隨著朱慈炤的身體逐漸康複，以及他對南京朝廷運作的初步了解，朱慈烺開始考慮如何安排這位失而複得的親弟弟。直接恢複其親王身份，昭告天下，固然可以提振民心，但也可能引發不必要的朝局震動，尤其是那些對“藩王”身份敏感的官員，以及擔心出現新的權力中心的勳貴。
深思熟慮後，朱慈烺決定采取一種更為穩妥和富有深意的方式。這一日，他下了一道旨意，以“永王殿下於北地顛沛，飽經憂患，熟知虜情民瘼”為由，特旨允其“參讚機務，入閣觀政”，但不設具體職司，亦不參與日常朝會，主要是在禦前會議或朱慈烺谘詢時，提供意見。
這道旨意，既肯定了朱慈炤的尊貴身份和特殊價值，又避免了他過早地卷入複雜的朝堂紛爭，給了他一個緩衝和學習的機會。朱慈炤對此安排心領神會，感激皇兄的體貼與保護。他開始如饑似渴地閱讀朝廷邸報、奏章副本，虛心向史可法、黃道周等老臣請教，努力彌補這兩年缺失的“功課”，並時常將自己在北京、在流亡途中、在芒碭山的見聞與思考，稟報給朱慈烺，提供許多來自底層的、鮮活的參考信息。
朱慈烺很快發現，朱慈炤對清廷地方治理的弊端、綠營兵的虛實、乃至北方民心的向背，有著極為敏銳和準確的判斷。他的許多建議，雖然略顯稚嫩，卻往往能切中要害，給朱慈烺帶來了不少啟發。兄弟二人一個掌控全局，一個提供細節，配合日漸默契。
然而，陽光之下必有陰影。朱慈炤的悄然回歸和“參讚機務”的身份，儘管保密工作做得極好，但時間稍長，難免在一些最頂層的圈子裡透出風聲。這如同在看似平靜的湖麵下，投下了一顆石子，激起了層層隱秘的漣漪。
一些原本因為皇帝無其他兄弟而不得不全力效忠的官員，心中開始泛起彆樣的心思。永王殿下既然歸來，且陛下似乎頗為倚重，那麼未來的朝局是否會發生變化？是否應該提前“燒燒冷灶”？
而另一些對皇帝新政不滿，卻又不敢明著反對的勢力，則暗中窺視，試圖尋找這位新出現的親王與皇帝之間可能存在的嫌隙，以期加以利用。
這一日，韓讚周密報朱慈烺：“陛下，老奴偵知，近日有致仕的南京禮部侍郎，以及幾位與蘇鬆士紳往來密切的禦史，曾秘密聚會，言語間提及永王殿下，似有試探之意。還有……魏國公家的餘孽，似乎也在暗中活動，試圖打聽殿下之事。”
朱慈烺聞言，眼神瞬間冷了下來。他深知皇權的誘惑和人性之惡，絕不允許任何人、任何勢力，離間他們兄弟之情，或將慈炤卷入政治鬥爭的漩渦。
“給朕盯死了他們！”朱慈烺語氣森然，“若有任何人，敢私下接觸永王，或散布任何不利於兄弟和睦之言辭，無論其官居何位，背景如何，立即鎖拿，嚴懲不貸！告訴慈炤身邊伺候的人，嚴守本分，若有半分差池，全部處死！”
“老奴明白！”韓讚周感受到皇帝的殺意，心中一凜，知道這是絕不可觸碰的逆鱗。
內部的暗湧被朱慈烺以鐵腕強行壓製下去。而與此同時，利用清廷內亂的戰略機遇，南明在各條戰線上都取得了積極的進展。
江北，史可法派出的小股精銳與李定國部配合，成功在山東兗州府、河南歸德府交界處，拔除了幾個清軍的孤立據點，將兩塊小型根據地連成一片，使得清廷在這一區域的統治更加搖搖欲墜。
海上，張煌言指揮靖海營，連續清剿了數股盤踞在嵊泗列島、騷擾商船的海盜，並擊沉了試圖南下的幾艘清軍偵察船，牢牢掌控了製海權。
西南，陳子龍利用朝廷的支持和劉文秀、艾能奇對孫可望的不滿，成功策反了孫可望麾下數名重要將領，使得孫可望進一步被孤立，困守夔州孤城，進退維穀。
一切，似乎都在朝著有利於南明的方向發展。但朱慈烺清楚，真正的考驗，或許就在清廷內部權力鬥爭塵埃落定之後。
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