啟元十一年夏至啟元十二年初，東瀛四島在帝國鐵腕治理下，表麵激烈的戰火已然平息，但零星的抵抗與肅清行動，仍如同潮濕森林裡的餘燼，不時在暗處複燃，噴吐出危險的火星。帝國軍隊與錦衣衛的主要任務，已從大規模野戰，轉為更為繁瑣卻也至關重要的治安肅靖與秩序重建。
在九州築紫國的阿蘇山區，一股約三百人的殘兵與落魄武士，依托著險峻的火山地貌和當地部分山民的暗中接濟，建立了抵抗寨壘，不時下山襲擊帝國巡邏隊、移民村落或是向“宣化堂”輸送物資的車隊。他們打著早已不複存在的“菊水紋”破旗，誓言“尊皇討奸”，進行著絕望的戰鬥。
負責九州防務的第五軍第一旅旅長蔡鍔，立即調集了麾下最擅長山地作戰的精銳營，並配屬了工兵與剛剛組建、由歸順日人組成的“偵緝隊”，對阿蘇山區進行了拉網式清剿。戰鬥規模不大，卻異常殘酷。帝國軍利用絕對的火力優勢，用迫擊炮和機槍壓製對方簡陋的弓箭與火銃，然後以小股部隊攀岩迂回，逐一拔除據點。投降者被當場審訊，甄彆出首領與骨乾後立即處決，餘者則打上重犯烙印，押送往北海道的礦場。接濟抵抗者的山民村落，一旦被查出，整村被強製遷移至庫頁島。馬嘯川以雷霆手段，在月餘時間內，便將這股最大的成建製抵抗力量徹底碾碎，其首領的首級被懸掛在熊本城外示眾。
在本州紀伊國的茂密山林中，抵抗則以更隱蔽的形式存在。那裡是忍者與山伏修驗道行者）的傳統活躍區。小股的精銳抵抗者利用對地形的熟悉，進行偷襲、破壞道路、刺殺落單的帝國官吏或親帝國的日人“合作者”。他們行蹤詭秘，來去如風，給帝國的基層治理帶來了不小的困擾。
負責此地治安的第五軍第二旅旅長藍天蔚，組成以排、班為單位的獵殺小隊，攜帶精良的裝備和軍犬，長期駐守在山口要道，或是偽裝成樵夫、行商進行反向滲透。同時利用高額賞金和赦免承諾，招募熟悉內情的日人作為向導和眼線，從內部瓦解抵抗組織。經過數月反複的梳剿、設伏與反暗殺，紀伊山區的抵抗活動被逐漸壓製下去，雖未能完全根除，但其活動範圍和頻率已大為縮減，再也無法形成實質性威脅。
而在四國伊予國，成年就國的裕王世子柏以盛，則麵臨著更為複雜的局麵。他名義上親政，試圖展現仁德，安撫地方，卻因此被一些潛伏的敵對勢力視為軟弱可欺。一股偽裝成商隊的武士，策劃在柏以盛巡視地方時發動行刺。幸得帝國派任的國相老成持重，提前通過錦衣衛的線報獲悉了陰謀，布下天羅地網，將刺客一網打儘。此事給柏以盛上了深刻的一課，讓他徹底明白，在這片新附之地上，所謂的“仁政”必須建立在絕對的控製力與無情的手段之上。此後，他不得不更加倚重國相與帝國駐軍，對轄境內的任何不穩定苗頭都采取了更為嚴厲的鎮壓措施。
在整個肅清過程中，何三的錦衣衛扮演了無處不在的陰影角色。他們不僅提供情報，更負責對抓獲的抵抗分子進行審訊，順藤摸瓜，摧毀其背後的支持網絡。北鎮撫司的詔獄在東瀛府及各主要城市設立，裡麵日夜不停地傳出淒厲的慘叫。恐怖的氛圍有效地遏製了大規模抵抗的滋生，但也使得表麵的順從之下，潛藏著更深的仇恨與麻木。
隨著有組織的抵抗被基本蕩平，帝國東瀛都督府開始將更多精力投入到“王化”建設上來。在軍事高壓的保障下，社會秩序逐步趨於穩定——一種在刺刀監視下的穩定。
工部主導的基礎建設開始展開，但目的性極其明確：修複連接主要城鎮、港口與資源產地的道路，便於軍隊調動與物資運輸；疏浚港口，增強帝國海軍的存在與貿易主要是將本土物資源源不斷運來，並將搜刮的原料運回）能力；在一些戰略要地修建永久性的兵營、炮台和都督府下屬的各類官署。至於民生的恢複，則被放在次要位置，僅限於維持最基本的秩序，避免大規模饑荒引發新的動亂。
移民村落經過初期的混亂與衝突，在帝國官吏和駐軍的強力乾預下，逐漸站穩了腳跟。來自帝國各地的方言開始在這片土地上混雜，漢式的農耕技術、生活方式，伴隨著赤龍旗和官話，緩慢地滲透進鄉村。而原有的日本村落，則在精英被清除、青壯被遷移、文化被壓製後，變得凋敝而沉寂，隻能在帝國的框架下艱難求存。
“宣化堂”和“蒙學堂”裡，第一批強製入學的日本孩童，在經過一年多的訓導後，已能磕磕絆絆地背誦一些漢文經典，認寫數百個漢字。雖然離“歸心”尚遠，但至少表麵上，他們已經習慣了這種新的語言和環境。帝國教育體係在張謇的規劃下，開始向更高層級延伸，準備選拔其中“表現優異”者，進入即將設立的“東瀛中學堂”繼續深造，以期培養出第一批完全接受帝國認同的新一代。
至啟元十二年春，柏淩宇在呈送給新京的年度述職奏折中，可以略帶自豪地宣稱：“…東瀛四島，大規模戰事已息，零星匪患漸次肅清。道路通衢，赤旗遍插；蒙學宣化，漢音初聞。移民安堵，倭人懾服。雖間有冥頑陰蓄異誌，然皆如爝火之光，難成氣候。東瀛之地，已漸次步入帝國王化之正軌…”
征服的硝煙已然散去，但融合的陣痛遠未結束。帝國用鐵與血為東瀛帶來了新的秩序，而這秩序下的代價與未來，唯有時間才能給出最終的答案。帝國的目光，在基本穩定東瀛局勢後，開始再次投向更廣闊的海洋與大陸，新的挑戰與征程，已在醞釀之中。
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