聯軍在見識到自己究竟有多麼渺小的時候，已經晚了，組成聯軍的所有文明都被秩序分割，文明可以進行的聯係最多是在行星係中，再遙遠的敵方，因為網絡被封鎖導致計算結果出現大量的偏差，無法確定最終的結果，很有可能自己躍遷之後就變成一團團能量消散於宇宙之中。
這讓這些文明被困於一個個行星係大小的宇宙孤島之中，宇宙之中的文明開始因為穀泊亭對自己憋屈的發泄陷入到科技大倒退中，原本應該動動念頭就能完成的事情，現在都無法完成，雖然文明之中的所有人都經過了強化，讓人腦也能當作計算機使用，但是終究是比不過專門設計的計算機，讓這些人控製艦船確實是能辦到，但也僅限開動，想要進行躍遷這種精密工作，還是需要專業計算機的幫助。
現在被困於一座座孤島的人們陷入前所未有的混亂之中，天空中飛著的飛艇靠著基礎的計算能力沒有掉在空中，在天上靠著納米皮膚中的重力操控儀飛行的平民雖然失去了網絡連接，但是靠著強化過的大腦，還是穩住了身形，在天空中懵逼的看著周圍的情況；城市中的各種大型設備因為係統混亂，造成了各種大規模損失和人員傷亡。
懸浮於空中的高樓大廈也因為網絡問題造成重力係統混亂，一些高樓大廈直接變成了重力武器，加速掉落到地麵上，或是成為一把棍子，在城市中自由旋轉，切斷了不少的樓房，幸好因為人口數量少，最窮的人都起碼能有個足球場麵積的家，還有好幾層，那些正常人平時在家裡移動都需要使用傳送來方便自己在家中來回，人人也都有便宜船開，想要進行星係間得航行都是隨意，也起碼配備了最低級思維的簡易人工智能，檢測到飛來的高樓大廈，提前預警，這才讓在地麵上居住的人沒有鬨出多少人命。
被強化過後的身體也能讓沒來得及逃離的人存活一段時間，等待搜救隊的到來。
星球與星球之間的通訊也隻能在行星係中使用，再往外就聯係不到了，這讓政府陷入了恐慌中，正在尋找解決方法，隻能欺騙平民網絡正在進行大規模的維修，暫時不能使用，安穩民心，但這種方法不能長久，遲早會暴露，政府也在想辦法彌補，結果發現什麼辦法都沒有用，現在不僅是失去了網絡，相當多的科技也被封鎖，自己現在的情況十分困難，唯一的好消息就是，自動化農田不需要多高的技術，還能繼續運行。
最後，這種政府人員隻討論出，自己確實沒有辦法，隻能等外麵的情況恢複，現在自己必須要保護自己，雖然科技被封鎖了，但是武器還在，而且還有人口，大不了就用數量來彌補質量的缺失，用自己的人民當作計算機，進行星際間的航行以及戰爭，自己雖然沒有什麼戰略武器，但是毀滅恒星級彆的武器還是非常充足的，行星係之間還能進行溝通，雖然有延遲，但是足夠了。
就這樣，聯軍的這些文明變成了黑暗森林，誰都不確定自己知道的那個人是間諜還是自己人，亦或是想要迷惑自己，搶奪物資的強盜，所以人人自危，隻要發現對麵有主動聯係的想法，第一個念頭就是先下手為強，把對麵殺死，哪怕這樣會有可能暴露自己，也必須要讓知道自己位置的人消失。
原本就有著各種派係，導致內部摩擦不斷的文明，陷入了真正的內戰當中，哪怕是曾經的盟友，現在也是潛在的敵人，必須消滅，自己必須要從這漫漫長夜中幸存，直到自己能夠解決這次的網絡問題，重新讓自己回到巔峰。
這次的戰爭讓整個宇宙充滿了戰火，一些原本就是軍事重鎮的地區因為軍用設備強大的設備，還能互相之間維持通訊，讓這些地區迅速成為軍閥，借助自己的武器裝備和各種防禦設施，開始了對其他行星係或星係的戰爭，並迅速打下了龐大的疆土，互相之間開始了提防，並開始隱瞞自己這邊的情況，使用數學律武器讓邊境地區無法以任何形式超越光速，互相之間的聯係徹底斷絕。
而在這種情況下，那些原本就沒法聯係外麵的行星係陷入了更加濃烈的懷疑之中，彼此之間隔了一層可悲的厚障壁。
而在這種情況下，聯軍的這些文明絲毫沒有察覺到，自己和秩序的邊境線已經被秩序鑿穿了，現在這些文明就像是被癡漢下了藥昏迷，又被扒光衣服的青春少女，而這樣的少女還不止一位，都被這個癡漢盯上，準備大快朵頤。
根普陀看到宇宙中的亂象，滿意的點頭，開始了入侵計劃，讓這些文明的領土全部歸屬於自己，變成自己的形狀，變成對自己唯命是從的傀儡，自己想要讓這些領土乾嘛，這些領土就會爭搶著為自己效忠，償還不存在的恩情。
秩序的艦隊直接對這些宇宙開啟了全體廣播，要求這些獨立的孤島臣服於自己，並直接鎮壓了這些宇宙中最強大的那個勢力作為威懾。
無數的艦船來到那些失去了人工智能的勢力版圖內，開始對這些勢力進行殘酷的鎮壓，沒有足夠的防護，直接被秩序攜帶的生物清理脈衝清理了整顆整顆星球的生物，一個又一個星係的生物被清空，連微生物都沒放過，畢竟秩序現在需要的強大的後勤，而不是耗費資源的自然保護區，自己一個機械文明也不需要考慮環境有多惡劣，基本上是個球就能住，舒適度隻是弱小生物的借口。
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一些宇宙被秩序的操作嚇到立刻投降，但還是有冥頑不靈之輩想要反抗，甚至拿出了次元震蕩彈，想要當作威脅秩序的武器，如果秩序不從這個宇宙離開，自己就引爆次元震蕩彈，讓這個宇宙毀滅，自己和秩序同歸於儘。
秩序見這群人為了懲罰這些人，拿出了自己老早就不用的宇宙重啟裝置，將這些裝置安裝到這些宇宙中，這些裝置在啟動的一瞬間就連接到自己所在的宇宙，讓這些裝置的接口在宇宙中消失不見，你從接口的正麵看去，也隻能看到一道道因為空間漣漪造成的光圈，看不到接口到底連接到了哪裡。
在這些裝置被安放好之後，宇宙的數據開始湧向宇宙重啟裝置中，宇宙重啟裝置開始對這些數據進行分析控製，如果這些文明還沒有被封鎖科技和網絡的時候，也許他們的宇宙監控設備能夠察覺到宇宙被控製，但是現在這些由那些文明分裂出的小到不能再小的碎片，根本沒有這樣的能力，哪怕是擁有宇宙監控設備的勢力也沒有，沒有了分散在整個宇宙中的探針，宇宙監控設備的監控力度直線下降，哪怕是自己所在的宙域被控製了，也絲毫沒有半點察覺。
這些勢力以為自己的威懾成立了，還想要將這種威懾保持下去，讓秩序從這個宇宙中離開，絲毫沒有察覺到自己即將被重啟，從這個宇宙中消失。
在宇宙重啟設備安置完畢之後，秩序在這些宇宙中展開數據場，避免自己也被自己安放的宇宙重啟裝置重啟了，如果這樣，那自己就是個大傻逼。
看到秩序開啟了數據場，從聯軍文明中分裂出的勢力開始歡呼起來，認為自己戰勝了秩序，以後自己就能在自己所處的這個宇宙中隨意行動，甚至重現昨日輝煌也不是問題。
但是當他們還在歡呼的時候，宇宙重啟裝置啟動，整個宇宙的數據開始被宇宙重啟裝置控製，最開始的時候，整個宇宙就像是按下了暫停，全部停止，被包含在其中的人停止了思考，然後這個宇宙中的全部數據和能量都被宇宙重啟裝置徹底打亂，宇宙中的一切就像是泡了一個晚上的豆子，然後被放入攪拌機，在刀片的不斷切割下，豆子慢慢的被磨成沫子，開始和水混合在一起，杯子中的水從最開始的清澈變得渾濁，然後開始變成白色，但是裡麵還有一些大顆粒，最後連那些大顆粒也被旋轉的刀片變成了一團包含了未定型的能量和數據的豆漿。
最後宇宙重啟裝置控製著這些豆漿，開始按照自己係統中設置好的宇宙模板，開始重塑整個宇宙，先是能量和數據混合，開始聚合成為一個個恒星，沒有黑洞，秩序設置的宇宙模板沒有黑洞的位置，秩序不想用物質解壓器從黑洞拿東西，這樣乾為什麼一開始就不安放黑洞？
而後一個個行星開始出現，可以被宇宙重啟裝置創造，並被秩序需要的物質被大量創造，方便秩序安放的納米機器人開采並精煉，隨便弄幾下就能使用，拿去建造艦船和其他各種設備。
宇宙重啟創造也從這片豆漿中拿出了大量的能量，作為物質打印儀的能量，隨時隨地都能打印需要的東西，直接在前線補充需要的東西。
雖然秩序有著能量物質轉換技術，可以隨時隨地打印需要的東西，但是後方安全的基地還是非常重要，前線誰都不敢保證自己能保護住前線的工廠，如果全部的工廠都放在前線，佛國一個突襲，自己前線就要麵臨物資短缺的情況了。
在等待了一段時間之後，原本被變成豆漿的宇宙，被宇宙重啟裝置變成了秩序需要的豆子。
“完事，我們又能在佛國的進攻下支撐一段時間了。”
根普陀和穀泊亭兩個人拿著這些文明的宇宙，開始繼續和歡喜佛的邊境部隊拉扯。