建武元年公元25年）春天正月，方望和安陵人弓林一起，擁立之前的定安公劉嬰做天子，聚集了幾千人，在臨涇駐紮。更始帝派丞相李鬆等人去攻打，把他們全部斬殺。
鄧禹率軍抵達箕關，打敗了河東都尉，接著包圍安邑城。
赤眉軍的兩支部隊在弘農會合。更始帝派討難將軍蘇茂去抵抗，結果蘇茂大敗。這下赤眉軍的力量更壯大了，他們把一萬人編為一個營，總共編了三十個營。三月，更始帝又派丞相李鬆和赤眉軍在蓩鄉交戰，李鬆等人慘敗，三萬多人戰死。赤眉軍於是轉向北，開到湖縣。
蜀郡功曹李熊勸公孫述稱帝。這年夏天四月，公孫述真的登基做了皇帝，國號叫成家，年號龍興；他任命李熊為大司徒，弟弟公孫光為大司馬，公孫恢為大司空。越巂的任貴也獻城投降了公孫述。
蕭王劉秀向北在元氏攻打尤來、大槍、五幡等起義軍，一直追到北平，接連打敗他們；又在順水北麵交戰，劉秀乘勝追擊，因輕敵冒進，反而吃了敗仗。危急時刻，劉秀自己跳下高崖，幸好突騎王豐下馬把馬讓給他，才撿回一條命。敗散的士兵退到範陽據守。軍中一時找不到劉秀，有人說他已經死了，將領們都慌了神，不知道該怎麼辦。吳漢說：“大家振作點！大王哥哥的兒子在南陽，還怕沒有主公嗎！”眾人擔驚受怕了好幾天，軍心才穩定下來。起義軍雖然打了勝仗，但心裡還是害怕劉秀的威名，當天夜裡就悄悄撤走了。劉秀的大軍又追到安次，連續作戰，再次打敗敵軍。起義軍退到漁陽，沿途燒殺搶掠。強弩將軍陳俊對劉秀說：“這些敵人沒有糧草輜重，咱們派輕騎兵繞到他們前麵，讓百姓堅壁清野，斷了他們的糧草，不用打仗就能消滅他們。”劉秀覺得有道理，派陳俊率輕騎兵趕到敵軍前麵，看到百姓的堡壘堅固，就下令堅守；看到野外零散的敵軍，就趁機消滅。起義軍到了之後，什麼都搶不到，最後隻能潰散。劉秀稱讚陳俊：“打敗這些敵人，全靠將軍的好計策！”
馮異給李軼寫信，分析利害，勸他歸附劉秀。李軼知道長安局勢危急，又因為參與殺害劉演，心裡一直不安，就回信說：“我本來就和蕭王一起謀劃複興漢室，現在我守洛陽，將軍你鎮守孟津，我們都處在關鍵位置，這是千載難逢的機會，應該齊心協力。請將軍把我的想法轉達給蕭王，我願意獻上計策，幫助國家安定、百姓安居。”自從李軼回信後，就不再和馮異交戰，所以馮異得以向北攻打天井關，拿下上黨兩座城，又向南攻下河南成皋以東十三個縣，十多萬人投降。武勃率領一萬多人攻打那些投降的地方，馮異在士鄉下迎戰，大敗武勃並將其斬殺，而李軼卻緊閉城門不救。馮異見李軼確實不再作對，就把這些情況詳細報告給劉秀。劉秀回複說：“李軼這人詭計多端，讓人捉摸不透。把他的信轉發給各地郡守、縣尉，讓他們提高警惕。”大家都不理解劉秀為什麼要公開李軼的信。朱鮪聽說後，派人刺殺了李軼，從此洛陽城裡人心惶惶，很多人都出城投降。
朱鮪聽說劉秀向北出征，河內空虛，就派蘇茂、賈強率三萬多人渡過鞏河，攻打溫縣；自己則帶幾萬人攻打平陰，牽製馮異。告急文書傳到河內，寇恂立刻率軍出發，同時傳令各縣，讓他們派兵到溫縣會合。軍吏們都勸他：“洛陽的軍隊不斷渡河，咱們還是等各路兵馬到齊了再出兵吧。”寇恂說：“溫縣是河內的屏障，丟了溫縣，整個河內都守不住。”於是火速趕到溫縣。第二天交戰時，馮異派來的援兵和各縣的軍隊正好趕到，寇恂讓士兵們登上城牆，擂鼓呐喊：“劉公的大軍到了！”蘇茂的軍隊一聽，陣腳大亂。寇恂趁機發起猛攻，大破敵軍。馮異也渡過黃河攻打朱鮪，朱鮪敗逃；馮異和寇恂一路追到洛陽，繞著城轉了一圈才返回。從此洛陽城裡的人驚恐萬分，大白天都緊閉城門。
馮異、寇恂把捷報上奏，將領們紛紛前來祝賀，趁機勸劉秀稱帝。將軍馬武第一個進言說：“大王雖然謙虛，但國家社稷該怎麼辦？應該先登基稱帝，再謀劃征戰。不然現在我們打的到底是誰，又為什麼要拚命打仗呢？”劉秀吃驚地說：“將軍怎麼能說這種話！按律當斬！”隨後就率軍返回薊城。劉秀又派吳漢率領耿弇、景丹等十三位將軍追擊尤來等起義軍，斬殺一萬三千多人，一直追到浚靡才返回。起義軍逃散到遼西、遼東，被烏桓、貊人襲擊，幾乎全軍覆沒。
都護將軍賈複在真定與五校起義軍交戰，身負重傷。劉秀十分震驚：“我一直不讓賈複單獨領兵，就是怕他輕敵，果然出事了，這下損失一員名將！聽說他妻子懷孕了，如果生女兒，我兒子就娶她；如果生兒子，我女兒就嫁給他，絕不讓賈複為家人擔憂。”不久賈複傷愈，在薊城追上劉秀，兩人相見非常高興。大軍回到中山，將領們再次勸劉秀稱帝，劉秀還是不答應。走到南平棘，將領們又堅持請求，劉秀仍然拒絕。將領們剛要退下，耿純上前說：“天下的士人、大夫們，舍棄親人，離開家鄉，跟著大王在戰場上出生入死，就是希望能跟著您成就大業。現在大王遲遲不稱帝，違背大家的期望，我擔心大家的希望破滅，就會萌生去意。人心一旦散了，再想聚攏就難了。”耿純的話情真意切，劉秀深受觸動：“我再好好考慮考慮。”
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劉秀走到鄗縣，把馮異召來，詢問各地的情況。馮異說：“更始帝必定失敗，複興漢室的重任就在大王您身上，應該聽從大家的建議！”這時，儒生強華從關中帶來《赤伏符》，上麵寫著：“劉秀發兵捕不道，四夷雲集龍鬥野，四七之際火為主。”群臣趁機再次上奏請求。六月己未日，劉秀在鄗縣南邊正式稱帝，改年號，大赦天下。
鄧禹圍攻安邑好幾個月都沒打下來，更始帝的大將軍樊參率幾萬人渡過黃河，想攻打鄧禹。鄧禹在解縣南麵迎戰，斬殺樊參。王匡、成丹、劉均又合兵十多萬，一起進攻鄧禹，鄧禹軍隊吃了敗仗。第二天是癸亥日，王匡等人認為這天是六甲窮日，不宜出兵，鄧禹趁機整頓軍隊。甲子日，王匡傾巢而出攻打鄧禹。鄧禹下令軍隊不要輕舉妄動，等敵軍到了營前，才傳令各將領，擂鼓出擊，結果大敗敵軍。王匡等人落荒而逃，鄧禹追擊，斬殺劉均和河東太守楊寶，平定了河東，王匡等人逃回長安。
張卬和將領們商量：“赤眉軍很快就到，咱們離滅亡不遠了，不如搶了長安的東西，向東撤回南陽；要是不行，就再到湖池裡當強盜！”他們一起去勸說更始帝，更始帝聽了大怒，不答應，大家也不敢再提。更始帝派王匡、陳牧、成丹、趙萌駐紮在新豐，李鬆駐紮在槀縣，抵抗赤眉軍。張卬、廖湛、胡殷、申屠建和隗囂合謀，打算在立秋舉行貙膢祭祀的時候，劫持更始帝，實施東歸計劃。更始帝得知消息後，借口生病不出來，把張卬等人召進宮，準備全部殺掉，隻有隗囂稱病不去，還讓門客王遵、周宗等人帶兵守衛。更始帝猶豫不決，張卬、廖湛、胡殷懷疑事情敗露，趕緊衝了出去。隻有申屠建沒來得及跑，被更始帝斬殺，更始帝又派執金吾鄧曄帶兵包圍隗囂的家。張卬、廖湛、胡殷帶兵破門而入，在宮中與更始帝的軍隊交戰，更始帝大敗。隗囂也突圍逃跑，回到天水。第二天一早，更始帝向東逃到新豐，投奔趙萌。更始帝又懷疑王匡、陳牧、成丹和張卬是一夥的，把他們一起召來；陳牧、成丹先到，當場被殺。王匡害怕，帶兵進入長安，和張卬等人會合。
赤眉軍開到華陰，軍中一個齊國巫師，經常邊跳舞邊祭祀城陽景王，還裝瘋說：“景王大怒，說‘你們應該當皇帝，為什麼要當賊！’”誰要是笑話這個巫師，馬上就會生病，整個軍隊人心惶惶。方望的弟弟方陽勸樊崇等人：“將軍您現在有百萬大軍，向西逼近長安，卻沒有個正當名號，被人當成賊，這樣下去不是辦法。不如擁立劉氏宗親，打著正義的旗號討伐，用這個號令天下，誰敢不聽？”樊崇等人覺得有道理，而且巫師的話也越來越神乎。等軍隊開到鄭縣，大家一起商量：“現在離長安很近了，鬼神又這麼顯靈，應該找個劉氏宗親，擁立他當皇帝。”
在這之前，赤眉軍路過式縣時，把原式侯劉萌的三個兒子劉恭、劉茂、劉盆子擄走，讓他們跟隨隊伍。劉恭從小學習《尚書》，後來跟著樊崇等人在洛陽向更始帝投降，被重新封為式侯，還做了侍中，留在長安。劉茂和劉盆子則留在赤眉軍裡，歸右校卒史劉俠卿管，主要負責放牛。
等到樊崇等人想擁立皇帝時，就在軍中尋找城陽景王的後代，找到了七十多個人，其中劉茂、劉盆子和前西安侯劉孝與景王血緣最近。樊崇等人說：“聽說古時候天子帶兵會稱上將軍。”於是他們寫了個木牌，上麵寫著“上將軍”，又把兩張空白木牌一起放進竹筒裡。在鄭縣北邊設了祭壇，祭祀城陽景王，赤眉軍的三老、從事等重要人物都來參加。他們讓劉盆子等三人站在中間，按年齡大小依次伸手摸木牌。劉盆子年紀最小，最後一個摸，結果摸到了寫有“上將軍”的木牌。將領們見狀，紛紛向他稱臣、下拜。
當時劉盆子才十五歲，披頭散發，光著腳，穿著破舊的衣服，身上沾滿汙垢。看到眾人給他行禮，嚇得差點哭出來。劉茂對他說：“好好把木牌藏起來！”劉盆子卻直接把木牌咬碎扔掉了。赤眉軍隨後任命徐宣為丞相，樊崇為禦史大夫，逢安為左大司馬，謝祿為右大司馬，其他人也都封了列卿、將軍等職位。劉盆子雖然做了皇帝，但還是早晚向劉俠卿行禮，還時不時想跑出去找放牛的小夥伴玩耍。劉俠卿總是生氣地攔住他，樊崇等人也不再把他當回事，很少去拜見他。
這年秋天七月辛未日，劉秀派使者拿著符節任命鄧禹為大司徒，封為酂侯，食邑一萬戶。鄧禹當時才二十四歲。接著朝廷又商議選大司空的事，劉秀因為《赤伏符》裡有“王梁主衛作玄武”這句話，就在丁醜日任命野王縣令王梁為大司空。後來又想根據讖文讓平狄將軍孫鹹代理大司馬，大家都不滿意。壬午日，劉秀改任吳漢為大司馬。
當初，更始帝任命琅邪人伏湛為平原太守。那時天下到處都在打仗，隻有伏湛治理的地方很太平，他安撫百姓，治理有方。他的門下督曾謀劃起兵，伏湛把他抓起來殺了。從此，當地官吏和百姓都信任、擁護他，整個平原郡都靠伏湛才得以保全。劉秀征召伏湛做尚書，讓他負責修訂過去的製度。又因為鄧禹西征，就任命伏湛為司直，代理大司徒的事務。劉秀每次外出征戰，伏湛就留下來鎮守後方。
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鄧禹從汾陰渡過黃河，進入夏陽。更始帝的左輔都尉公乘歙率領十萬人，和左馮翊的軍隊一起在衙縣抵抗鄧禹，結果被鄧禹打得大敗而逃。
漢朝宗室劉茂在京縣、密縣之間聚集人馬，自稱厭新將軍，攻下潁川、汝南等地，手下發展到十多萬人。劉秀派驃騎大將軍景丹、建威大將軍耿弇、強弩將軍陳俊去攻打他。劉茂最後投降，被劉秀封為中山王。
己亥日，劉秀來到懷縣，派耿弇、陳俊率軍駐守五社津，防備滎陽以東的敵軍；又讓吳漢率領建義大將軍朱祜等十一位將軍，把朱鮪包圍在洛陽。八月，劉秀前往河陽。
李鬆從槀縣帶兵返回，和更始帝、趙萌一起在長安攻打王匡、張卬。雙方打了一個多月，王匡等人戰敗逃走，更始帝隻好搬到長信宮居住。赤眉軍開到高陵時，王匡、張卬等人出城投降，然後聯合起來進攻長安東都門。李鬆出城迎戰，被赤眉軍活捉。李鬆的弟弟李況是城門校尉，他打開城門，放赤眉軍進城。九月，赤眉軍進入長安，更始帝隻能單人匹馬從廚城門逃跑。
式侯劉恭因為赤眉軍立了自己的弟弟劉盆子當皇帝，就把自己關進了詔獄。聽說更始帝逃跑後，他才出獄，去見定陶王劉祉。劉祉幫他解開刑具，兩人一起在渭河邊找到了更始帝。右輔都尉嚴本擔心更始帝被赤眉軍抓到會連累自己，就帶著更始帝到了高陵，說是派兵保護他，實際上是把他軟禁起來。更始帝的將相們紛紛向赤眉軍投降，隻有丞相曹竟寧死不屈，手持寶劍戰鬥到死。
辛未日，劉秀下詔書封更始帝為淮陽王，還下令：官吏和百姓誰敢傷害他，就按大逆之罪論處；要是把他送到官府，就封為列侯。
從前，宛縣有個叫卓茂的人，為人寬厚仁慈，恭敬友愛，淡泊名利，喜歡追求高尚的道德和學問。他為人樸實，不做表麵功夫，行事有自己的原則。從年輕時到年老，他從沒和人起過爭執。鄉裡的老朋友，即使品行才能和他不一樣，也都非常敬愛他。漢哀帝、漢平帝年間，卓茂擔任密縣縣令，他把百姓當作自己的孩子，提拔善良的人，教化百姓，從來不說傷人的話。官吏和百姓都很愛戴他，不忍心欺騙他。
有一次，有個百姓說當地亭長收了他送的米和肉。卓茂問：“亭長是向你索要的，還是你有事請他幫忙才送的，又或者是平時出於感激自願送的？”百姓說：“是我自己去送的。”卓茂又問：“你自願送他，他也接受了，那你為什麼還要說呢？”百姓回答：“我聽說賢明的君主，能讓百姓不怕官吏，官吏也不向百姓索取財物。現在我怕官吏，所以才送東西；官吏既然最終收了，我就來向您報告。”
卓茂說：“你真是個不懂道理的百姓！人之所以能聚在一起生活而不混亂，和禽獸不一樣，就是因為人有仁愛禮義，懂得互相尊重。你自己不想修養品德，難道還能飛到天上、跑到遠方，不在人間生活嗎？官吏隻是不應該憑借權勢強行索取東西。這個亭長向來是個好官吏，你在過年過節時送他東西，這是合乎禮節的。”百姓又問：“如果是這樣，法律為什麼要禁止呢？”卓茂笑著說：“法律製定的是大原則，而禮是順應人情的。現在我用禮來教導你，你一定不會有怨言；但如果用法律來治你的罪，你連手腳都不知道該往哪兒放了！在一個家庭裡，小錯可以批評教育，大錯甚至可以殺頭。你回去好好想想吧。”
卓茂剛到密縣時，對一些政務的處理方式，官吏和百姓都嘲笑他，鄰城的人聽說後也都譏笑他沒本事。河南郡為此還給他派了個代理縣令。但卓茂並不在意，依然像往常一樣處理政務。幾年後，他推行的教化取得了顯著成效，密縣路不拾遺。後來他升任京部丞，密縣的男女老少都哭著送他。王莽攝政時，卓茂因病辭官回家。劉秀即位後，第一時間派人尋訪卓茂，那時卓茂已經七十多歲了。甲申日，劉秀下詔書說：“聲名天下第一的人，應當接受天下最重的獎賞。現在任命卓茂為太傅，封為褒德侯。”
司馬光評論說：孔子說“推舉善良的人並教育百姓，能力不足的人就會受到勉勵”，所以舜推舉皋陶，湯推舉伊尹，那些不仁的人就遠離了，這是因為有德行的人起了作用。劉秀剛即位的時候，各路英雄豪傑相互競爭，天下局勢動蕩不安，那些能衝鋒陷陣的勇士、足智多謀善辯的人正被世人看重。但劉秀卻偏偏能選拔忠厚的大臣，表彰奉公守法的官吏，把他們從平民百姓中提拔出來，安排在公卿大臣的重要位置上。他能夠光複漢朝，國運長久，大概就是因為他知道什麼是最重要的事情，找到了治國的根本。
劉秀的將領們圍攻洛陽好幾個月，朱鮪堅守城池，始終攻不下來。劉秀因為廷尉岑彭曾是朱鮪的校尉，就派他去勸降朱鮪。岑彭站在城下，朱鮪站在城上，岑彭向他分析成敗形勢。朱鮪說：“大司徒劉演被害時，我參與了謀劃，後來又勸更始帝不要派劉秀北伐，我知道自己罪大惡極，不敢投降！”
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岑彭回去後，把朱鮪的話告訴劉秀。劉秀說：“乾大事的人不會計較小小的仇怨。朱鮪現在如果投降，不僅能保住官爵，更不會受到懲罰！有黃河在此作證，我絕不食言！”岑彭又去告訴朱鮪，朱鮪從城上放下繩索，說：“你要是說話算數，就順著繩子爬上來。”岑彭快步上前，抓住繩索就要往上爬。朱鮪見他態度誠懇，就答應投降。
辛卯日，朱鮪把自己雙手反綁，和岑彭一起前往河陽。劉秀親自為他解開繩索，召見了他，又讓岑彭連夜送朱鮪回城。第二天一早，朱鮪就和蘇茂等人帶著全部人馬出城投降。劉秀任命朱鮪為平狄將軍，封為扶溝侯。朱鮪後來還擔任過少府，他的爵位世代相傳。劉秀派侍禦史、河內人杜詩去洛陽安撫百姓。將軍蕭廣縱容士兵橫行霸道，杜詩勸告他也不改，杜詩就直接把蕭廣殺了。回去後，杜詩把事情經過報告給劉秀。劉秀召見他，賞賜給他棨戟，還提拔重用了他。
這年冬天十月癸醜日，劉秀進入洛陽，來到南宮，正式把洛陽定為都城。
赤眉軍發出通告：“更始帝劉玄如果投降，可以封為長沙王；但超過二十天，就不再接受投降。”更始帝派劉恭去請求投降，赤眉軍派將領謝祿前去接受。更始帝跟著謝祿，光著上身，把玉璽和綬帶獻給劉盆子。赤眉軍讓更始帝坐在地上，把他放在庭院中，準備殺了他。劉恭、謝祿為他求情，赤眉軍不同意，還把更始帝拉了出去。劉恭追上去大喊：“我的力量已經用儘了，請讓我先死！”說完拔劍就要自殺。樊崇等人急忙攔住他。最後赤眉軍赦免了更始帝，封他為畏威侯。劉恭又再三堅持求情，更始帝最終被封為長沙王。此後，更始帝常常依靠謝祿生活，劉恭也一直保護著他。
劉盆子住在長樂宮，三輔地區的郡縣、營長派使者來進貢，卻總是被赤眉軍的士兵搶走，這些士兵還多次搶劫官吏和百姓。因此，各地又紛紛堅守城池，不再進貢。百姓們不知道該歸附誰，聽說隻有鄧禹的軍隊一路取勝，而且軍紀嚴明，於是都紛紛扶老攜幼，前來迎接鄧禹的軍隊。每天前來投降的人數以千計，鄧禹的隊伍號稱達到了百萬之眾。
鄧禹每到一處，就停車豎起符節，慰勞前來歸附的百姓。老人和小孩，不管是垂著頭發的兒童，還是滿頭白發的老人，都圍滿了他的車子，人人都感到高興和欣慰，鄧禹的名聲也因此震動了關西地區。將領和豪傑們都勸鄧禹直接攻打長安，鄧禹卻說：“不行。現在我們的人雖然多，但真正能打仗的不多，前方沒有可供依靠的糧草儲備，後方也沒有運送物資的保障。赤眉軍剛攻下長安，錢糧充足，士氣正旺，現在還不是他們的對手。這些盜賊聚在一起，沒有長遠打算，雖然現在錢糧多，但局勢多變，他們哪能長期堅守呢？上郡、北地、安定這三個郡，地廣人稀，糧食充足，牲畜也多。我們不如先在北邊休整軍隊，籌集糧草，養精蓄銳，等他們出現破綻，再趁機攻打。”於是，鄧禹率軍向北來到栒邑，所到之處，各地的營壘、郡縣紛紛打開城門投降。
劉秀派岑彭攻打荊州的各路賊寇，拿下了犨縣、葉縣等十幾座城池。十一月甲午日，劉秀前往懷縣。
梁王永在睢陽稱帝。
十二月丙戌日，劉秀返回洛陽。
三輔地區的百姓飽受赤眉軍的殘暴對待，都很同情更始帝，有人想偷偷把他救出來。張卬等人非常擔心，就指使謝祿把更始帝勒死了。劉恭在夜裡前往，收斂了更始帝的屍體。劉秀下詔，讓鄧禹把更始帝安葬在霸陵。中郎將、宛縣人趙熹準備出武關，在路上遇到更始帝的親屬，他們一個個衣衫襤褸、光著腳，又餓又困。趙熹拿出自己所有的錢糧給他們，還護送著他們繼續前行。宛王劉賜聽說後，把他們迎回了家鄉。
隗囂回到天水後，重新召集舊部，恢複從前的基業，自稱西州上將軍。三輔地區為躲避戰亂的士大夫們，大多來投奔隗囂。隗囂真誠地接待他們，和他們以普通百姓的身份結交。他任命平陵人範逡為老師和朋友，前涼州刺史、河南人鄭興為祭酒，茂陵人申屠剛、杜林為治書，馬援為綏德將軍，楊廣、王遵、周宗以及平襄人行巡、阿陽人王捷、長陵人王元為大將軍，安陵人班彪等人為賓客。從此，隗囂名震西州，在崤山以東也很有名氣。
馬援年輕時，因為家裡貧困，向哥哥馬況辭行，想去邊郡種地放牧。馬況說：“你有大才，隻是大器晚成。優秀的工匠不會把未雕琢的玉石輕易給人看，你就按照自己的喜好去做吧。”於是馬援前往北地從事農牧業。他常對賓客們說：“大丈夫立誌，越是窮困越要堅定信念，年紀越大越要誌向高遠。”後來，他擁有了幾千頭牲畜，幾萬斛糧食。但他卻感歎道：“凡是積累財產，貴在能用來救濟他人，否則不過是守財奴罷了！”於是把財產全部分給了親友故舊。馬援聽說隗囂禮賢下士，就去投奔他。隗囂非常敬重他，常和他一起商量大計。班彪，是班穉的兒子。
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當初，平陵人竇融家族幾代人都在河西做官，他熟悉當地風土人情。竇融和更始帝的右大司馬趙萌關係很好，私下對兄弟們說：“天下是安是危還不好說。河西地區富饒，又有黃河天險作為屏障，張掖屬國還有一萬精銳騎兵。一旦有緊急情況，封鎖黃河渡口，就足以自保，這是個能保存家族的好地方！”於是通過趙萌請求前往河西任職。趙萌在更始帝麵前推薦竇融，竇融被任命為張掖屬國都尉。
竇融到任後，安撫結交當地豪傑，團結羌人，很得人心。當時，酒泉太守、安定人梁統，金城太守庫鈞，張掖都尉、茂陵人史苞，酒泉都尉竺曾，敦煌都尉辛肜，都是所在郡縣的傑出人才，竇融和他們交情深厚。更始帝敗亡後，竇融和梁統等人商議：“如今天下大亂，不知該歸附誰。河西地處偏遠，處在羌人和胡人中間，如果我們不齊心協力，就無法自保。但大家權力相當，又沒有誰能統領眾人，應該推舉一人做大將軍，共同保全河西五郡，再看局勢變化。”大家達成共識後，卻都相互謙讓。按地位次序，眾人都推舉梁統，梁統堅決推辭，於是大家推舉竇融代理河西五郡大將軍事。武威太守馬期、張掖太守任仲孤立無援，竇融等人就寫信告知情況，兩人馬上交出印綬離開了。
隨後，竇融任命梁統為武威太守，史苞為張掖太守，竺曾為酒泉太守，辛肜為敦煌太守。竇融自己仍住在屬國，依舊兼任都尉的職務，還設置從事一職，負責監察五郡。河西地區民風淳樸，竇融等人施政也寬厚平和，上下和睦，百姓生活富足。他們整修軍備，訓練士兵，加強烽火警戒。每當羌人、胡人侵犯邊塞，竇融就親自率軍，和各郡軍隊相互救援，每次都能按照約定趕到，還總能打敗敵人。後來，羌人、胡人都被震懾住，紛紛歸附。內地郡縣為躲避戰亂和饑荒的流民，也源源不斷地前來投奔。
王莽統治時期，天下百姓都懷念漢朝的恩德。安定郡三水的盧芳住在左穀中，謊稱自己是漢武帝的曾孫劉文伯，說“曾祖母是匈奴渾邪王的姐姐”，經常用這種話在安定一帶迷惑眾人。王莽末年，他和三水屬國的羌人、胡人一起起兵。更始帝到長安後，征召盧芳為騎都尉，讓他鎮守安撫安定以西地區。更始帝敗亡後，三水的豪傑們共同擁立盧芳為上將軍、西平王。盧芳派使者和西羌、匈奴和親結盟。匈奴單於認為：“漢朝已經滅亡，劉氏後人來歸附，我也應該像當年扶立呼韓邪單於那樣，讓他尊奉我。”於是派句林王率領幾千騎兵，迎接盧芳兄弟進入匈奴，還擁立盧芳為漢帝，任命盧芳的弟弟盧程為中郎將，帶領匈奴騎兵回到安定。
劉秀因為關中地區還沒有平定，而鄧禹又長時間不進軍攻打長安，就下詔書責備他說：“司徒你好比堯，而那些賊寇就像桀。長安的官吏百姓惶恐不安，無處依靠，你應該及時進兵討伐，安撫西京的百姓，讓他們安心。”但鄧禹還是堅持之前的想法，轉而攻打上郡的各縣，又征集兵員、轉運糧草，回到大要縣。積弩將軍馮愔、車騎將軍宗歆駐守栒邑，兩人爭權奪利，馮愔一怒之下殺了宗歆，接著又反過來攻打鄧禹。鄧禹派使者把情況報告給劉秀。
劉秀問使者：“馮愔最親近的人是誰？”使者回答：“是護軍黃防。”劉秀推測馮愔和黃防不會長久和睦，早晚會反目，就回複鄧禹說：“抓住馮愔的，一定是黃防。”於是派尚書宗廣拿著符節去勸降。一個多月後，黃防果然逮捕了馮愔，帶著他的部眾向宗廣請罪。更始帝的將領王匡、胡殷、成丹等人也都向宗廣投降，宗廣帶著他們向東返回。走到安邑時，這些人想趁機逃跑，宗廣把他們全殺了。馮愔反叛時，帶兵向西攻打天水，隗囂出兵迎戰，在高平將其擊敗，繳獲了他的全部輜重。於是鄧禹秉承劉秀的旨意，派使者拿著符節任命隗囂為西州大將軍，授權他可以自行決定涼州、朔方的事務。
臘祭之日，赤眉軍舉辦宴會，歌舞作樂。酒還沒開始喝，大臣們就互相爭吵打鬥起來。士兵們也趁機衝進宮殿，砍開宮門，搶奪酒肉，還互相殘殺。衛尉諸葛穉聽說後，帶兵入宮，殺了一百多人，才平息混亂。劉盆子嚇得日夜啼哭，侍從官員們都很同情他。
劉秀派宗正劉延攻打天井關，和守將田邑連續交戰十多個回合，劉延沒能前進。更始帝敗亡後，田邑派使者請求投降，劉秀當即任命他為上黨太守。劉秀又派諫議大夫儲大伯拿著符節去征召鮑永。鮑永不知道更始帝是死是活，心存疑慮，不肯聽從，還把儲大伯關押起來，派使者快馬加鞭前往長安，打聽虛實。