建武三年公元27年）
正月甲子日，馮異被任命為征西大將軍。鄧禹之前領了任務卻一直沒打勝仗，心裡特彆愧疚，就多次帶著餓著肚子的士兵去攻打赤眉軍，可每次都失敗。後來，他帶著車騎將軍鄧弘等人從黃河北岸跑到湖縣，拉著馮異一起去打赤眉軍。馮異勸說道：“我和赤眉軍對峙幾十天了，雖然抓了他們不少猛將，但剩下的人還很多，得用恩德和誠信慢慢招降，靠硬打很難一下子取勝。皇上已經讓其他將領在澠池守著，截斷他們東邊的退路，我從西邊進攻，這樣東西夾擊，肯定能贏！”但鄧禹和鄧弘不聽，鄧弘直接就和赤眉軍打了起來，這場仗從早打到晚。赤眉軍假裝戰敗，扔下一堆輜重逃跑，那些車上其實裝滿了土，隻在上麵撒了點豆子，鄧弘的士兵餓得不行，都爭搶著去搶豆子。這時赤眉軍突然殺了個回馬槍，鄧弘的軍隊一下子就亂了套。馮異和鄧禹趕緊合兵去救，才把赤眉軍暫時打退。馮異看士兵們又餓又累，想先休整一下，可鄧禹不同意，非要接著打，結果這次敗得更慘，死傷了三千多人，鄧禹最後隻帶著二十四名騎兵逃到了宜陽。馮異也隻能扔了馬，徒步逃到回溪阪，和幾個部下回到營地，收攏逃散的士兵，加固營壘死守。
辛巳日，劉秀在洛陽修建了四親廟，用來祭祀父親南頓君，以及往上到春陵節侯等四代祖先。
壬午日，劉秀宣布大赦天下。
閏月乙巳日，鄧禹自覺沒臉再當大司徒，上交了大司徒印綬和梁侯印綬，劉秀把梁侯印綬還給他，讓他做了右將軍。馮異和赤眉軍約好時間決戰，他想了個巧妙的辦法，讓手下的壯士換上和赤眉軍一樣的衣服，埋伏在路邊。第二天，赤眉軍派一萬人去攻打馮異的先頭部隊，馮異隻派了少量兵力去救援。赤眉軍一看對方人少，覺得好欺負，就全軍出動攻打馮異，馮異這時才下令全軍出擊，雙方打得昏天黑地。到了傍晚，赤眉軍漸漸沒了力氣，馮異埋伏的士兵突然衝出來，因為穿著一樣的衣服，赤眉軍一下子就亂了陣腳，分不清誰是誰，嚇得四處逃竄。馮異乘勝追擊，在崤底把赤眉軍打得大敗，收降了男女八萬人。劉秀得知後，下詔書誇獎馮異說：“雖然一開始在回溪阪吃了敗仗，但最終在澠池大獲全勝，這就是人們說的在這邊失敗，在那邊成功，等回去一定好好給你論功行賞！”
赤眉軍剩下的人一路向東，逃到了宜陽。甲辰日，劉秀親自帶著大軍，擺開陣勢等著他們。赤眉軍突然看到這麼多軍隊，嚇得不知所措，趕緊派劉恭去跟劉秀說：“劉盆子帶著百萬大軍向陛下投降，您打算怎麼處置我們？”劉秀說：“饒你們不死。”丙午日，劉盆子和丞相徐宣等三十多人光著膀子來投降，還獻上了傳國玉璽和印綬。他們堆積在宜陽城西的兵器和鎧甲，堆得跟熊耳山一樣高。當時赤眉軍還有十多萬人，劉秀吩咐各縣的廚房給他們做飯吃。第二天早上，劉秀在洛水邊大張旗鼓地展示兵力，讓劉盆子他們君臣站在一旁觀看。劉秀問樊崇等人：“後悔投降嗎？我現在放你們回營地，整兵再戰，一決勝負，不想強迫你們屈服。”徐宣等人趕緊磕頭說：“我們從長安東都門出來的時候，就商量好了要歸順陛下。老百姓隻願意享受成果，很難在一開始就理解謀劃，所以之前沒告訴大家。今天能投降，就像脫離虎口回到媽媽身邊，高興還來不及，怎麼會後悔！”劉秀誇他們說：“你們算是矮子裡麵拔將軍，還挺不錯的。”戊申日，劉秀從宜陽回到洛陽，安排樊崇等人帶著老婆孩子住在洛陽，還給了他們田地和房子。不過後來樊崇、逢安又造反，被劉秀殺了；楊音、徐宣則在家鄉平平安安地去世了。劉秀覺得劉盆子可憐，就讓他做了趙王的郎中，劉盆子後來眼睛瞎了，劉秀又把滎陽負責物資運輸的官地賜給他，讓他這輩子都能靠田租生活。劉恭為了給更始帝報仇，殺了謝祿，然後自己跑到監獄裡自首，劉秀沒殺他，把他赦免了。
二月，劉永封董憲為海西王。他聽說伏隆到了劇縣，也趕緊派使者去封張步為齊王。張步一心想當王，猶豫著不知道該接受誰的冊封。伏隆勸他說：“當年高祖和天下人約定，不是劉家的人不能封王，你現在要是歸順，最多也就封個十萬戶侯。”張步想把伏隆留下來，一起守著青州和徐州，伏隆堅決不同意，非要回去向劉秀複命，張步一怒之下就把他扣了，接受了劉永的冊封。伏隆偷偷派人給劉秀送信說：“我出使沒辦好差事，被叛賊抓住了。但就算身處險境，我也不會變心。而且當地的官吏百姓都知道張步造反，心裡並不支持他，希望陛下趕緊出兵，彆惦記我！我要是能活著回朝廷，就算被治罪處死，也心甘情願；要是死在叛賊手裡，就隻能麻煩陛下照顧我的父母兄弟了。祝陛下和皇後、太子永遠統治天下！”劉秀收到信後，把伏隆的父親伏湛叫來，流著淚給他看信，後悔地說：“真不該急著讓他回來，沒答應張步的條件！”後來張步還是把伏隆殺了。因為劉秀北邊要操心漁陽的彭寵，南邊要對付梁地和楚地的劉永，沒時間管張步，所以張步趁機獨占了齊地，擁有十二個郡。
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劉秀去了懷縣。吳漢帶著耿弇、蓋延在軹縣西邊攻打青犢軍，把他們打得落花流水，青犢軍隻好投降。三月壬寅日，劉秀任命司直伏湛為大司徒。
涿郡太守張豐造反了，自稱天上大將軍，還和彭寵聯合起來。朱浮見劉秀一直不出兵打彭寵，就上奏請求支援。劉秀回複說：“去年赤眉軍在長安那麼囂張，我就料到他們沒糧食肯定會往東跑，結果果然如此。現在這些叛賊也蹦躂不了多久，他們內部早晚會有人自相殘殺。隻是現在軍需物資不夠，得等麥子收了再說！”後來朱浮守的城裡糧食吃完了，甚至出現了人吃人的慘劇，幸好耿況派騎兵來救他，他才逃了出來，薊城也因此投降了彭寵。彭寵自稱燕王，攻占了右北平、上穀好幾個縣，還賄賂匈奴，借兵壯大自己，又和南邊的張步以及富平、獲索等賊寇勾結在一起。
劉秀親自帶兵去征討鄧奉，到了堵陽，鄧奉逃回到淯陽，董欣一看形勢不妙，就投降了。夏天四月，劉秀追到小長安，和鄧奉打了一仗，把鄧奉打得大敗。鄧奉光著膀子，通過朱祜向劉秀請降。劉秀念在他以前立過功，而且這事也是因為吳漢搶掠他家鄉才引發的，就想饒了他。但岑彭、耿弇勸說道：“鄧奉忘恩負義造反，讓軍隊在外征戰了一年多，陛下親自來了，他還不投降，直到打輸了才服軟。要是不殺了他，以後怎麼震懾那些想造反的人！”於是劉秀隻好殺了鄧奉，還恢複了朱祜的職位。
延岑打敗赤眉軍後，就開始自己任命官員，想占據關中。當時關中的各路賊寇還很多，延岑占著藍田，王歆占著下邽，芳丹占著新豐，蔣震占著霸陵，張邯占著長安，公孫守占著長陵，楊周占著穀口，呂鮪占著陳倉，角閎占著汧，駱延占著盩厔，任良占著鄠，汝章占著槐裡，他們都自稱將軍，手裡兵力多的有一萬多人，少的也有幾千人，還經常互相攻打。馮異一邊打仗一邊前進，把軍隊駐紮在上林苑。延岑帶著張邯、任良來攻打馮異，馮異反擊，把他們打得大敗，那些原來依附延岑的勢力也都跑來投降，延岑沒辦法，隻好從武關逃到南陽。當時老百姓都快餓死了，一斤黃金隻能換五升豆子，道路也不通，糧草運不過來，馮異的士兵隻能靠野果充饑。劉秀下詔讓南陽的趙匡當右扶風，帶兵去幫馮異，還送了不少絲綢和糧食。馮異的兵力和糧草漸漸充足起來，就開始收拾那些不聽號令的豪強，獎勵那些投降有功的人，把各個營寨的首領都送到京城，遣散他們的手下回家種地，從此在關中樹立起了威望。隻有呂鮪、張邯、蔣震派人向蜀地的公孫述投降了，其他的都被馮異平定了。
吳漢帶著驃騎大將軍杜茂等七位將軍，把蘇茂圍困在廣樂，周建召集了十多萬人來救蘇茂。吳漢迎戰時吃了敗仗，還從馬上摔下來傷了膝蓋，隻好退回營地，周建他們趁機進了城。將領們對吳漢說：“大敵當前，您卻受傷躺著，大家心裡都慌得很！”吳漢一聽，立馬振作起來，包紮好傷口，殺牛犒勞士兵，鼓勵大家，士兵們的士氣一下子就高漲起來。第二天，蘇茂、周建出兵包圍吳漢，吳漢奮力反擊，把他們打得大敗，蘇茂隻好逃回湖陵。睢陽的人造反，打開城門迎接劉永，蓋延帶著將領們去圍攻睢陽；吳漢留下杜茂、陳俊守廣樂，自己帶兵去幫蓋延一起圍攻睢陽。
劉秀從小長安帶兵返回，命令岑彭率領傅俊、臧宮、劉宏等三萬多人向南攻打秦豐。五月己酉日，劉秀回到皇宮。
乙卯日是這個月的最後一天，出現了日食。
六月壬戌日，劉秀宣布大赦天下。
延岑攻打南陽，占領了好幾座城池。建威大將軍耿弇在穰縣和他交戰，把延岑打得大敗。延岑隻帶著幾個騎兵逃到東陽，投奔了秦豐，秦豐還把女兒嫁給了他。建義大將軍朱祜率領祭遵等人在東陽和延岑交戰，再次擊敗了他，延岑又逃回秦豐那裡。朱祜於是南下，和岑彭等人的軍隊會合。延岑的護軍鄧仲況帶兵占據陰縣，劉歆和孫龔給他出謀劃策。前侍中、扶風人蘇竟寫信勸說他們，鄧仲況和孫龔就投降了。蘇竟立了功卻從不炫耀，後來隱居起來，一心追求自己的理想，最後在家中壽終正寢。秦豐在鄧縣抵抗岑彭，這年秋天七月，岑彭打敗了他，接著把秦豐圍困在黎丘。岑彭還另外派積弩將軍傅俊帶兵攻打江東地區，很快就平定了揚州。
蓋延圍攻睢陽長達一百天，劉永、蘇茂、周建趁機突圍，打算逃到酂縣。蓋延在後麵緊追不舍，劉永的部將慶吾殺了劉永，帶著他的首級投降。蘇茂、周建逃到垂惠，一起擁立劉永的兒子劉紆為梁王。佼強則逃到西防堅守。這年冬天十月壬申日，劉秀前往春陵，祭祀祖先的陵園和宗廟。
耿弇找了個合適的時機，向劉秀表示，自己想北上召集上穀郡還沒征調的兵力，先在漁陽平定彭寵，再到涿郡收拾張豐，然後回頭消滅富平、獲索的賊寇，最後向東攻打張步，平定齊地。劉秀覺得他想法很有氣魄，就同意了。
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十一月乙未日，劉秀從春陵返回。
這一年，李憲稱帝，設置了各種官職，占據九座城池，手下有十多萬人馬。
劉秀對太中大夫來歙說：“現在西州還沒歸附，公孫述在蜀地稱帝，那裡路途遙遠，將領們正忙著對付關東的敵人，我想收服西州，卻沒有好辦法，這可怎麼辦？”來歙說：“我以前在長安見過隗囂，他剛開始起兵的時候，打著複興漢朝的旗號。我希望能奉您的命令去見他，向他表明您的誠意，他肯定會乖乖歸降。隻要隗囂歸降，公孫述就成了孤立無援之勢，消滅他就不在話下了！”劉秀覺得可行，就派來歙出使隗囂那裡。隗囂之前幫劉秀立過功，又接受了鄧禹給他的官職和爵位，他的親信大多勸他和劉秀建立聯係，於是隗囂派人給劉秀上書。劉秀用特殊的禮節回複他，信裡直接稱呼他的字，用對待地位相等國家的禮儀對待他，對他的安撫非常優厚。
建武四年公元28年）
正月甲申日，劉秀再次大赦天下。
二月壬子日，劉秀前往懷縣；壬申日，回到洛陽。
延岑又來侵犯順陽，劉秀派鄧禹帶兵打敗了他，延岑逃往漢中。公孫述任命延岑為大司馬，封他為汝寧王。
田戎聽說秦豐被打敗，心裡害怕，打算投降劉秀。他妻子的哥哥辛臣，把彭寵、張步、董憲、公孫述等人占據的地盤畫成圖給田戎看，說：“洛陽那邊控製的地盤也就巴掌大，不如先按兵不動，看看形勢再說。”田戎卻說：“秦豐那麼強大，都被岑彭圍住了，我決定投降！”於是他留下辛臣守夷陵，自己帶兵沿著長江，逆著沔水，到了黎丘。沒想到辛臣在他走後，偷了他的珍寶，從小路搶先向岑彭投降，還寫信勸田戎：“你也趕緊投降吧，彆再堅持原來的想法了！”田戎懷疑辛臣出賣自己，甚至用烤魚骨占卜該不該投降，結果魚骨裂開，他就又反悔了，跑去和秦豐聯合。岑彭發兵攻打，田戎戰敗，逃回夷陵。
這年夏天四月丁巳日，劉秀前往鄴城；己巳日，到達臨平，派吳漢、陳俊、王梁在臨平打敗了五校軍。鬲縣有五大家族一起趕走了縣長，占據縣城造反。將領們都爭著要去攻打，吳漢卻說：“鬲縣人造反，是縣長的過錯。誰敢貿然進兵，就斬首！”他發公文給郡裡，讓郡裡逮捕縣長，又派人去鬲縣安撫。城裡的五大家族非常高興，馬上就一起投降了。將領們這才佩服地說：“不打仗就能拿下城池，真不是一般人能做到的！”
五月，劉秀到元氏縣，辛巳日，又到盧奴縣，打算親自去征討彭寵。伏湛勸阻說：“現在兗、豫、青、冀這些中原地區，賊寇還到處亂竄，還沒完全平定。漁陽在邊境，又荒涼又貧困，何必急著先去打那裡呢？陛下舍棄近處的敵人，去攻打遠方的；放棄容易的，去挑戰困難的，我實在不理解！”劉秀聽了，就取消計劃回來了。
劉秀派建義大將軍朱祜、建威大將軍耿弇、征虜將軍祭遵、驍騎將軍劉喜到涿郡討伐張豐。祭遵先趕到，猛攻張豐，把他活捉了。原來，張豐喜歡方術，有個道士騙他說他能當皇帝，還用五彩袋子包著一塊石頭係在他胳膊上，說“石頭裡有玉璽”。張豐信以為真，就造反了。被抓後要砍頭時，他還喊著“我胳膊上的石頭裡有玉璽”。旁邊的人拿錘子把石頭砸破，張豐才知道自己被騙了，仰天長歎：“我死了也沒啥可遺憾的了！”劉秀又下詔讓耿弇去攻打彭寵。耿弇因為父親耿況和彭寵以前一起立過功，而且自己兄弟都不在京城，心裡有些顧慮，不敢單獨進軍，就請求回洛陽。劉秀回複說：“你們全家為國家效力，功勞顯著，有什麼可懷疑、可顧慮的，還想回來？”耿況聽說後，趕緊派耿弇的弟弟耿國到洛陽侍奉劉秀。當時祭遵駐紮在良鄉，劉喜駐紮在陽鄉，彭寵勾結匈奴兵想來攻打他們。耿況派兒子耿舒突襲匈奴兵，斬殺了匈奴兩個王爺，彭寵隻好退走。
六月辛亥日，劉秀回到皇宮。
這年秋天七月丁亥日，劉秀到譙縣，派捕虜將軍馬武、騎都尉王霸把劉紆、周建圍困在垂惠。董憲的部將賁休獻出蘭陵城投降劉秀。董憲聽說後，親自從郯縣趕來包圍蘭陵。蓋延和平狄將軍、山陽人龐萌正在楚地，請求去救援蘭陵。劉秀下令說：“你們直接去攻打郯縣，蘭陵的包圍自然就解了。”蓋延等人覺得賁休那邊情況危急，就先去救蘭陵。董憲假裝戰敗後撤，蓋延他們就解除了蘭陵之圍進了城。第二天，董憲出動大批軍隊把蘭陵城圍得水泄不通。蓋延等人害怕了，趕緊突圍逃跑，接著去攻打郯縣。劉秀責備他們說：“我讓你們先去郯縣，就是要出其不意。現在你們從蘭陵跑了出來，敵人已經有了防備，蘭陵的包圍怎麼還能解開呢？”蓋延等人到了郯縣，果然攻不下來。而董憲趁機攻下蘭陵，殺了賁休。
八月戊午日，劉秀到壽春，派揚武將軍、南陽人馬成，率領誅虜將軍、南陽人劉隆等三位將軍，征調會稽、丹楊、九江、六安四個郡的兵力，攻打李憲。九月，把李憲圍困在舒縣。
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王莽末年，天下大亂，隻有臨淮大尹、河南人侯霸能保全臨淮郡。劉秀把侯霸召到壽春，任命他為尚書令。當時朝廷沒有現成的典章製度，又缺少有經驗的老臣，侯霸熟悉過去的典章製度，就收集殘留的文獻，分條奏明前代好的政策和法令，建議施行。
這年冬天十月甲寅日，劉秀回到皇宮。
隗囂派馬援去觀察公孫述的情況。馬援和公孫述本是同鄉，一向關係很好，馬援覺得自己到了蜀地後，公孫述肯定會像過去一樣，和自己親切握手、暢談。可沒想到，公孫述卻大張旗鼓地安排了眾多侍衛，才請馬援進去。兩人行完交拜禮後，公孫述就讓馬援先去客館休息。之後，公孫述又專門為馬援製作了都布單衣和交讓冠，在宗廟裡大集群臣，還特意為馬援設立了舊交的座位。公孫述出行時，動用鸞旗、旄騎，沿途戒嚴清道，乘車而入，拜見宗廟時態度恭敬，宴請百官的場麵也十分盛大，甚至想授予馬援封侯大將軍的職位。馬援帶來的賓客們都想留下來，馬援卻勸他們說：“如今天下勝負未定，公孫述不懂得像周公那樣禮賢下士，和賢才共商成敗，反而注重表麵形式，就像個木偶，這樣的人怎麼能留住天下英才呢！”於是馬援告辭返回，對隗囂說：“公孫述就是個井底之蛙，卻狂妄自大，我們不如一心和東邊的劉秀結交。”隗囂便派馬援帶著書信前往洛陽。
馬援剛到洛陽時，等了很久，才由中黃門引入宮中。劉秀在宣德殿的南廊下，隻戴著頭巾，隨意地坐著，笑著迎接馬援，說：“你在我和公孫述之間周旋，如今見到你，真讓我有些慚愧。”馬援趕忙叩頭謝罪，接著說：“當今天下，不僅君主挑選臣子，臣子也在挑選君主。我和公孫述同縣，從小關係就好，我之前去蜀地，他讓武士持戟守衛，才讓我進去。我如今遠道而來，陛下怎麼就不擔心我是刺客或奸人，竟如此隨和呢！”劉秀又笑著說：“你不是刺客，不過是說客罷了。”馬援說：“如今天下局勢動蕩，稱帝稱王的人數不勝數，如今見到陛下氣度恢宏、豁達大度，和高祖劉邦很像，才知道真正的帝王自有其不凡之處。”
太傅卓茂去世。
十一月丙申日，劉秀前往宛城。
岑彭攻打秦豐長達三年，斬殺敵軍九萬多人，此時秦豐剩下的兵力隻有一千人左右，糧食也快吃完了。十二月丙寅日，劉秀親臨黎丘，派使者勸降秦豐，秦豐卻不肯投降。於是劉秀讓朱祜等人接替岑彭繼續圍困黎丘，同時派岑彭、傅俊向南攻打田戎。
公孫述聚集了幾十萬大軍，在漢中囤積糧草，還建造了十層的樓船，大量刻製天下州牧、太守的印章。他派將軍李育、程烏率領幾萬人馬，出兵駐守陳倉，和呂鮪會合，準備攻打三輔地區。馮異出兵迎擊，將他們打得大敗，李育、程烏都逃到漢中。馮異回軍後，又打敗了呂鮪，很多營壘都投降了。當時，隗囂派兵協助馮異立了功，並派使者向劉秀彙報情況，劉秀親自寫信回複說：“我仰慕你的品德道義，一直想和你結交。從前周文王三分天下有其二，仍向殷商稱臣。我就像駑鈍的馬、鉛質的刀，難以勉強扶持，卻多次承蒙你這位‘伯樂’看重。將軍你在南方抵禦公孫述的軍隊，在北方抗擊羌人、胡人的侵擾，正因有將軍相助，馮異西征時，才能憑借幾千兵力在三輔地區堅持作戰。要是沒有將軍的幫助，鹹陽早就被敵人攻占了！如果公孫述的軍隊打到漢中，三輔地區的百姓希望能借助將軍的兵力，與敵軍一決高下。倘若將軍願意相助，現在正是智者為國立功、分封土地的好時機！管仲說：‘生我的是父母，成就我的是鮑叔牙。’從今以後，我們就通過書信往來，不要輕信他人挑撥離間的話。”此後，公孫述多次派將領偷偷出兵，隗囂總是和馮異聯合起來，共同將其擊敗。公孫述派使者授予隗囂大司空、扶安王的印綬，隗囂卻斬殺了使者，並出兵攻打公孫述，所以蜀地的軍隊再也不敢向北進犯。
泰山地區的豪傑大多和張步聯合起來。吳漢向劉秀推薦強弩大將軍陳俊擔任泰山太守，陳俊打敗了張步的軍隊，平定了泰山地區。
建武五年公元29年）