搶劫了茌平縣張官屯徐清華等家，將教堂教師王觀傑殺害。
搶劫了王香老莊教民徐養蘭家，綁架馬家沙窩莊教民劉安義父子勒贖。……
事情越鬨越大。但毓賢看搶得大多是是教民，仍然法外施仁，不咎既往，令其解散。
事情傳到朝廷，朝廷嚴令毓賢嚴加懲處義和拳大首領等匪首。
毓賢不得不命道員吉燦升和副將馬金敘率領所部官兵剿匪。
十一月二十一日將義和拳大首領抓捕，而後又把另幾個首領捕獲。
毓賢對義和拳的這些首領等進行了審問。
發現這幾個人的所作所為，和他腦子裡形成的思維定勢的教案無任何關係，這些人的確是以教案為借口殺人越貨、搶掠財物作惡多端的劫匪。想到自己一直在袒護這夥強盜，怕落人口實，也迫於各個方麵的壓力，匆匆忙忙把義和拳大首領等首惡處死。
各國列強對毓賢不能保護教堂，引發教民的極大不滿，強烈要求清撤換山東巡撫。
清也認為毓賢“固執己見，以為與教民為難者，即係良民，不免意存偏袒，似此因循日久，必滋生事端”。
一八九九年十二月二十六日，命毓賢進京陛見，
由袁世凱署理山東巡撫。
袁世凱目賭山東亂像，不願意接毓賢的亂攤子。
進京請訓時提出，因山東治安不好，奏請自己仍舊節製武衛右軍。得到批準，便帶領本部人馬去山東上任。
到任後，袁世凱麵臨的是兩大難題
一個是高密的民眾阻止德國人修築膠濟鐵路，另一個是遍布山東全境的義和團的活動。
袁世凱早就在骨子裡認定，義和團之類的是匪患。這也很正常，他的家族本就是靠鎮壓農民造反中興的。
因此，他在上任途中，路經德州接見吳橋縣令，高度評價其請明旨懲辦拳匪的舉動，並電促直隸總督裕祿上奏。
到任的第二天，他就先下手為強，頒布了《禁止義和拳匪告示》。在告示中曉之以情，動之以理“統帥重兵彈壓鎮撫，原不難立加撲滅，究不忍不教而誅”。
除公告前任毓賢已將義和拳大首領等正法外，特出示曉諭軍民人等一體知悉
“務宜互相勸誡，守分安常，……毋誤墮於迷途。其已入拳教者，痛改前非，立時解散；其未入拳教者，勿複附從。有能激發天良獻首者，定以自新之陸並獎其除霸之功；如其執迷不悟，怙惡罔悛，是乃甘蹈刑章，定當嚴緝懲治。
“或敢包庇匪首，隱匿不報，一經發現，定將窩主按律科罪，並將裡保一並究懲。倘再目無法紀，持眾抗官，大軍一臨，玉石俱碎。本署撫部淳淳苦心，勿謂言之不預也。”
對於袁世凱出任山東巡撫，各國列強是比較滿意的。
比如英國駐京公使竇納樂致函英國外交大臣索爾茲伯理說“關於山東北部的局勢，我認為，最有希望的前景是挑選袁世凱充任山東巡撫。
“這位官員曾擔任多年的駐朝鮮大臣的職務，並且最近統率駐天津附近受外國人訓練的軍隊約八千人。
“他已經宣布，必須把全軍隨他調往該省同時，他性格果斷，而且在必要時立即使用武力，這是他一生中在各種危急形勢下進行活動的特點。所以使人們可能期望，在他管轄的省份中，他將順利地迅速平定叛亂。”
禁止義和拳的告示發出後，袁世凱找來手下的提督程文柄商量剿匪事宜。
程文柄一再搖頭，說義和拳很多人有神功附體，刀槍不入，實難對付。
好意的勸說袁世凱，布告發出去做做樣子就算了，彆給自己找不必要的麻煩。
義和拳真有神功附體嗎？袁世凱是個很迷信的人，但他更相信耳聽為虛，眼見為實。他回憶起那次和濟南知府盧昌詒在剿殺義和拳時，打死拳匪二十多人，沒見有誰刀槍不入呀！但程文柄一口咬定他是親眼所見，說的活靈活現，袁世凱也不能全然不信。
如果這些義和拳的拳民真的是有神功附體而刀槍不入，還真的不好對付，袁世凱很糾結。