嘉獎的盛宴尚未冷卻，鄭芝龍的中軍大帳已化為最高效的戰爭與統治機器。他召集所有核心將領及新設的“行省籌備司”文官，依據聖命，發布了一係列具體的指令：
甲：三路並進，犁庭掃穴。
目標：三個月內，徹底肅清九州、本州西部中國地區所有成建製抵抗。六個月，蕩平本州東部關東、東北德川殘黨及山野流寇。
東海軍主攻本州：由陳洪統率。
兵力：陸師精銳兩萬含火槍兵三千、重甲兵三千、騎兵兩千，水師福船二十艘、蒼山船四十艘負責沿海支援、封鎖。
一路沿海岸線北進，掃蕩長門山口、周防山口東部，直逼毛利家老巢廣島。對毛利家，先剿後撫，若開城投降，許其保留部份家名虛銜，移封貧瘠之地；若抵抗，則滅族！
一路沿山陽道東進，經備後廣島東北、備中岡山，目標直指岡山池田家、姬路池田或本多家殘部，打通通往近畿京都、大阪的道路。
組建“快速清剿營”二十支每營五百人，含火槍兵兩百、騎兵一百、熟悉地形的薩摩肥後協從軍兩百，配備馱馬，專司清剿潰散武士“野武士”、“落人狩”盤踞的山寨、寺院據點。凡遇抵抗，不分男女老幼，儘屠！首級懸於道旁示眾。
西海軍平定四國、封鎖瀨戶內海：由李魁統率。
兵力：水師主力福船三十艘、蒼山船五十艘、大發熕船五艘，陸戰兵五千負責奪島、登陸作戰。
任務：徹底封鎖瀨戶內海，擊沉或俘獲一切非明方船隻。炮擊沿岸可能藏匿抵抗者的港口、漁村。
登陸四國島，依次掃平阿波蜂須賀家、讚岐生駒家？需查，此時期為京極高知或小藩分立、伊予、土佐山內家。
策略：水陸夾擊，速戰速決。利用水師優勢，對主要城池進行炮擊後登陸攻堅。對抵抗者，參照九州處置。
九州鎮守軍鞏固後方，清剿殘敵：由副將趙武統率。
兵力：陸師一萬五千多為輪換休整部隊及新編協從軍，水師巡邏船隊負責近岸警戒。
確保九州全境尤其新近平定的築前、築後治安，鎮壓一切反抗苗頭。設立保甲連坐製，十戶一保，互相監視告發，隱匿反抗者全保連坐。
繼續清剿九州內陸山區如肥後阿蘇山區、日向高千穗的殘餘勢力。征發降兵、平民為向導和前鋒。
保障後勤通道尤其釜山對馬九州航線絕對安全。設立沿海烽燧體係，三十裡一墩，遇警舉火鳴炮。
西廠丘成雲任務：滲透本州、四國各大名居城及潛藏據點，繪製精確地圖，標記糧倉、武庫、水源、暗道。
刺殺負隅頑抗的敵方核心人物如德川家康若未死、其繼承人、毛利輝元等；監控明軍內部及新附協從軍，嚴防通敵、懈怠。賦予丘成雲“先斬後奏，皇權特許”之權。
乙：廢藩置縣。
在軍事推進的同時，同步建立行省、府、縣三級行政體係，實現“大軍過後，即見王化”。
行省設立：定名：“東瀛承宣布政使司”簡稱東瀛省
首府：暫定鹿兒島城待本州平定後，遷至更中心的大阪或京都。
三司長官由朝廷後續任命，鄭芝龍暫代：
布政使：主管民政、財政、賦稅。首要任務：清丈田畝，登記人口黃冊，推行《大明律。
按察使：主管刑名、監察。首要任務：設立府縣衙署、監獄；嚴懲抗明、違律者；監察官吏。
都指揮使：主管軍務、衛所。首要任務：規劃衛所屯田；統轄留守駐軍；管理軍戶。
府縣劃分首批：
九州島：
薩摩府府治鹿兒島：轄鹿兒島縣、大隅縣、種子島縣。
肥後府府治熊本：轄熊本縣、人吉縣、天草縣。
日向府府治宮崎佐土原：轄宮崎縣、延岡縣。
築前府府治安藝福岡：轄福岡縣、博多縣、宗像縣。
築後府府治柳川：轄柳川縣、久留米縣。注：此處分府縣名稱及轄區為小說設定
本州西部隨軍事推進設立：
長門府府治下關：轄下關縣、荻縣、山口縣。
周防府府治防府：轄防府縣、岩國縣。後續廣島、岡山、姬路等地，克複即設府縣。
四國島待定。
具體措施：
廢藩毀城：
每攻克一地，立即廢除所有藩主、武士之特權及稱號。除選定的府城、縣城外，其餘大小城池、寨堡一律拆毀！石材用於修路、建衙署，木料充公。徹底消除割據的物質基礎。
官吏任命：優先從征倭軍中選拔通文墨、有功且忠誠的低級軍官、吏員，就地轉任府、縣主官知府、知縣及佐貳官同知、縣丞等。同時，八百裡加急奏請朝廷速派進士、舉人充任高階職位。
編戶齊民：由布政使司籌備處主導，軍隊配合，強製推行戶籍登記黃冊和土地清丈魚鱗冊。所有人口，無論原本身份公卿、武士、僧侶、平民、賤民，一律編為“民戶”或“軍戶”，納入大明管理體係。武士階層強製轉業，或為農，或經考核充任底層吏員、捕快，拒不合作者，視為反抗，格殺勿論。
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經濟命脈：