當南明在朱慈烺的領導下艱難複蘇、內部漸趨穩固之時，遙遠的四川，那座用無數鮮血和白骨堆砌起來的帝國，終於在內外交困中迎來了其宿命般的終章，其過程之慘烈、影響之深遠，足以震動整個天下的格局。
張獻忠的暴虐，並未因時間的流逝或地盤的穩固而有絲毫收斂，反而在一種近乎病態的猜忌和絕望中變本加厲。的惡名並非虛傳，持續的、往往毫無理由的大規模屠殺和係統性掠奪，徹底耗儘了四川本就因連年戰亂而殘破不堪的民力。饑荒、瘟疫伴隨著冰冷的屠刀，在巴蜀大地上瘋狂蔓延，昔日繁華的天府之國如今十室九空，許多城鎮化為鬼蜮，肥沃的田野長滿荊棘蒿草。人口銳減，經濟崩潰，社會秩序蕩然無存。
內部的崩潰首先來臨。持續的殺戮和日益嚴重的猜忌，使得大西軍高層人人自危，離心離德。撫南王劉文秀，作為張獻忠較為年長的養子之一，對其義父愈發瘋狂和不可理喻的暴行感到深切的不滿與絕望，暗中與部下心腹將領商議，認為繼續追隨張獻忠，不僅前途渺茫，恐怕連性命都難以保全。而定北王艾能奇則依舊唯張獻忠之命是從，行事愈發凶殘，與主張稍緩苛政的劉文秀矛盾日益尖銳，幾近公開化。
平東王孫可望，作為張獻忠麾下地位最高、也最具政治頭腦的養子，則陷入了巨大的矛盾與焦慮之中。他深知大西政權已是窮途末路，民心儘失，內部潰爛，但又不甘就此放棄已經到手的權力，更恐懼張獻忠那柄隨時可能落下的屠刀某一天會砍到自己脖子上。他試圖在各方之間斡旋，維持著大西軍搖搖欲墜的架子，但已是力不從心。
就在這內部危機一觸即發之際，致命的打擊來自外部。清廷在基本穩定了北方局勢、並成功招降了大部分原明軍勢力後，終於將銳利的目光投向了割據四川、且聲名狼藉的張獻忠。攝政王多爾袞的戰略眼光十分清晰，他絕不會允許張獻忠這樣一個不受控製、極度危險且可能威脅湖廣乃至陝西後方的割據勢力繼續存在。他任命能征善戰的肅親王豪格為靖遠大將軍，統率吳三桂、李國翰等漢軍八旗及部分蒙古兵馬，由陝西漢中南下，大舉攻蜀！
與此同時，南明方麵，朱慈烺雖因實力所限，未直接派兵入川，但通過秦良玉的渠道，加大了對川東明軍曾英部、以及川南義軍楊展部的支持，輸送了一批寶貴的糧餉和軍械，並給予道義上的聲援，鼓勵他們積極配合清軍儘管雙方目的截然不同），從東、南兩個方向對張獻忠形成夾擊之勢。
在內憂外患的多重打擊下，早已軍心渙散、民生凋敝的大西軍一觸即潰。豪格大軍自漢中南下，勢如破竹，連克朝天關、七盤關等天險，迅速奪取保寧今閬中）、順慶今南充）等川北重鎮。張獻忠聞訊暴怒，卻無法扭轉戰局，隻得焚燒其在成都營造的部分宮殿，倉皇撤離經營了一年多的，率領核心部隊和大量掠奪來的金銀財寶，欲竄入川南山區，企圖憑借複雜地形負隅頑抗。
然而，天怒人怨，其命已終。就在張獻忠大軍撤退至西充縣鳳凰山一帶時，遭到了豪格派出的精銳騎兵的快速追擊和突襲。時值順治三年1647年）初，隊伍龐大臃腫，指揮混亂。混亂中，這位殺人如麻、自稱大西皇帝的一代梟雄，被清軍中的神射手一箭射中要害，墜馬身亡亦有史料稱其死於亂軍混戰之中），以一種極其突兀的方式，結束了他充滿血腥與爭議的一生。
張獻忠既死，本就離心離德的大西政權瞬間土崩瓦解，失去了最後的凝聚力。孫可望、劉文秀、艾能奇等人驚慌失措，各自率領部分殘部，丟棄大量輜重，倉惶南逃，試圖穿過明軍和土司的控製區，進入雲貴地區尋求生路。豪格則趁勢進軍，幾乎兵不血刃地接管了已形同空城的成都等四川核心區域。
四川，這片飽經張獻忠政權殘酷蹂躪的土地，暫時落入了清軍之手。然而，清軍的占領同樣伴隨著殺戮和掠奪，並未給這片土地帶來和平與複蘇，四川人民的深重苦難，遠未結束。
消息通過多種渠道，很快傳到了南京。朱慈烺聞訊，心情頗為複雜。張獻忠這個曾席卷數省、荼毒生靈、也是南明潛在威脅的心腹大患終於除去，固然是值得慶幸之事。但四川如此迅速地落入清軍之手，使得南明失去了一個廣闊的戰略緩衝區和潛在的糧餉來源地，也讓清軍可以毫無後顧之憂地將其精銳力量集中於東線，未來的壓力必將倍增。
更重要的是，張獻忠的養子們，尤其是頗具能力的孫可望和劉文秀，率領著大西軍最後的部分精銳南逃雲貴。他們手中依然掌握著相當的戰力，他們將來是會在雲貴地區形成新的割據勢力，還是會審時度勢，尋找新的出路？他們能否......為自己所用？
朱慈烺立刻召集史可法、黃道周、韓讚周等核心重臣，舉行緊急會議。
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陛下，張逆伏誅，川局驟變。然豪格占據四川，控我上遊，對湖廣乃至整個長江防線構成巨大威脅。孫可望、劉文秀等竄入雲貴，其心難測，若與當地土司勾結，恐成疥癬之疾，日後難以收拾。局勢紛亂，需早定應對之策。史可法首先分析了局勢的嚴峻性與複雜性。
雲貴地勢險要，萬山阻隔，土司林立，向來難以管轄。孫、劉等人皆非庸碌之輩，若使其在彼處站穩腳跟，吸納流亡，恐非朝廷之福。黃道周也表示深深的擔憂。
朱慈烺沉吟良久，手指在輿圖上四川、雲貴的位置緩緩劃過，眼中閃爍著思慮的光芒，最終開口道：四川落入清虜之手，確非朕所願，然事已至此，悔之無益，唯有積極應對，化挑戰為機遇。
他清晰地下達指令：首先，傳旨給秦良玉，令其立即加強安慶、九江一線防務，提高警惕，密切監視長江上遊動向，嚴防豪格在穩定四川後順江東下，威脅我核心區域。
其次，他繼續部署，以朕的名義，草擬詔書，詔諭雲貴各地大小土司及尚在抵抗的明軍殘部，申明華夷之辨，曉以民族大義，號召他們共抗清虜，切勿依附孫、劉等流寇餘孽。同時，可許以官職、認可其世襲地位等條件，進行分化拉攏。
最後，他談到最關鍵的處理孫可望、劉文秀的策略，眼中閃過一絲精明的光芒：至於孫可望、劉文秀這幾條喪家之犬......暫且不必急於派兵圍剿，也不必立刻招撫。讓他們在雲貴那片窮山惡水裡，和當地的清軍、明軍殘部、以及錯綜複雜的土司勢力互相消耗、互相牽製去。必要時，或可通過隱秘渠道，給予他們些許微不足道的支援，讓他們有力量在那裡攪動風雲，拖住豪格的部分兵力，使其無法全力東顧。
他頓了頓，語氣堅定而充滿耐心：待朕整合內部，穩固江南，解決了江北之多鐸，積蓄足夠力量之後，再回過頭來，從容料理西南！當前首要之務，仍在東南！
朱慈烺再次展現出了超越時代的高超戰略眼光和驚人的耐心。他不急於一時一地之得失，不被情緒左右，而是冷靜地著眼於全局，善於利用一切可以利用的力量和矛盾，將不利因素轉化為對整體戰略有利的條件，為最終的勝利創造著機會。張獻忠的覆滅，標誌著明末農民軍三大主力李自成、張獻忠、羅汝才餘部）的最終謝幕。天下的棋局，經過一番慘烈的洗牌，徹底演變成了南明與滿清這兩個政權之間的終極對決。而南明，在經曆了初期的混亂與絕望後，正以一種嶄新的、更具活力的姿態，迎接著這場決定華夏命運的終極考驗。
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