隆安五年辛醜年，也就是公元401年。
春天正月，武威王禿發利鹿孤想稱帝，大臣們都勸他這麼做。安國將軍鍮勿侖說：“我們國家從祖上以來，就習慣披散頭發、衣襟向左開，沒有帽子衣帶之類的裝飾，跟著水草遷徙，沒有城郭房屋，所以才能在沙漠中稱雄，和中原抗衡。現在要稱帝，確實順應民心。但建都立城，難以躲避禍患；儲備糧食倉庫，會勾起敵人的貪心。不如把晉人安置在城郭裡，鼓勵他們種田養蠶來提供物資儲備，我們則率領本族百姓練習作戰射箭。鄰國弱就趁機攻取，強就躲開，這才是長久的好辦法。而且虛名沒有實際用處，隻會成為世人攻擊的目標，有什麼用呢！”利鹿孤說：“安國將軍說得對。”於是改稱河西王，任命廣武公禿發傉檀為都督中外諸軍事、涼州牧、錄尚書事。
二月丙子日，孫恩從浹口出兵，攻打句章，沒能攻下來。劉牢之反擊，孫恩又逃進海裡。
後秦王姚興讓乞伏乾歸回去鎮守苑川，把他原來的部眾全配給了他。
後涼王呂纂嗜酒好獵，太常楊穎勸諫說：“陛下順應天命登上王位，應該用正道守住它。現在國土一天天縮小，在兩山之間艱難生存，陛下不兢兢業業、早晚警惕來發揚祖先的事業，卻沉迷於遊玩打獵，不把國家當回事，我私下裡為您感到危險。”呂纂用謙遜的話道歉，卻還是不改。番禾太守呂超擅自攻打鮮卑思盤，思盤派弟弟乞珍向呂纂告狀，呂纂命令呂超和思盤都來朝廷。呂超害怕，到了姑臧後，極力巴結殿中監杜尚。呂纂見到呂超，責備他說：“你仗著兄弟勇武，就敢欺負我。我非要殺了你，天下才能安定！”呂超磕頭謝罪。呂纂本來隻是嚇唬他，其實沒打算殺他。還拉著呂超、思盤和大臣們在內殿一起喝酒。呂超的哥哥中領軍呂隆多次勸呂纂喝酒，呂纂喝醉了，乘著人力車，帶呂超等人在宮裡遊覽。到了琨華堂東閣，車子過不去，呂纂的親信竇川、駱騰把劍靠在牆上，推車過閣。呂超拿起劍刺向呂纂，呂纂下車抓住呂超，呂超刺穿了他的胸膛；竇川、駱騰和呂超搏鬥，被呂超殺死。呂纂的皇後楊氏命令禁兵討伐呂超，杜尚阻止了他們，禁兵都放下武器不打了。將軍魏益多進來，要取呂纂的頭，楊氏說：“人已經死了，就像土石一樣，什麼都不知道了，怎麼忍心再毀壞他的屍體呢！”魏益多罵她，還是割下呂纂的頭示眾，說：“呂纂違背先帝的命令，殺了太子自立，荒淫暴虐。番禾太守呂超順應人心除掉他，來安定國家。凡是我們的官民，一起慶祝吧！”
呂纂的叔父巴西公呂佗、弟弟隴西公呂緯都在北城。有人勸呂緯說：“呂超作亂，您以皇弟的身份，憑大義討伐他。薑紀、焦辨在南城，楊桓、田誠在東苑，都是我們的人，還怕不成功嗎！”呂緯整兵準備和呂佗一起攻打呂超。呂佗的妻子梁氏阻止他說：“呂緯和呂超都是兄弟的兒子，為什麼要舍掉呂超幫助呂緯，自己做禍首呢！”呂佗於是對呂緯說：“呂超的事已經成了，他占據武器庫，擁有精兵，打他很難。況且我老了，沒能力做什麼了。”呂超的弟弟呂邈受呂緯寵信，勸呂緯說：“呂纂殺害兄弟，呂隆、呂超順應人心討伐他，正是想擁立您啊。現在您是先帝的長子，應當主持國家，人們沒有彆的想法，還有什麼可懷疑的！”呂緯相信了，就和呂隆、呂超結盟，獨自騎馬進城；呂超抓住他殺了。呂超讓位給呂隆，呂隆麵有難色。呂超說：“現在就像乘龍上天，怎麼能中途下來！”呂隆於是即天王位，大赦，改年號為神鼎。尊母親衛氏為太後；立妻子楊氏為皇後；任命呂超為都督中外諸軍事、輔國大將軍、錄尚書事，封安定公；給呂纂定諡號為靈帝。
呂纂的皇後楊氏準備出宮，呂超怕她帶著珍寶，命令搜查。楊氏說：“你們兄弟不義，親手互相殘殺。我早晚是個死人，要珍寶有什麼用！”呂超又問玉璽在哪裡，楊氏說：“已經毀了。”楊氏有美色，呂超想娶她，對她的父親右仆射楊桓說：“皇後如果自殺，災禍會連累你的家族！”楊桓把這話告訴楊氏。楊氏說：“父親把女兒賣給氐人來求富貴，一次就夠過分了，還能來第二次嗎！”於是自殺，諡號為穆後。楊桓投奔河西王利鹿孤，利鹿孤任命他為左司馬。
三月，孫恩向北直奔海鹽，劉裕跟著抵抗，在海鹽舊治所築城。孫恩每天來攻城，劉裕多次打敗他，斬殺了他的將領姚盛。城裡兵少抵擋不住，劉裕夜裡放倒旗幟、藏起士兵，第二天早上打開城門，讓幾個老弱病殘的人登城。賊兵遠遠地問劉裕在哪裡，回答說：“夜裡已經跑了。”賊兵相信了，爭著進城。劉裕奮力反擊，大敗賊兵。孫恩知道攻不下城，就進軍滬瀆，劉裕又放棄城池追擊他。
海鹽縣令鮑陋派兒子鮑嗣之率領一千吳地士兵，請求做先鋒。劉裕說：“賊兵很精銳，吳人不熟悉打仗，如果先鋒失利，一定會敗了我們的軍隊；可以在後麵壯聲勢。”鮑嗣之不聽。劉裕於是多設伏兵和旗幟戰鼓，前鋒一交戰，各伏兵都出動。劉裕舉起旗幟敲響戰鼓，賊兵以為四麵有軍隊，就後退了。鮑嗣之追擊，戰死。劉裕邊打邊退，部下幾乎全死傷了，到了之前交戰的地方，讓手下脫下死人的衣服，裝作很悠閒的樣子。賊兵懷疑有埋伏，不敢逼近。劉裕大聲呼喊著再次出戰，賊兵害怕後退，劉裕才帶兵返回。
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河西王禿發利鹿孤討伐後涼，和後涼王呂隆交戰，大敗他，遷移兩千多戶人家回去。
夏天四月辛卯日，北魏撤銷鄴行台，把它所統轄的六郡設置為相州，任命庾嶽為刺史。
乞伏乾歸到了苑川，任命邊芮為長史，王鬆壽為司馬，公卿、將帥都降為僚屬偏將。
北涼王段業害怕沮渠蒙遜的勇武謀略，想疏遠他；蒙遜也極力隱藏自己，段業用門下侍郎馬權代替蒙遜做張掖太守。馬權一向豪放出眾，被段業親近看重，常常輕視欺辱蒙遜。蒙遜向段業進讒言說：“天下不值得擔心，隻應當擔心馬權。”段業於是殺了馬權。
蒙遜對沮渠男成說：“段公沒有鑒彆決斷的才能，不是平定亂世的君主，之前所怕的隻有索嗣、馬權。現在他們都死了，我想除掉段業來擁戴哥哥，怎麼樣？”男成說：“段業本來是外鄉人，被我們家擁立，他依靠我們兄弟，就像魚依靠水。人家親信我們卻要圖謀他，不吉利。”蒙遜於是請求做西安太守。段業很高興他能出去，答應了。
蒙遜和男成約定一起去祭蘭門山，卻暗中讓司馬許鹹告訴段業說：“男成想借休假作亂。如果他請求去祭蘭門山，我的話就應驗了。”到了那天，男成果然請求去祭山。段業抓了男成，賜他死。男成說：“蒙遜先和我謀反，我因為兄弟的緣故，隱瞞沒說。現在因為我在，怕部眾不聽從他，所以約我祭山卻反過來誣告我，他的意思是讓大王殺我啊。請您謊稱我死了，公布我的罪惡，蒙遜一定會反叛；我然後奉大王的命令討伐他，沒有打不勝的。”段業不聽，殺了男成。蒙遜哭著告訴眾人說：“男成對段王忠心，段王卻無故枉殺他，各位能為他報仇嗎？況且當初一起擁立段王，是想安定眾人，現在州裡紛亂，不是段王能解決的。”男成一向得人心，眾人都憤怒哭泣，爭相奮勇，等到達氐池，部眾超過一萬人。鎮軍將軍臧莫孩率領部下投降，羌、胡大多起兵響應蒙遜。蒙遜進軍駐守侯塢。
之前，段業本來就懷疑右將軍田昂，把他關了起來；到這時候又把田昂召來，向他道歉並赦免了他，派他和武衛將軍梁中庸一起去征討沮渠蒙遜。彆將王豐孫對段業說：“西平的田氏家族，世代都有反叛的人。田昂表麵恭敬，內心險惡，不能相信啊。”段業說：“我懷疑他很久了，但除了田昂，沒人能征討蒙遜。”結果田昂到了侯塢，帶著五百騎兵投降了蒙遜，段業的軍隊就此潰散，梁中庸也去投降了蒙遜。
五月，蒙遜打到張掖，田昂哥哥的兒子田承愛砍開城門投降，段業身邊的人都跑光了。蒙遜進城後，段業對他說：“我孤孤單單一個人，當初是被你們家推上這個位置的，希望能留我一條命，讓我回東邊和妻兒見一麵。”蒙遜還是殺了他。段業這個人，是個溫和的讀書人，沒什麼權謀策略，管不住手下人，下麵的人都自作主張；還特彆迷信占卜、巫術，所以才敗亡了。
沮渠男成的弟弟沮渠富占、將軍俱傫帶著五百戶人家，投降了河西王禿發利鹿孤。俱傫是俱石子的兒子。
孫恩攻陷了滬瀆，殺了吳國內史袁崧，死了四千人。
涼王呂隆殺了很多有名望的豪門大族來樹立自己的威信，導致朝廷內外人心惶惶，人人都覺得不安全。魏安人焦朗派使者勸後秦隴西公姚碩德：“呂氏自從武皇呂光）去世後，兄弟互相攻打，沒什麼規矩法度，還爭相施行暴政。老百姓鬨饑荒，死了一多半。現在趁他們內部奪權混亂的時候去打他們，容易得像翻手掌一樣，可不能錯過機會。”姚碩德把這事告訴了後秦王姚興，然後率領六萬步兵騎兵討伐後涼，乞伏乾歸帶著七千騎兵跟著他。
六月甲戌日，孫恩從海上突然出兵到了丹徒，有十多萬士兵，一千多艘戰船，建康城都嚇壞了。乙亥日，朝廷內外戒嚴，百官都住進宮裡。冠軍將軍高素等人守石頭城，輔國將軍劉襲用柵欄阻斷淮口，丹陽尹司馬恢之駐守南岸，冠軍將軍桓謙等人防備白石，左衛將軍王嘏等人屯兵中堂，還征召豫州刺史譙王司馬尚之來保衛京師。
劉牢之從山陰帶兵去攔擊孫恩，還沒到，孫恩已經過去了，於是派劉裕從海鹽進軍救援。劉裕手下不到一千人，日夜趕路，和孫恩差不多同時到了丹徒。劉裕人少，加上長途行軍很疲勞，而丹徒的守軍也沒什麼鬥誌。孫恩帶著士兵大喊著衝上蒜山，當地百姓都挑著擔子準備逃跑。劉裕率領手下衝上去迎戰，把孫恩打得大敗，很多人跳崖投水死了，孫恩狼狽不堪，勉強逃回船上。但孫恩還仗著人多，沒多久又整頓軍隊直逼京師。後將軍司馬元顯帶兵抵抗，卻接連戰敗。會稽王司馬道子沒什麼辦法，隻能天天去蔣侯廟祈禱。孫恩越來越近，老百姓都很害怕。譙王司馬尚之帶著精銳部隊趕來，直接駐守積弩堂。孫恩的戰船很大，逆著風走不快，過了幾天才到白石。孫恩本來以為朝廷軍隊分散，可以趁其不備偷襲；後來知道司馬尚之在健康，又聽說劉牢之已經回兵，到了新洲，就不敢再前進，轉而從海上向北退到鬱洲。孫恩的另一支部隊攻陷了廣陵，殺了三千人。寧朔將軍高雅之在鬱洲攻打孫恩，卻被孫恩抓住了。
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桓玄整頓軍隊訓練士兵，一直等著朝廷有漏洞可鑽，聽說孫恩逼近京師，就豎起軍旗召集人馬，上奏請求去討伐孫恩。司馬元顯特彆害怕。正好趕上孫恩撤退，司馬元顯就下詔書阻止他，桓玄這才解除戒嚴。
梁中庸等人一起推舉沮渠蒙遜為大都督、大將軍、涼州牧、張掖公，在他的轄區內實行大赦，改年號為永安。蒙遜任命堂兄沮渠伏奴為張掖太守、和平侯，弟弟沮渠挐為建忠將軍、都穀侯，田昂為西郡太守，臧莫孩為輔國將軍，房晷、梁中庸為左右長史，張騭、謝正禮為左右司馬。他提拔任用有才能的人，文武官員都很高興。
河西王禿發利鹿孤讓大臣們儘情指出朝政的得失。西曹從事史暠說：“陛下派將領出征，沒有打不贏的。但您不把安定百姓放在首位，隻忙著遷移百姓；老百姓安於故土，不願輕易搬家，所以很多人反叛，這就是為什麼您殺了敵將、占了城池，土地卻沒怎麼擴大的原因。”利鹿孤覺得他說得對。
秋七月，北魏兗州刺史長孫肥率領兩萬步兵騎兵南下，攻占了許昌，向東打到彭城，東晉將軍劉該向他投降。
後秦隴西公姚碩德從金城渡過黃河，直奔廣武，河西王禿發利鹿孤下令廣武的守軍避開他。後秦軍隊到了姑臧，涼王呂隆派輔國大將軍呂超、龍驤將軍呂邈等人迎戰，姚碩德把他們打得大敗，活捉了呂邈，殺死、俘虜了一萬多人。呂隆退守城中，巴西公呂佗帶著東苑的兩萬五千人投降了後秦。西涼公李暠、河西王禿發利鹿孤、沮渠蒙遜各自派使者向後秦進貢。
當初，後涼將領薑紀投降了河西王禿發利鹿孤，廣武公禿發傉檀和他討論兵法謀略，非常欣賞看重他，坐著的時候同席，出去的時候同車，每次談論都從白天到晚上。利鹿孤對傉檀說：“薑紀確實有才能，但看他的樣子不一般，肯定不會在這兒久留，不如殺了他。要是薑紀到了後秦，一定會成為我們的禍患。”傉檀說：“我以平民的身份對待他，他肯定不會辜負我。”八月，薑紀帶著幾十個騎兵投奔後秦軍隊，勸姚碩德：“呂隆困守孤城，沒有援兵，您帶著大軍逼過去，他肯定會請求投降；但他隻會表麵投降，不會真心歸順。請給我三千步兵騎兵，我和王鬆匆趁著焦朗、華純的人馬，找機會下手，拿下呂隆不難。不然的話，現在禿發氏在南邊，兵強馬壯，如果他們兼並姑臧占據此地，威勢會更盛，沮渠蒙遜、李暠都抵抗不了，肯定會歸順他們，這樣就會成為國家的大敵人。”姚碩德於是上奏推薦薑紀為武威太守，給他兩千士兵，駐守在晏然。
後秦王姚興聽說楊桓有才能，征召他，禿發利鹿孤不敢挽留。
朝廷下詔任命劉裕為下邳太守，去鬱洲討伐孫恩，多次作戰，把孫恩打得大敗。孫恩從此勢力衰弱，又沿著海南逃，劉裕也跟著追擊他。
燕王慕容盛吸取他父親慕容寶因為懦弱丟了國家的教訓，一心要施行嚴刑峻法，又自認為聰明，喜歡猜忌彆人，大臣們有一點點嫌疑，都會先殺掉。因此，皇室宗親、有功的舊臣，人人都覺得不安全。丁亥日，左將軍慕容國和殿上將軍秦輿、段讚謀劃率領禁兵襲擊慕容盛，事情敗露，死了五百多人。壬辰夜，前將軍段璣和秦輿的兒子秦興、段讚的兒子段泰，偷偷在宮裡大喊作亂。慕容盛聽到變故，率領手下迎戰，亂兵逃散。段璣受了傷，藏在廂房裡。沒多久，有個亂兵從暗處襲擊慕容盛，慕容盛受了傷，被抬到前殿，安排好禁衛的事情，局勢安定後就死了。
中壘將軍慕容拔、冗從仆射郭仲告訴太後丁氏，認為國家多災多難，應該立年長的君主。當時大家都看好慕容盛的弟弟司徒、尚書令、平原公慕容元，而河間公慕容熙一直得到丁氏的寵愛，丁氏於是廢了太子慕容定，秘密把慕容熙迎進宮中。第二天早上，大臣們上朝，才知道出了事，於是上奏勸慕容熙即位。慕容熙讓給慕容元，慕容元不敢接受。癸巳日，慕容熙登上天王位，抓住段璣等人，都滅了他們三族。甲午日，實行大赦。丙申日，平原公慕容元因為被猜忌而被賜死。閏月辛酉日，把慕容盛葬在興平陵，諡號昭武皇帝，廟號中宗。丁氏送葬還沒回來，中領軍慕容提、步軍校尉張佛等人謀劃立原來的太子慕容定，事情敗露，被處死，慕容定也被賜死。丙寅日，大赦天下，改年號為光始。
後秦隴西公姚碩德圍攻姑臧好幾個月，城裡的東方人很多都謀劃著叛變，魏益多又引誘煽動他們，想殺了涼王呂隆和安定公呂超，事情敗露，受牽連被殺的有三百多家。姚碩德安撫接納當地的夷族和漢族人，分彆安排地方官，節省糧食儲備起來，做長期圍困的打算。
後涼的大臣們請求和後秦講和，呂隆不同意。安定公呂超說：“現在物資儲備都快沒了，上下都在挨餓叫苦，就算讓張良、陳平複活，也沒辦法。陛下應該考慮變通屈伸，何必舍不得一封書信、一個使者，用謙卑的言辭讓敵人退軍呢！敵人退了之後，再推行德政讓百姓休養生息，如果國運還沒到頭，還怕恢複不了舊業嗎！如果天命已去，也能保全宗族。不然的話，困守在這裡等死，最後能有什麼好結果！”呂隆這才聽從了他的意見，九月，派使者向後秦請求投降。姚碩德上奏推薦呂隆為鎮西大將軍、涼州刺史、建康公。呂隆派子弟和文武舊臣慕容築、楊穎等五十多家到長安做人質。姚碩德的軍隊紀律嚴明，秋毫無犯，還祭祀當地的賢能之人，禮遇名士，西邊的人都很滿意。
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沮渠蒙遜手下的酒泉、涼寧兩個郡叛變，投降了西涼。他又聽說呂隆投降了後秦，心裡特彆害怕，就派弟弟建忠將軍沮渠挐、牧府長史張潛到姑臧去見姚碩德，請求率領部眾向東遷移。姚碩德很高興，任命張潛為張掖太守，沮渠挐為建康太守。張潛勸沮渠蒙遜趕緊東遷，沮渠挐卻私下對蒙遜說：“姑臧還沒被攻下來，呂氏也還在，姚碩德糧草用完了就得回去，肯定待不久。咱們何必自己放棄地盤，去受彆人控製呢！”臧莫孩也覺得這話有道理。
沮渠蒙遜派兒子奚念到河西王利鹿孤那裡當人質，利鹿孤不接受，說：“奚念年紀太小，得派沮渠挐來。”冬天十月，蒙遜又派使者給利鹿孤上奏章說：“我之前派奚念去表達誠意，可您沒明白我的心意，又要我弟弟沮渠挐去。我覺得要是有誠信，兒子不算輕；要是沒誠信，弟弟也不算重。現在戰亂還沒平息，實在沒法照您說的做，希望陛下能諒解。”利鹿孤很生氣，派張鬆侯俱延、興城侯文支率領一萬騎兵襲擊蒙遜，到了萬歲臨鬆，抓住了蒙遜的堂弟鄯善苟子，擄走了六千多戶百姓。蒙遜的堂叔孔遮到利鹿孤那裡去求情，答應派沮渠挐當人質。利鹿孤這才歸還了擄走的人和物，召回了俱延等人。文支是利鹿孤的弟弟。
南燕君主慕容備德在延賢堂宴請大臣，喝到興頭上，問大臣們：“我能比得上古代的哪個君主？”青州刺史鞠仲說：“陛下是中興的聖主，和少康、光武帝差不多。”備德回頭讓手下賞鞠仲一千匹帛，鞠仲覺得賞太多，推辭不受。備德說：“你知道拿我開玩笑，我就不知道拿你開玩笑嗎！你說的不是實話，所以我也用虛禮賞你罷了。”韓範上前說：“天子不能說玩笑話。今天這事，君臣都有不對。”備德特彆高興，賞了韓範五十匹絹。
慕容備德的母親和哥哥慕容納都在長安，他派平原人杜弘去尋訪。杜弘說：“我到長安後，要是找不到太後的消息，就往西去張掖，死也要完成任務。我父親杜雄已經六十多了，求您給我本縣的俸祿，好讓我儘孝心。”中書令張華說：“杜弘還沒出發就求俸祿，這是要挾君主，罪過太大了。”備德說：“杜弘為君主迎母親，為父親求俸祿，忠孝都占全了，有什麼罪！”於是任命杜雄為平原令。可杜弘到了張掖，卻被強盜殺了。
十一月，劉裕追擊孫恩到滬瀆、海鹽，又把他打敗，殺死俘虜了上萬人，孫恩隻好從浹口遠遠逃進海裡。
十二月辛亥日，北魏君主拓跋珪派常山王拓跋遵、定陵公和跋率領五萬部眾到高平襲擊沒弈乾。
乙卯日，北魏虎威將軍宿遝乾討伐後燕，攻打令支；乙醜日，後燕中領軍宇文拔帶兵救援。壬午日，宿遝乾攻下令支，派兵駐守。
呂超攻打薑紀，沒打下來，又去攻打焦朗。焦朗派侄子焦嵩到河西王利鹿孤那裡當人質，請求救援，利鹿孤派車騎將軍禿發傉檀趕去。等傉檀到了，呂超已經退走，焦朗卻關門不讓他進城。傉檀很生氣，要攻城，鎮北將軍俱延勸道：“留戀故土不願遷移，是人之常情。焦朗困守孤城沒糧食，今年不投降，明年也會自己歸順，何必犧牲那麼多士兵去攻打呢！要是打不下來，他肯定會去投靠彆的國家。把本州的百姓送給鄰國當資本，不是好主意；不如好好勸勸他。”傉檀於是和焦朗講和，然後到姑臧炫耀兵力，在胡阬紮營。
傉檀知道呂超肯定會來劫營，就準備好火把等著。呂超夜裡派中壘將軍王集率領兩千精兵去劫營，傉檀卻慢慢整頓軍隊，沒起身迎敵。王集進了營壘，裡麵外麵同時點火，光照得像白天一樣；傉檀出兵反擊，殺了王集和三百多個士兵。呂隆害怕了，假意和傉檀講和，請求在苑內結盟，傉檀派俱延進去結盟。俱延懷疑有埋伏，拆了苑牆才進去。呂超埋伏的士兵果然出擊，俱延丟了馬，步行逃跑，淩江將軍郭祖奮力抵抗，俱延才得以脫身。傉檀大怒，到顯美去攻打呂隆的昌鬆太守孟禕。呂隆派廣武將軍荀安國、寧遠將軍石可率領五百騎兵去救援，荀安國等人害怕傉檀勢強，逃了回去。
桓玄上奏章推薦哥哥桓偉為江州刺史，鎮守夏口；任命司馬刁暢為輔國將軍、督八郡軍事，鎮守襄陽；派部將皇甫敷、馮該駐守湓口。把沮水、漳水一帶的兩千戶蠻人遷到江南，設立武寧郡；又招集流民，設立綏安郡。朝廷下詔征召廣州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都把他們留下，不讓去京城。
桓玄自以為占據了晉國三分之二的地盤，多次讓人獻上關於自己的祥瑞征兆，想迷惑眾人；又寫信給會稽王司馬道子說：“孫恩那夥賊寇逼近京城，是因為刮風沒法前進，下雨沒法放火，糧食吃完了才退走，不是打不過。以前王國寶死後，王恭沒趁勢進京掌管朝政，可見他對您沒惡意，卻被說成不忠。現在朝中的親信重臣裡，有誰是有聲望的？不能說沒有好人，隻是您不信任他們罷了！近來很短時間內，就釀成了今天的禍患。朝中大臣都怕惹禍不敢說話，我在外地任職，才敢說出實情。”司馬元顯看到信，特彆害怕。
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張法順對元顯說：“桓玄靠著家世資本，向來有野心，吞並了殷仲堪、楊佺期後，獨占了荊楚地區，您能控製的隻有三吳之地。孫恩作亂，東部地區一片狼藉，官府百姓都窮得叮當響，桓玄肯定會趁這個機會作亂，我真替您擔心。”元顯問：“那怎麼辦？”法順說：“桓玄剛得到荊州，人心還沒歸附，正忙著安撫，沒空想彆的。要是趁這時候讓劉牢之當先鋒，您率領大軍跟上，就能拿下桓玄。”元顯覺得對。正好武昌太守庾楷因為桓玄和朝廷結怨，怕事情不成，自己受牽連，秘密派人聯係元顯，說：“桓玄特彆不得人心，大家都不願聽他的，要是朝廷出兵，我願意當內應。”元顯特彆高興，派張法順到京口，和劉牢之商量；劉牢之覺得這事難辦。法順回來對元顯說：“看劉牢之的神色，肯定會背叛我們，不如把他召來殺了；不然，肯定會壞大事。”元顯不聽。於是大規模整訓水軍，征兵造艦，準備討伐桓玄。
元興元年壬寅年，公元402年）
春天正月庚午日，朝廷下詔曆數桓玄的罪狀，任命尚書令元顯為驃騎大將軍、征討大都督、都督十八州諸軍事，加授黃鉞，又任命鎮北將軍劉牢之為前鋒都督，前將軍譙王尚之為後續部隊，同時大赦天下，改年號，朝廷內外戒嚴；加授會稽王司馬道子為太傅。
元顯想把桓氏家族全殺了。中護軍桓修是驃騎長史王誕的外甥，王誕很受元顯寵信，就說桓修等人和桓玄誌向不同，元顯才沒動手。王誕是王導的曾孫。
張法順對元顯說：“桓謙兄弟經常給上遊的桓玄當耳目，應該殺了他們，杜絕奸謀。而且事情成不成，全看前鋒，可劉牢之反複無常，萬一變卦，災禍馬上就來。可以讓劉牢之殺了桓謙兄弟，表明他沒有二心；要是他不聽命，就先收拾他。”元顯說：“現在除了劉牢之，沒人能對付桓玄；而且剛開始就殺大將，人心會不安。”反複不同意。又因為桓氏世代被荊州人依附，桓衝尤其有遺恩，而桓謙是桓衝的兒子，就把桓謙從驃騎司馬提拔為都督荊、益、寧、梁四州諸軍事、荊州刺史，想靠這拉攏西部人心。