吳祿貞腿部中彈，跌落而下，起身拚死反擊。馬蕙田四人彈儘，跑出大門。
吳祿貞奮起，舉槍追出大門，萬萬沒想到，門外有伏兵。頓時，槍彈如雨，可憐一代英雄，死於亂槍之中。
馬蕙田割下吳祿貞首級，眾人殺回吳祿貞的車站辦公室，殺死吳祿貞的副官周符麟、張世膺。
事畢，馬蕙田等人撤到吳鴻昌營內。
原來，吳鴻昌是袁世凱的嫡係老部下。周符麟被吳祿貞撤職，投靠了吳鴻昌。
馬蕙田和周符麟是同鄉，馬蕙田喜歡嫖妓和賭博，欠下巨額賭債，個人無力償還。周符麟得知這一情況後，答應用三萬銀元的酬勞，換取吳祿貞的人頭。
馬蕙田見利忘恩，竟然一口答應。陳其采星夜造訪吳祿貞，是為了探知吳祿貞虛實。陳其采離開不久，馬蕙田就開始行動。
瞿壽程事先通報預警，情報來自馬隊司令元柏香。十一月六日晚，元柏香和於文泰相遇，於文泰是馬蕙田營裡的排長，獲知刺殺陰謀。
於文泰和元柏香是結盟兄弟，便秘告元柏香“今晚，馬蕙田要殺吳統製，你們早作準備，速換衛兵。如辦不到，消息一露，我命難保！”
元柏香大驚，跑到司令部，吳祿貞不在，見瞿壽程在，急忙報警。瞿壽程待吳祿貞回來，趕緊稟報。吳祿貞不信，失去了最後一線生機。
而何遂在犒賞晉軍路上，無意間吐露了吳祿貞身邊缺少警衛的信息，讓馬蕙田獲知刺殺的最好時機。於是，大戰在即，吳祿貞卻死於非命！
人無頭不走，鳥無頭不飛，吳祿貞的被害，致使十一月七日的起義最終流產。
吳祿貞的被害也一直是個謎。
一種意見，是清皇室主使周符麟、馬步周暗殺了吳祿貞。
持這種說法的人認為，清廷對握有兵權的袁世凱甚感恐慌，因而起用反袁的吳祿貞為第六鎮統製，想以此來實現以吳製袁的目的。
武昌起義後，吳祿貞聯合革命黨，屯兵威脅京師，這是清廷始料不及的，所以清皇室要派人暗殺吳祿貞。
楊玉如著的《辛亥革命先著記》就說“清廷以祿貞行動威脅清廷，遙助革命黨????，深加痛恨和恐懼。奈當時軍威已替，又不敢顯示其非，明正其罪，恐致激變，隻得用二三權臣卑劣之計，密購綠林賊盜往石家莊將吳祿貞刺死。”
張難先所著《湖北革命知之錄》也說“軍谘府大臣載濤，知馬步周、周符麟與吳祿貞有隙，就秘密將他二人叫到北京，許以二萬兩銀子，並許將來保他們升官，教他們刺殺祿貞。”
羅正偉編的《灤州革命先烈事略》則認為是“良弼知祿貞有異，乃重賄啖其部下原第十二協統周符麟往刺之。”
然而，當時的直隸總督陳夔龍在《夢蕉亭雜記》中說吳祿貞“為項城（即袁世凱）遣人暗殺”。曾在袁世凱的親信隨從唐天喜家做過家庭教師的任芝銘在回憶錄中說唐天喜告訴他，是袁世凱主使周符麟、馬步周暗殺吳祿貞的。
任芝銘認為，北洋軍隊一向由袁世凱所控製，清政府把吳祿貞安插在北洋六鎮中來抑製袁世凱，必然引起袁世凱的忌恨；況且吳祿貞一上台就聯合革命勢力，截留清政府運給袁軍的軍火列車，使袁世凱麵臨南北革命軍夾擊的形勢。
所以唐天喜說“老頭子（袁世凱）不止一次說要殺吳祿貞。”再說，清政府大兵南下攻打革命軍去了，京畿空虛，怎麼敢加害重兵在握的吳祿貞。
張國淦編著的《辛亥革命史料》寫道，當時的軍谘府第二廳廳長馮耿光說吳祿貞與載濤、良弼關係很好，他們曾多次密議鏟除袁世凱的方法。
吳祿貞的存在，不僅對清廷是個嚴重威脅，對袁世凱也是個極大的障礙。清廷和袁世凱都有可能謀殺吳祿貞，因此以上兩種說法各有所據。
吳祿貞的參謀何遂卻提出了另一種看法，他認為是清和袁世凱共同主謀暗殺了吳祿貞。
他說，軍谘府第三廳廳長陳其采是清廷所派，去石家莊監視吳祿貞的行動，周符麟則是受袁世凱指派。
周符麟到石家莊，召集部分軍官密謀暗殺事宜時，陳其采也參加了，馬步周就是被他們共同收買，去暗殺吳祿貞的。
段祺瑞的長子段宏業，事後還在何遂麵前稱讚馬步周，說“馬步周是英雄，夠朋友，他的行動省了不少的事。”
所以清廷派陳其采、袁世凱通過段祺瑞共同主使馬步周暗殺吳祿貞。
不管吳祿貞的被害是否與袁世凱有關，但他的死袁世凱肯定是最大的受益者。
北方的革命黨沒有統一的組織，吳祿貞被害後因失去“馬首”，而更加處於各行其是、各自為政的狀態。
為了有一個穩定的後方，袁世凱的一個重要手段是利用汪精衛，對北方的革命黨的活動加以控製和壓製，以此為南北議和創造好的條件；汪精衛也對此做出了很大的努力。
比如，其中之一就是發動那場所謂的十一月二十九日（農曆十月初九）北京起義。
這次北京起義最初的計劃是由袁世凱和汪精衛策劃，由袁世凱暗中運籌和指揮。為了這次行動，袁世凱資助革命黨發動費五千二百元，另由津、京同盟會出二千八百元。