦王當初平定東都後，觀望不前，不願返回京城，散發金銀布帛來樹立個人恩德，又違背敕命，這不是謀反是什麼！隻需儘快殺了他，還擔心沒有借口嗎！”高祖沒有回應。
秦府的僚屬都擔憂恐懼，不知道該怎麼辦。行台考功郎中房玄齡對於比部郎中長孫無忌說：“如今嫌隙已經形成，一旦禍患突然發生，不僅秦府會覆滅，實在也是國家的憂患；不如勸說秦王效仿周公誅殺管叔、蔡叔的做法，來安定國家。存亡的關鍵，刻不容緩，就在今天！”長孫無忌說：“我早就有這樣的想法，隻是不敢說出口；如今你所說的話，正合我意，我會立刻稟報秦王。”於是入宮向李世民進言。李世民召見房玄齡商議，房玄齡說：“大王的功勞蓋過天地，應當繼承大業；如今麵臨的憂患危險，正是上天的幫助，希望大王不要猶豫！”於是與府屬杜如晦一起勸說李世民誅殺李建成、李元吉。
李建成、李元吉因為秦府有很多勇猛的將領，想要引誘他們為自己所用，秘密將一車金銀器物贈送給左二副護軍尉遲敬德，並且寫信招撫他說：“希望能得到長者的眷顧，以加深我們平民般的交情。”尉遲敬德推辭說：“我尉遲敬德是出身貧寒之人，遭遇隋末戰亂，長期淪落在叛逆之地，罪該萬死。秦王賜予我再生之恩，如今我又在秦府任職，隻能以死報答秦王的恩德；我對殿下沒有功勞，不敢冒昧接受如此厚重的賞賜。如果私下與殿下結交，就是懷有二心，貪圖利益而忘記忠誠，殿下又怎麼會重用這樣的人呢！”李建成大怒，於是與他斷絕來往。尉遲敬德把這件事告訴了李世民，李世民說：“你的忠心像山嶽一樣堅定，即使送來的金子堆積到北鬥星那麼高，我也知道你不會動搖。他送來的東西你就收下，有什麼可顧慮的！而且還能借此了解他的陰謀，難道不是好計策嗎！否則，禍患將會降臨到你身上。”不久後，李元吉派壯士在夜裡刺殺尉遲敬德，尉遲敬德得知後，敞開所有房門，安然入睡，刺客多次來到他的庭院，最終不敢進屋。李元吉於是在高祖麵前詆毀尉遲敬德，朝廷將尉遲敬德關進詔獄審訊，準備殺死他。李世民堅決請求赦免，尉遲敬德才得以幸免。李元吉又詆毀左一馬軍總管程知節，將他外放為康州刺史。程知節對李世民說：“大王的得力助手和親信都快被鏟除殆儘了，您自身又能支撐多久呢！我程知節寧死也不離開，希望大王儘早決斷。”李元吉又用金銀布帛引誘右二護軍段誌玄，段誌玄拒不從命。李建成對李元吉說：“秦府有謀略的士人，值得忌憚的隻有房玄齡、杜如晦罷了。”於是兩人都在高祖麵前詆毀他們，將他們驅逐出秦府。
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李世民的心腹隻有長孫無忌還留在府中，他與舅舅雍州治中高士廉、左候車騎將軍三水人侯君集及尉遲敬德等人，日夜勸說李世民誅殺李建成、李元吉。李世民猶豫不決，向靈州大都督李靖詢問對策，李靖推辭不答；又問行軍總管李世積，李世積也推辭不答；李世民因此更加敬重二人。
恰逢突厥鬱射設率領數萬騎兵屯駐黃河以南，侵入邊塞，包圍烏城，李建成推薦李元吉代替李世民統領各路軍隊北征；高祖批準了，命令李元吉統領右武衛大將軍李藝、天紀將軍張瑾等人援救烏城。李元吉請求讓尉遲敬德、程知節、段誌玄及秦府右三統軍秦叔寶等人隨行，挑選秦王帳下的精銳士兵來補充自己的軍隊。率更丞王晊秘密告知李世民：“太子對齊王說：‘如今你得到秦王的驍將精兵，擁有數萬之眾，我與秦王在昆明池為你餞行，讓壯士在帳幕下將他拉殺，上奏說他突然死亡，皇上應該不會不信。我會讓人進言勸說，讓皇上把國家大事交給我。尉遲敬德等人既然到了你的手中，就應該全部活埋，誰敢不服！’”李世民把王晊的話告訴長孫無忌等人，無忌等人勸說李世民先動手除掉他們。李世民歎息說：“骨肉相殘，是古今最大的惡行。我確實知道禍患就在眼前，但想等他們先發動，然後再以正義之名討伐他們，不也可以嗎！”尉遲敬德說：“人之常情，誰不愛惜生命！如今眾人以死侍奉大王，這是上天授予的機會。禍患即將發生，而大王還安然不以為憂，大王縱然輕視自己，又怎麼對得起宗廟社稷呢！大王如果不聽我的話，我將逃到荒野之中，不能留在大王身邊，白白送死！”長孫無忌說：“不聽尉遲敬德的話，事情現在就會失敗。尉遲敬德等人必定不會再為大王所有，我也會跟隨他們離開，不能再侍奉大王了！”李世民說：“我所說的也並非全不可取，你們再想想彆的辦法。”尉遲敬德說：“大王如今處事猶豫不決，這是不智；麵臨危難不能決斷，這是不勇。況且大王平時蓄養的勇士八百多人，現在在外的已經進入宮中，身披鎧甲、手持兵器，形勢已經形成，大王還能罷休嗎！”
李世民詢問府中僚屬，眾人都說：“齊王凶狠暴戾，終究不會侍奉他的兄長。近來聽說護軍薛實曾對齊王說：‘大王的名字，合起來是“唐”字，大王終究會主持大唐的祭祀。’齊王高興地說：‘隻要除掉秦王，奪取東宮就易如反掌。’他與太子圖謀作亂還未成功，就已經有了奪取太子之位的心思。作亂的野心沒有滿足的時候，什麼事做不出來！如果讓他們二人得誌，恐怕天下就不再是大唐的了。以大王的賢能，除掉他們就像拾取地上的草芥一樣容易，為什麼要固守平民的節操，而忘記國家的大計呢！”李世民仍未決斷，眾人說：“大王認為舜是怎樣的人？”李世民說：“是聖人。”眾人說：“如果舜挖井時不出來，就會成為井中的泥土；粉刷糧倉時不下來，就會成為糧倉上的灰燼，怎麼能恩澤天下、被後世效仿呢！所以，父親用小杖打就接受，用大杖打就逃走，大概是因為要保全更大的利益。”李世民下令占卜，幕僚張公謹從外麵進來，拿起龜甲扔在地上，說：“占卜是為了決斷疑惑；如今事情已經沒有疑惑，還占卜什麼呢！如果占卜結果不吉利，難道就能罷休嗎！”於是定下計策。
李世民讓長孫無忌秘密召見房玄齡等人，房玄齡等人說：“皇上下詔不準我們再侍奉大王；如今如果私下拜見，必定會被處死，不敢遵奉命令。”李世民大怒，對尉遲敬德說：“房玄齡、杜如晦難道背叛我了嗎！”取下自己佩戴的刀交給尉遲敬德說：“你去看看，如果他們沒有來的意思，就砍下他們的首級來見我。”尉遲敬德前往，與長孫無忌一起告知他們：“大王已經下定決心，你們應該儘快入宮共同謀劃。我們四人，不能一起走在路上。”於是讓房玄齡、杜如晦穿上道士服，與長孫無忌一同入宮，尉遲敬德從另一條路也趕到了。
己未日，太白星再次白天出現。傅奕秘密上奏：“太白星出現在秦地的分野，秦王應當擁有天下。”高祖把奏表交給李世民。於是李世民秘密上奏李建成、李元吉淫亂後宮，並且說：“我對兄弟沒有絲毫虧欠，如今他們想要殺我，似乎是在為王世充、竇建德報仇。我現在含冤而死，永遠離開君主和親人，魂魄歸於地下，實在恥於見到那些賊寇！”高祖看了奏表，十分驚愕，回複說：“明天我會審問此事，你應該早點入朝。”
庚申日，李世民率領長孫無忌等人入宮，在玄武門埋伏士兵。張婕妤暗中得知李世民的奏表內容，派人火速告知李建成。李建成召見李元吉商議，李元吉說：“應當率領東宮和齊府的軍隊，稱病不上朝，以觀察形勢。”李建成說：“軍隊防備已經嚴密，我應當與弟弟入朝，親自打聽消息。”於是二人一同入宮，直奔玄武門。高祖當時已經召見了裴寂、蕭瑀、陳叔達等人，準備審問此事。
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李建成、李元吉到達臨湖殿，察覺有變，立刻調轉馬頭向東返回東宮和齊府。李世民跟在後麵呼喊他們，李元吉拉開弓箭射李世民，多次都沒有拉滿弓，李世民射死了李建成。尉遲敬德率領七十名騎兵隨後趕到，身邊的人射死李元吉，李元吉墜馬。李世民的馬受驚跑到樹林裡，被樹枝掛住，墜馬後無法起身。李元吉迅速趕到，奪過弓箭想要扼死李世民，尉遲敬德躍馬嗬斥他。李元吉步行想要逃往武德殿，尉遲敬德追上去射死了他。翊衛車騎將軍馮翊人馮立聽說李建成死了，歎息說：“怎麼能活著接受他的恩德，死了卻逃避他的危難呢！”於是與副護軍薛萬徹、屈咥直府左車騎萬年人謝叔方率領東宮、齊府的精銳士兵兩千人，疾馳前往玄武門。張公謹力氣很大，獨自關閉宮門抵禦他們，使他們無法進入。雲麾將軍敬君弘掌管後宮宿衛，駐紮在玄武門，挺身而出參戰，他的親信阻止他說：“事情還不可知，暫且慢慢觀察變化，等軍隊集結完畢，列陣作戰也不晚。”敬君弘不聽，與中郎將呂世衡大聲呼喊著衝上去，都戰死了。敬君弘是敬顯俊的曾孫。守門的士兵與薛萬徹等人奮力交戰了很久，薛萬徹鼓噪著想要攻打秦府，秦府將士大為恐懼；尉遲敬德手持李建成、李元吉的首級展示給他們看，東宮和齊府的士兵於是潰散，薛萬徹與數十名騎兵逃入終南山。馮立殺死敬君弘後，對他的部下說：“這也足以稍微報答太子了！”於是解散軍隊，逃到荒野中。
高祖正在海池泛舟，李世民派尉遲敬德入宮宿衛，尉遲敬德身披鎧甲、手持長矛，徑直來到高祖麵前。高祖大驚，問道：“今天作亂的是誰？你到這裡來做什麼？”尉遲敬德回答說：“秦王因為太子、齊王作亂，起兵誅殺了他們，擔心驚動陛下，派我前來宿衛。”高祖對裴寂等人說：“沒想到今天會發生這樣的事，該怎麼辦呢？”蕭瑀、陳叔達說：“李建成、李元吉本來就沒有參與反隋的謀劃，又對天下沒有功勞，嫉妒秦王功高望重，共同策劃奸邪之事。如今秦王已經討伐並誅殺了他們，秦王的功勞蓋過宇宙，天下人都歸順他，陛下如果立他為太子，把國家大事托付給他，就不會再發生變故了。”高祖說：“好！這也是我一直以來的心願。”當時宿衛軍隊及秦府士兵與東宮、齊府的殘餘勢力還在交戰，尉遲敬德請求高祖下達親筆敕令，命令各路軍隊都接受秦王的調度，高祖同意了。天策府司馬宇文士及從東上閣門出來宣讀敕令，眾人這才安定下來。高祖又派黃門侍郎裴矩前往東宮曉諭各位將士，將士們都解散了。高祖於是召見李世民，撫摸著他的背說：“近來我幾乎因為聽信讒言而產生了像曾參母親那樣的疑慮。”李世民跪下吮吸高祖的乳頭，放聲痛哭了很久。
李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、钜鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度，都被處死，並且被削除宗族戶籍。
起初，李建成答應李元吉在自己即位後，立他為皇太弟，所以李元吉為他效死力。各位將領想要把李建成、李元吉的左右親信一百多人全部誅殺，抄沒他們的家產，尉遲敬德堅決反對說：“罪責隻在李建成、李元吉二人，他們已經伏法；如果牽連他們的黨羽，不是求得安定的辦法。”於是作罷。當天，朝廷下詔大赦天下。作亂的罪責，隻追究李建成、李元吉，其餘黨羽，一概不問。僧尼、道士、女冠都恢複原樣。國家的各項事務，都由秦王處理。
辛酉日，馮立、謝叔方都主動出來投案；薛萬徹逃亡隱匿，李世民多次派人曉諭他，他才出來。李世民說：“這些人都是忠於自己所侍奉的人，是義士。”於是赦免了他們。
癸亥日，立李世民為皇太子。又下詔：“從今往後，軍隊和國家的各項事務，無論大小，都交給太子決斷，然後再上奏給我。”
臣司馬光說：立嫡長子為太子，是禮的正道。然而高祖之所以能擁有天下，都是太宗的功勞；隱太子李建成因為平庸低劣而位居太宗之上，地位相近、勢力相逼，必然互不相容。如果高祖有周文王的英明，隱太子有泰伯的賢德，太宗有子臧的節操，那麼禍亂怎麼會發生呢！既然不能這樣，太宗起初想要等李建成先發動，然後再回應，這樣的話，事情出於不得已，還算是較好的做法。後來被群臣逼迫，最終導致在宮門喋血，兄弟相殘，被千古譏諷，實在可惜！開創基業、傳授後代的君主，是子孫後代效仿的榜樣，後世中宗、玄宗、肅宗、代宗的皇位傳承，難道不是以太宗的做法為借口嗎！
戊辰日，任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程知節為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。把齊王府的財物、器物全部賞賜給尉遲敬德。
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起初，洗馬魏征經常勸說太子李建成早點除掉秦王，李建成失敗後，李世民召見魏征說：“你為什麼要離間我們兄弟！”眾人都為魏征感到擔憂恐懼，魏征卻舉止自若，回答說：“先太子如果早點聽從我的話，必定不會有今天的災禍。”李世民一向器重他的才能，改變臉色禮遇他，任命他為詹事主簿。又從巂州召回王珪、韋挺，都任命為諫議大夫。
李世民下令釋放宮苑中的鷹犬，停止四方的進貢，讓百官各自陳述治理國家的方法，政令簡潔嚴明，朝廷內外都十分高興。
任命屈突通為陝東大行台左仆射，鎮守洛陽。
益州行台仆射竇軌與行台尚書韋雲起、郭行方不和。韋雲起的弟弟韋慶儉及宗族大多侍奉太子李建成，李建成死後，竇軌誣告韋雲起與李建成同謀反叛，將他逮捕斬首。郭行方恐懼，逃奔京城，竇軌追擊他，沒有追上。
吐穀渾侵犯岷州。
突厥侵犯隴州；辛未日，侵犯渭州。派遣右衛大將軍柴紹迎擊。
廢除益州大行台，設置大都督府。
壬申日，高祖用親筆詔書賜給裴寂等人說：“我應當加尊號為太上皇。”
辛巳日，幽州大都督廬江王李瑗反叛，右領軍將軍王君廓殺死他，將首級傳送到京城。
起初，高祖認為李瑗懦弱膽怯，沒有將帥之才，讓王君廓輔佐他。王君廓原本是盜賊，勇猛強悍、陰險狡詐，李瑗對他推心置腹、倚為心腹，答應與他聯姻。太子李建成圖謀殺害秦王，秘密與李瑗勾結。李建成死後，朝廷下詔派遣通事舍人崔敦禮乘坐驛車召見李瑗。李瑗心中不安，與王君廓商議。王君廓想要捉拿李瑗立功，於是勸說：“大王如果入朝，必定沒有保全的道理。如今你擁有數萬軍隊，為什麼要接受一個使者的召見，自投羅網呢！”於是二人相對而泣。李瑗說：“我現在把性命托付給你，起兵之事就決定了。”於是劫持崔敦禮，詢問京城的機密事務；崔敦禮不屈服，李瑗將他囚禁，派遣驛使征調軍隊，並且召見燕州刺史王詵趕赴薊州，與他商議事情。兵曹參軍王利涉勸說李瑗：“王君廓反複無常，不能把機密大權托付給他，應當早點除掉他，用王詵代替他。”李瑗不能決斷。王君廓得知後，前去拜見王詵，王詵正在洗頭，握著頭發出來見他，王君廓親手殺死他，拿著他的首級告訴眾人：“李瑗與王詵一同反叛，囚禁敕使，擅自征調軍隊。如今王詵已經被誅殺，隻剩下李瑗，他成不了什麼大事。你們是願意跟隨李瑗被滅族，還是願意跟隨我獲取富貴呢？”眾人都說：“願意跟隨您討伐叛賊。”王君廓於是率領麾下一千多人，翻越西城進入城中，李瑗沒有察覺；王君廓進入監獄救出崔敦禮，李瑗才知道事情敗露，迅速率領左右數百人身披鎧甲而出，在門外遇到王君廓。王君廓對李瑗的部下說：“李瑗謀反，你們為什麼要跟隨他陷入絕境呢！”眾人都丟棄兵器潰散。隻剩下李瑗一人，罵王君廓說：“小人出賣我，你也會遭到報應的！”於是捉拿李瑗，將他縊殺。壬午日，任命王君廓為左領軍大將軍兼幽州都督，把李瑗的家眷賞賜給他。崔敦禮是崔仲方的孫子。乙酉日，廢除天策府。
秋季七月己醜日，柴紹在秦州擊敗突厥，斬殺特勒一人，士兵首級一千多顆。
任命秦府護軍秦叔寶為左衛大將軍，又任命程知節為右武衛大將軍，尉遲敬德為右武候大將軍。
壬辰日，任命高士廉為侍中，房玄齡為中書令，蕭瑀為左仆射，長孫無忌為吏部尚書，杜如晦為兵部尚書。癸巳日，任命宇文士及為中書令，封德彝為右仆射；又任命前天策府兵曹參軍杜淹為禦史大夫，中書舍人顏師古、劉林甫為中書侍郎，左衛副率侯君集為左衛將軍，左虞候段誌玄為驍衛將軍，副護軍薛萬徹為右領軍將軍，右內副率張公謹為右武候將軍，右監門率長孫安業為右監門將軍，右內副率李客師為領左右軍將軍。長孫安業是長孫無忌的兄長；李客師是李靖的弟弟。
太子李建成、齊王李元吉的黨羽逃亡藏匿在民間，雖然經過大赦，但仍然心中不安，貪圖賞賜的人爭相告發捕捉他們。諫議大夫王珪把這件事告知太子李世民。丙子日，太子下令：“六月四日以前與東宮、齊王有關聯的事情，七月十七日以前與李瑗有關聯的事情，都不準告發，違反者以誣告罪論處。”
丁酉日，派遣諫議大夫魏征安撫山東地區，允許他根據情況自行處理事務。魏征到達磁州，遇到州縣關押著前太子千牛李誌安、齊王護軍李師行，準備押送到京城，魏征說：“我接受任命的時候，前太子、齊府的左右親信都已被赦免，不再追究；如今又押送李師行等人，那麼誰不會心生疑慮呢！即使派遣使者，人們又誰會相信呢！我不能因為顧慮自身嫌疑，而不為國家考慮。況且既然蒙受國家以國士相待，怎麼敢不以國士的方式報答呢！”於是將他們全部釋放。太子聽說後，十分高興。
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右衛率府鎧曹參軍唐臨出任萬泉縣丞，縣裡關押著十幾名囚犯，恰逢春雨降臨，唐臨釋放他們，讓他們回家耕種，囚犯們都如期返回。唐臨是唐令則弟弟的兒子。
八月丙辰日，突厥派遣使者請求講和。
壬戌日，吐穀渾派遣使者請求講和。
癸亥日，高祖下詔將皇位傳給太子李世民。太子堅決推辭，高祖不允許。甲子日，太宗李世民在東宮顯德殿即位，大赦天下；關內地區及蒲州、芮州、虞州、泰州、陝州、鼎州免除租調兩年，其餘各州免除徭役一年。
癸未日，太宗下詔：“宮中宮女眾多，幽禁在深宮之中實在令人憐憫，應當挑選釋放一部分，讓她們各自回歸親戚身邊，聽任她們嫁人。”
起初，稽胡酋長劉仚成率領部眾投降梁師都，梁師都聽信讒言殺死了他，因此他的部下心生猜忌恐懼，大多前來投降唐朝。梁師都勢力逐漸衰弱，於是前往突厥朝拜，為突厥出謀劃策，勸說突厥入侵唐朝。於是頡利、突利兩位可汗聯合率領十多萬騎兵侵犯涇州，推進到武功，京城實行戒嚴。
丙子日，太宗立妃子長孫氏為皇後。長孫皇後年少時喜愛讀書，言行舉止必定遵循禮法。太宗做秦王時，與太子李建成、齊王李元吉產生矛盾，長孫皇後侍奉高祖，順從各位妃嬪，彌補秦王與他們之間的嫌隙，在內部給予太宗很大幫助。等到正位中宮後，她致力於崇尚節儉，服飾車馬隻滿足所需而已。太宗非常敬重她，曾經與她商議賞罰之事，皇後推辭說：“‘母雞在早晨打鳴，這個家庭就會衰敗’，我是婦人，怎麼敢乾預朝政呢！”太宗再三詢問，她始終不回答。
己卯日，突厥進軍侵犯高陵。辛巳日，涇州道行軍總管尉遲敬德與突厥在涇陽交戰，大敗突厥，擒獲突厥俟斤阿史德烏沒啜，斬首一千多級。
癸未日，頡利可汗進軍到渭水便橋以北，派遣他的心腹執失思力入朝拜見太宗，以窺探唐朝的虛實。執失思力大肆吹噓：“頡利、突利兩位可汗率領百萬大軍，如今已經到達！”太宗斥責他說：“我與你們可汗當麵訂立和親盟約，前後贈送的金銀布帛不計其數。你們可汗背棄盟約，率領軍隊深入我國領土，對我大唐毫無愧疚之心嗎？你們雖然是戎狄之人，也有人心，怎麼能完全忘記大恩，自誇強盛呢？我現在就先斬了你！”執失思力恐懼，請求饒命。蕭瑀、封德彝請求以禮遣送他回去。太宗說：“我現在把他遣送回去，突厥會認為我畏懼他們，就會更加肆意侵犯。”於是將執失思力囚禁在門下省。
太宗親自出玄武門，與高士廉、房玄齡等人騎馬徑直前往渭水邊，與頡利可汗隔河對話，斥責他背棄盟約。突厥人十分驚慌，都下馬列隊跪拜。不久後，各路軍隊陸續趕到，旌旗鎧甲遮蔽原野，頡利可汗見執失思力沒有返回，而且太宗挺身而出、輕率出陣，軍隊陣容十分強盛，麵露懼色。太宗指揮各路軍隊後退排列成陣，獨自留下與頡利可汗對話。蕭瑀認為太宗輕敵，拉住太宗的馬韁繩堅決勸諫，太宗說：“我已經謀劃得很周密了，不是你所能明白的。突厥之所以敢傾全國之力前來，徑直抵達京城郊外，是因為我國內部有禍亂，我剛剛即位，認為我不能抵抗他們的緣故。如果我表現出軟弱，關閉城門堅守，突厥必定會放縱士兵大肆劫掠，再也無法控製。所以我輕裝騎馬獨自出陣，顯示出輕視他們的樣子；又炫耀軍隊的陣容，讓他們知道我軍必定會出戰；出其不意，讓他們失去圖謀。突厥軍隊深入我國領土，必定會有畏懼之心，所以與他們交戰就能取勝，與他們講和就能穩固。製服突厥，就在這一舉動，你隻管看著吧！”當天，頡利可汗前來請求講和，太宗下詔批準。太宗當天返回宮中。乙酉日，太宗又前往城西，殺白馬，與頡利可汗在便橋之上訂立盟約。突厥率領軍隊撤退。
蕭瑀向太宗請教說：“突厥沒有講和的時候，各位將領爭相請求出戰，陛下不允許，我等也感到疑惑，不久後突厥自行撤退，陛下的計策是什麼呢？”太宗說：“我觀察突厥的軍隊雖然眾多但軍容不整，君臣的心思隻在貪圖財物上，當他們請求講和的時候，可汗獨自在渭水西岸，達官貴人都前來拜見我，如果我把他們灌醉後捆綁起來，趁機襲擊他們的軍隊，必定勢如破竹。又命令長孫無忌、李靖在豳州埋伏軍隊等待他們，突厥如果逃奔回去，埋伏的軍隊在前方攔截，大軍在後方追擊，消滅他們易如反掌。我之所以不交戰，是因為我即位時間尚短，國家尚未安定，百姓尚未富足，暫且應當以安撫為主。一旦與突厥交戰，損失會非常大；突厥與我們結怨加深，因畏懼而修整軍備，那麼我就難以實現消滅他們的誌向了。所以我收起鎧甲、隱藏兵器，用金銀布帛引誘他們，他們得到想要的東西，自然會撤退，心誌驕傲懈怠，不再修整防備，然後我們養精蓄銳、等待時機，就能一舉將他們消滅。想要奪取它，必須先暫時給予它，說的就是這個道理。你明白了嗎？”蕭瑀再次跪拜說：“這不是我所能比得上的。”
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