桓玄當時雖然派兵抵抗劉裕，但逃跑的念頭已經定了，暗中派領軍將軍殷仲文在石頭城準備船隻；聽說桓謙等人戰敗，就率領幾千親信，聲稱要去參戰，接著帶著兒子桓昺、侄子桓浚逃出南掖門。遇到前相國參軍胡藩，胡藩拉住馬韁繩勸諫說：“現在羽林射手還有八百人，都是願意作戰的，西邊來的人受了桓家幾代的恩惠，不驅使他們打一仗，一旦放棄這裡，想去哪裡安身呢！”桓玄不回答，隻是舉起馬鞭指著天，接著打馬快跑，向西直奔石頭城，和殷仲文等人坐船向南逃走。一整天沒吃東西，身邊的人獻上粗米飯，桓玄咽不下去，桓昺抱著他的胸口安撫他，桓玄悲痛得受不了。
劉裕進入建康，王仲德抱著王元德的兒子王方回出來迎接他，劉裕在馬上抱著王方回，和王仲德相對而哭。他追贈王元德為給事中，任命王仲德為中軍參軍。劉裕住在桓謙過去的軍營裡，派劉鐘占據東府。庚申日，劉裕屯駐在石頭城，設立留守朝廷的百官，在宣陽門外焚燒了桓溫的神主牌位，又製作了晉朝新的神主，送入太廟。他派遣眾將領追擊桓玄，尚書王嘏率領百官迎接皇帝的車駕，誅殺了留在建康的桓玄宗族。劉裕派臧熹進入皇宮，收集圖書、器物，封閉府庫；看到有鑲金的樂器，劉裕問臧熹：“你難道不想要這些嗎？”臧熹神色嚴肅地說：“皇上被囚禁逼迫，流亡在外，將軍帶頭發起大義，為王室操勞，我雖然沒什麼才能，也實在對這些樂器沒興趣。”劉裕笑著說：“我隻是跟你開個玩笑罷了。”臧熹是臧燾的弟弟。
壬戌日，桓玄的司徒王謐和眾人商議推舉劉裕兼任揚州刺史，劉裕堅決推辭，於是任命王謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，王謐又推舉劉裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
劉裕剛到建康時，各種重大事務的處理都交給劉穆之，在倉促之間做出的安排，沒有不符合大家心意的。劉裕於是把他當作心腹，行動舉止都向他谘詢；劉穆之也儘心竭力，毫無隱瞞。當時晉朝的政令寬鬆廢弛，法紀不立，豪門大族放縱妄為，百姓窮困窘迫，再加上司馬元顯政令錯亂。桓玄雖然想整頓，但法令條文繁多細密，大家都不遵從。劉穆之根據當時的情況酌情處理，隨時矯正；劉裕以身作則，先用威嚴的禁令約束大家；朝廷內外的百官都嚴肅認真地履行職責，不到十天，風氣就有了很大改變。
當初，諸葛長民到了豫州，錯過了約定的時間，沒能發動起事。刁逵抓住了諸葛長民，用囚車把他送給桓玄。到了當利時，桓玄戰敗，押送的人一起砸破囚車放出諸葛長民，他返回直奔曆陽。刁逵放棄城池逃跑，被他的部下抓住，在石頭城被斬首，他的子侄無論老少都被處死，隻赦免了他的小弟給事中刁騁。刁逵過去的屬吏藏起他的侄子刁雍，送到洛陽，秦王姚興任命刁雍為太子中庶子。劉裕任命魏詠之為豫州刺史，鎮守曆陽，諸葛長民為宣城內史。
以前，劉裕名聲低微，地位低下，為人輕薄狡詐，沒有品行，世家大族都不和他來往，隻有王謐特彆看重他，對劉裕說：“你會成為一代英雄。”劉裕曾經和刁逵賭博，沒能及時交錢，刁逵把他綁在馬樁上。王謐看到後，責備刁逵並釋放了劉裕，還替他還清了錢。因此劉裕非常怨恨刁逵而感激王謐。
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蕭方等評論說：蛟龍潛伏的時候，魚蝦也會輕視它。所以漢高祖赦免雍齒，魏武帝赦免梁鵠，怎麼能因為平民時的嫌隙而造成帝王時的仇怨呢！如今王謐位居三公，刁逵卻家族滅亡，酬謝恩德、報複仇怨，心胸多麼狹隘啊！
尚書左仆射王愉和他的兒子荊州刺史王綏謀劃襲擊劉裕，事情泄露，被滅族，王綏的侄子王慧龍被僧彬藏起來，得以幸免。
北魏因為中原地區經濟蕭條，下詔撤銷戶數不滿一百的縣。
丁卯日，劉裕遷到東府鎮守。
桓玄到了尋陽，郭昶之給他提供器具物資和兵力。辛未日，桓玄逼迫皇帝向西進發，劉毅率領何無忌、劉道規等各路軍隊追擊他。桓玄留下龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓和郭昶之鎮守湓口。桓玄在路上自己撰寫《起居注》，敘述討伐劉裕的事情，自認為謀劃策略沒有一點失誤，是各路軍隊違反了調度，才導致失敗。他一心專注於著述，沒時間和部下商議時事。《起居注》寫成後，向遠近各處宣揚展示。
丙戌日，劉裕聲稱接受了皇帝的秘密詔書，讓武陵王司馬遵按照皇帝旨意總領百官行事，加封侍中、大將軍，於是宣布大赦，隻有桓玄一族不被寬恕。
劉敬宣、高雅之聯合青州的大族和鮮卑的豪強首領，謀劃殺害南燕主慕容備德，推舉司馬休之為主。慕容備德任命劉軌為司空，非常寵信他。高雅之想邀請劉軌一起謀劃，劉敬宣說：“劉公年老體衰，有安定齊地的心願，不能告訴他。”高雅之最終還是告訴了劉軌，劉軌沒有聽從。謀劃漸漸泄露，劉敬宣等人向南逃走，南燕人抓住劉軌，殺了他，追上高雅之，也殺了他。劉敬宣、司馬休之到了淮水、泗水之間，聽說桓玄戰敗，就前來歸順，劉裕任命劉敬宣為晉陵太守。
南燕主慕容備德聽說桓玄戰敗，命令北地王慕容鐘等人領兵準備奪取江南地區，恰逢慕容備德生病而停止。
夏季四月己醜日，武陵王司馬遵進入東宮居住，朝廷內外都對他恭敬有禮；任免百官的文書稱為製書，教化百姓的文書稱為令書。任命司馬休之監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅日，桓玄挾持皇帝到了江陵，桓石康接納了他們。桓玄重新安排設置百官，任命卞範之為尚書仆射。他自認為戰敗奔逃之後，擔心威嚴命令不能施行，於是更加嚴酷地加重刑罰，眾人心裡更加離散怨恨。殷仲文勸諫，桓玄發怒說：“現在因為眾將領違反軍紀，天象不利，所以才回到舊楚的都城；而這些小人卻紛紛亂亂，妄自提出不同意見！正應當用嚴厲的手段糾正，不能施行寬容的政策。”荊、江各郡聽說桓玄流亡，有上奏表問候起居的，桓玄都不接受，反而命令當地官員祝賀遷都新址。
當初，王謐是桓玄輔佐稱帝的重要大臣，桓玄接受禪讓時，王謐親手解開皇帝的玉璽綬帶；等到桓玄戰敗，眾人認為王謐應該被誅殺，劉裕卻特意保全了他。劉毅曾經在朝會時，問王謐玉璽綬帶在哪裡。王謐心裡不安，逃到曲阿。劉裕寫信報告武陵王，迎接他回來恢複職位。
桓玄哥哥的兒子桓歆帶領氐族首領楊秋侵犯曆陽，魏詠之率領諸葛長民、劉敬宣、劉鐘一起打敗了他們，在練固斬殺了楊秋。
桓玄派武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭率領幾千人到何澹之等人那裡一起鎮守湓口。何無忌、劉道規到了桑落洲，庚戌日，何澹之等人帶領水軍迎戰。何澹之平時乘坐的船裝飾著羽毛儀仗和旗幟，非常顯眼，何無忌說：“賊寇首領一定不在這艘船上，是想欺騙我們罷了，應該趕快攻打它。”眾人說：“何澹之不在裡麵，攻下它也沒什麼好處。”何無忌說：“現在我們兵力少，敵人兵力多，作戰不可能完全勝利，何澹之既然不在這艘船上，船上的戰士一定薄弱，我們用精銳部隊攻打，一定能攻下；攻下它，那麼他們的氣勢就會受挫，而我們的士氣會倍增，趁機逼近他們，一定能打敗賊寇。”劉道規說：“好！”於是前去攻打並攻下了這艘船，接著傳呼說：“已經抓住何澹之了”。何澹之的軍隊驚慌混亂。何無忌的部下也認為真的抓住了何澹之，乘勝進攻何澹之等人，把他們打得大敗。何無忌等人攻克湓口，進軍占據尋陽，派遣使者護送宗廟的神主牌位返回京城。朝廷加封劉裕都督江州諸軍事。
桑落洲之戰中，胡藩乘坐的船被官軍燒毀，胡藩穿著全套鎧甲跳入水中，潛水遊了三十多步，才得以登上岸。當時去江陵的路已經斷絕，他就回到豫章。劉裕一向聽說胡藩為人忠誠正直，邀請他參與領軍軍事。
桓玄收羅荊州的兵力，不到三十天，就有了兩萬人馬，樓船、器械都很精良充足。甲寅日，桓玄又率領各路軍隊挾持皇帝向東進軍，任命苻宏領梁州刺史，作為前鋒；又派散騎常侍徐放先去勸降，對劉裕等人說：“如果能撤回軍隊，解散武裝，會給你們重新開始的機會，各自授予官職，讓你們不會失去應有的名分。”
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劉裕任命諸葛長民為都督淮北諸軍事，鎮守山陽；任命劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社侖的堂弟悅代大那謀劃殺害社侖，沒成功，逃奔北魏。
後燕王熙在龍騰苑修建逍遙宮，有幾百間相連的房屋，還開鑿了曲光海。盛夏時節，士兵得不到休息，中暑而死的超過一半。
西涼世子李譚去世。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌人孟懷玉率領部眾從尋陽向西進軍，五月癸酉日，和桓玄在崢嶸洲相遇。劉毅等人的兵力不到一萬人，而桓玄的士兵有幾萬人，大家都很害怕，想退回尋陽。劉道規說：“不行！敵眾我寡，強弱形勢不同，現在如果畏縮不前，必定會被對方趁機攻擊，就算到了尋陽，又怎能守住呢！桓玄雖然盜用了雄豪的名聲，內心其實很膽怯；加上他已經戰敗奔逃過，部眾沒有堅定的鬥誌。在戰場上決戰，勇猛的一方能取勝，不在於人多。”於是指揮部眾率先前進。劉毅等人跟著他一起進軍。桓玄常常在船邊係上小船，以防失敗時逃跑，因此部眾都沒有鬥誌。劉毅等人乘風放火，全軍精銳奮勇爭先，桓玄的部眾大敗，他燒毀輜重，連夜逃跑。郭銓到劉毅那裡投降。桓玄過去的將領劉統、馮稚等人聚集四百多黨羽，襲破了尋陽城。劉毅派建威將軍劉懷肅討伐平定了他們。劉懷肅是劉懷敬的弟弟。
桓玄挾持皇帝乘一艘船向西逃跑，把永安何皇後和王皇後留在巴陵。殷仲文當時在桓玄的船上，請求出去到彆的船上收集逃散的士兵，趁機背叛了桓玄，侍奉兩位皇後逃往夏口，隨後返回建康。
己卯日，桓玄和皇帝進入江陵。馮該勸他再向下遊作戰，桓玄不聽，想逃到漢中投靠桓希，但人心渙散，命令無法施行。庚辰日夜裡，桓玄安排好準備出發，城內已經大亂，他就和一百多個親近心腹騎馬從城西逃走。到城門時，身邊的人在暗處砍他，沒砍中，他的部下互相殘殺，屍體橫七豎八。桓玄勉強到了船上，身邊的人都散開了，隻有卞範之在身邊。
辛巳日，荊州彆駕王康產侍奉皇帝進入南郡府舍，太守王騰之率領文武官員擔任侍衛。
桓玄準備去漢中，屯騎校尉毛修之是毛璩的侄子，引誘桓玄進入蜀地，桓玄聽從了他。寧州刺史毛璠是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孫子毛佑之和參軍費恬率領幾百人，送毛璠的靈柩回江陵。壬午日，在枚回洲遇上桓玄。毛佑之、費恬迎擊桓玄，箭下如雨，桓玄的寵臣丁仙期、萬蓋等人用身體遮擋桓玄，都死了。益州督護漢嘉人馮遷拔刀上前要殺桓玄，桓玄拔下頭上的玉導給他，說：“你是什麼人，敢殺天子！”馮遷說：“我殺的是天子的叛賊！”於是斬殺了桓玄，又殺了桓石康、桓浚、庾賾之，抓住桓昺送到江陵，在街市上斬首。皇帝在江陵恢複帝位，任命毛修之為驍騎將軍。甲申日，宣布大赦，那些因畏懼逼迫而跟隨叛逆的人一概不追究。戊寅日，把神主送進太廟。劉毅等人傳送桓玄的首級，掛在大桁上示眾。
劉毅等人打了勝仗後，認為大事已定，不急於追擊，又遇上大風，船隻不能前進，桓玄死了將近十天，各路軍隊還沒到。當時桓謙藏在沮中，揚武將軍桓振藏在華容浦，桓玄過去的將領王稚徽戍守巴陵，派人報告桓振說“桓歆已經攻克京城，馮稚又攻克了尋陽，劉毅等人的軍隊都在中途敗退了”。桓振大喜，聚集黨羽二百人，襲擊江陵，桓謙也聚集部眾響應他。閏月己醜日，又攻陷江陵，殺了王康產、王騰之。桓振在行宮見到皇帝，躍馬揮戈，一直衝到台階下，問桓昺在哪裡。聽說桓昺已經死了，瞪著眼睛對皇帝說：“我們家族哪裡對不起國家，卻被這樣屠殺滅族！”琅邪王司馬德文走下座位對他說：“這難道是我們兄弟的意思嗎！”桓振想殺皇帝，桓謙苦苦勸阻，他才下馬，表情嚴肅地行禮後出去。壬辰日，桓振為桓玄舉辦喪事，設立靈堂，諡號為武悼皇帝。
癸巳日，桓謙等人率領群臣向皇帝獻上玉璽綬帶，說：“主上效法堯禪讓給舜，如今楚國國運不長，百姓的心又回歸晉朝了。”任命琅邪王司馬德文領徐州刺史，桓振為都督八州諸軍事、荊州刺史，桓謙恢複為侍中、衛將軍，加授江、豫二州刺史，皇帝身邊的侍從，都是桓振的心腹。
桓振年輕時品行不端，桓玄不把他當侄子看待。到這時，他感歎說：“叔父過去不早點任用我，才導致這樣的失敗。如果叔父還在，我做前鋒，平定天下不在話下。現在獨自做這些事，能有什麼歸宿呢？”於是放縱地沉迷酒色，肆意殺人。桓謙勸桓振領兵向下遊作戰，自己駐守江陵，桓振一向輕視桓謙，不聽他的話。
劉毅到了巴陵，誅殺了王稚徽。何無忌、劉道規在馬頭進攻桓謙，在龍泉進攻桓蔚，都打敗了他們。桓蔚是桓秘的兒子。
何無忌想乘勝直逼江陵，劉道規說：“兵法講究有進有退，不能冒進。桓氏幾代住在西楚，部下都為他們儘力；桓振勇猛冠絕三軍，難以和他爭勝。暫且可以休整軍隊，養精蓄銳，慢慢用計策牽製他，不愁不能攻克。”何無忌不聽。桓振在靈溪迎戰，馮該領兵與他會合，何無忌等人大敗，死了一千多人。退回尋陽，和劉毅等人上奏章請罪。劉裕因為劉毅統領各路軍隊，免去他的青州刺史職務。桓振任命桓蔚為雍州刺史，鎮守襄陽。
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柳約之、羅述、甄季之聽說桓玄死了，從白帝進軍，到了枝江，聽說何無忌等人在靈溪戰敗，也領兵退回。不久，羅述、甄季之都病了，柳約之到桓振那裡假裝投降，想謀劃襲擊桓振，事情泄露，桓振殺了他。柳約之的司馬時延祖、涪陵太守文處茂收集他剩餘的部眾，據守涪陵。
六月，毛璩派將領攻打漢中，斬殺桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季七月戊申日，永安皇後何氏去世。
後燕苻昭儀生病，龍城人王榮自稱能治好她。苻昭儀死後，後燕王熙把王榮綁在公車門，肢解後焚燒了他。
八月癸酉日，把穆章皇後葬在永平陵。
北魏設置六謁官，仿照古代的六卿。
九月，刁騁謀反，被處死，刁氏家族於是滅亡。刁氏一向富裕，家奴門客橫行霸道，獨占山林湖澤，是京口的禍患。劉裕分散他們的資產積蓄，讓百姓根據自己的力量去拿，一整天都沒拿完。當時州郡鬨饑荒，百姓依靠這些得以救濟。
乞伏乾歸和楊盛在竹嶺交戰，被楊盛打敗。
西涼公李暠立兒子李歆為世子。
北魏君主拓跋珪親臨昭陽殿，改任和補充百官，召集朝廷的文武官員，親自選拔，根據才能授予官職。爵位分為四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。那些官階第一到第四的，過去有功勞卻沒有爵位的，追封爵位；宗室中關係疏遠的以及異姓襲封爵位的，降爵不等。又設置五等散官，官階從第五到第九；文官中才能出眾的、武官中能當將帥的，官階也比照第五到第九；百官有缺額，就從這些人中選取補充。官名大多不用漢、魏的舊稱，仿照上古的龍官、鳥官，稱各部門的使者為鳧鴨，取它們飛行迅速的意思；稱偵察的候官為白鷺，取它們伸長脖子遠望的意思；其他的官名也類似這樣。
盧循侵犯南海，攻打番禺。廣州刺史濮陽人吳隱之堅守了一百多天。冬季十月壬戌日，盧循在夜裡襲擊城池，攻陷了番禺，燒毀了官府房舍和百姓房屋，抓住了吳隱之。盧循自稱平南將軍，代理廣州事務。聚集燒剩的屍骨合葬在洲上，有三萬多具骷髏。又派徐道覆攻打始興，抓住了始興相阮腆之。
劉裕兼任青州刺史。劉敬宣在尋陽，聚集糧食，修繕船隻，從未沒有防備，所以何無忌等人雖然敗退，依靠他得以重新振作。桓玄哥哥的兒子桓亮自稱江州刺史，侵犯豫章，劉敬宣打敗了他。
劉毅、何無忌、劉道規又從尋陽向西進軍，到了夏口。桓振派鎮東將軍馮該防守東岸，揚武將軍孟山圖據守魯山城，輔國將軍桓仙客防守偃月壘，部眾合計一萬人，水陸互相支援。劉毅攻打魯山城，劉道規攻打偃月壘，何無忌扼守中遊，從辰時到午時，兩座城都被攻破，活捉了孟山圖、桓仙客，馮該逃到石城。
辛巳日，北魏大赦，改年號為天賜。修建西宮。十一月，北魏君主拓跋珪前往西宮，命令宗室設置宗師，八國設置大師、小師，州郡也各自設置師，用來辨彆宗族鄉黨，推薦有才能德行的人，如同魏晉時期中正官的職責。
後燕王熙和苻後出遊打獵，向北登上白鹿山，向東越過青嶺，向南來到滄海才返回，士兵被虎狼咬死和凍死的有五千多人。
十二月，劉毅等人進軍攻克巴陵。劉毅號令嚴明，所經過的地方百姓安定喜悅。劉裕又任命劉毅為兗州刺史。桓振任命桓放之為益州刺史，屯駐西陵；文處茂打敗了他，桓放之逃回江陵。
高句麗侵犯後燕。
戊辰日，北魏君主拓跋珪前往豺山宮。
這一年，晉朝百姓為了躲避戰亂，背著孩子逃往淮北的人在路上接連不斷。
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