段祺瑞當然不想看到護國軍繼續北進，當即接受了龍的乞援電。隨後便電令江西督軍李純就近調遣北洋軍第六師全部開往贛南，福建督軍李厚基率軍開往閩南。並派薩鎮冰率海軍以保護外僑為名開往廣州，試圖把廣東仍保留在北洋軍的勢力範圍之內。
李純已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盤，對於廣東就不太感興趣。所以對段的命令陽奉陰違，隻是象征地派兵，其目的是防堵滇軍侵入贛、閩。
鑒於廣東形勢的變化，段內閣乃於七月六日發表全國各省軍民長官命令時，借機對廣東問題大做文章。將李烈鈞調到北京“另有任用”，以陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長，龍濟光為兩廣礦務督辦。同時又任命陸榮廷暫署湖南督軍，陸未到廣東前，仍由龍濟光暫署廣東督軍。
在這個人事命令中，包含了諸多玄機其一調李烈鈞入京是調虎離山，移開了廣東北洋派正麵的敵人。其二桂軍雖然也和龍濟光為敵，可是態度不似李烈鈞那麼頑強，所以發表陸榮廷為廣東督軍，就可以軟化桂軍。其三又派陸榮廷署理湖南督軍，是阻止陸到廣東接任督軍，使龍濟光可以繼續留在廣東督軍位子上，以待北洋軍的來援。這是一石兩鳥的妙計，對滇軍是調虎離山，桂軍是緩兵之計。
就段祺瑞來說，處理廣東問題已是煞費苦心。
段祺瑞對廣東的安排引起廣東人士激烈的反對，以唐紹儀、梁啟超、王寵惠為首的各黨各派代表，紛紛電請北京政府罷免這個廣東人民的公敵龍濟光。於是段乃借口“粵事真相不明”，加派剛由湖南逃出來的湯薌銘為廣東查辦使，並派海軍上將薩鎮冰為粵閩巡閱使，借海軍來向敵對方麵鎮壓。
湯薌銘和黎元洪、段祺瑞都有相當關係。由於他是湖北人，和黎元洪是同鄉，又同為海軍學生出身。袁世凱未死前，馮國璋召集南京會議，湯薌銘和馮國璋都是主張袁退位的。馮這樣主張，是為了自己想借南方支持登上總統寶座，湯則是自始至終主張由副總統黎元洪繼任大總統。
因為這個原故，黎元洪內心對湯極有好感。段祺瑞知湯是在重大壓力下被迫宣布獨立的，更知道湯這個人不會投靠國民黨。加上段這時正要借重湯薌銘的哥哥、進步黨領袖湯化龍在國會內相助，所以也極力想拉攏湯薌銘。
段祺瑞派湯薌銘為廣東查辦使，是想讓湯最終署理廣東，他的這一招應該是和袁世凱學的。袁世凱在癸醜二次革命時，曾派湯為湖南查辦使，率領一部分軍艦開到洞庭湖，隨後即發表他為湖南都督。廣東人士深怕段也來這一手，趕走了一個殺人魔王，又來了一個殺人魔王，因此堅決反對湯到廣東。
陸榮廷是怎樣想法呢？他的桂軍本是向廣東和湖南兩方麵發展的。他在廣東，不像滇軍那樣和濟軍尖銳化，在滇軍和濟軍相持時，借機帶領了一部分桂軍開進湖南，把湖南控製在他的手裡。
拿湖南和廣東相比，湖南地處要衝，內部情況複雜，財源不及廣東富饒，兩者相較，在魚與熊掌不可得兼的條件下，陸榮廷當然要舍湖南而取廣東。因此，七月十日陸榮廷不理睬北京命令他暫署湖南督軍的命令，由衡州班師回桂，集中主力準備開赴廣東。
段祺瑞在北京聽說陸榮廷由湘班師回桂，正準備入粵的消息後，大為不安。這與他的安排恰恰相反，他本是一套假戲，而陸則是認了真要假戲真做。
段祺瑞這時在處理廣東問題時，引起了閣潮。他和北洋諸將，對李烈鈞都懷有敵意，認為李是北洋係的大敵。調李入京不過是虛招，他斷定李不會受調，就可借機翻臉。秘書長徐樹錚了解他的用心，未經閣議討論和通過，便將令贛、閩兩省出兵“討伐”李烈鈞的通電發出，從而導致了內務總長孫洪伊和徐樹錚的正麵衝突。
這時，在徐州的張勳也於七月三十一日發出通電痛斥李烈鈞，主張贛、閩兩省出兵“援粵”，接著倪嗣衝電請北京下令“討伐”李烈鈞。北方各省立即隨聲附和，張懷芝、趙倜、孟恩遠、楊善德、閻錫山、馮國璋、王占元、畢桂芳、陳樹藩紛紛通電“致討”，對李烈鈞極儘攻擊。
八月十一日，北京政府發表處理廣東問題的命令說
“龍濟光未交卸以前，責任守土，自應約束將土，保衛治安。李烈鈞統率士卒，責有攸歸。著即均勒所部，即日停兵。此後如有抗令開釁情事，自當嚴行聲討以肅國紀。”
段祺瑞此舉是想用中央的威信向李烈鈞攤牌，如果李烈鈞不聽命令，就是反抗政府，背叛國家，他便可以號召全國，群起而攻之。
如果真是這樣，搞不好國家又是一場內亂。
隻是這個時候，陸榮廷已帶兵到了肇慶，在滇、桂軍雙重壓力下，“責任守土”的龍濟光先不爭氣而先打了退堂鼓。
龍主動提出卸職條件（一）濟軍二萬人（虛報）以上，應編為兩師；（二）請撥付軍餉和移防經費三百萬；（三）督辦兩廣礦務，應選擇兩廣扼要地點屯駐濟軍，在濟軍駐防區內，其他各軍須撤出；（四）督辦兩廣礦務公署應照督軍公署的規模，直隸中央，本省長官無權調度。
李烈鈞這時也看清楚自己留在廣東有礙大局，成為北洋軍乾涉廣東問題的借口。便於八月十七日通電自行解除職務，在粵境內的滇軍由張開儒、方聲濤兩師長直接統轄。
八月二十二日李烈鈞和滇軍告彆。北京對於他肯定是是非之地，他自是不會去的。
急流勇退的李烈鈞，於二十七日到肇慶會晤陸榮廷後，取道香港趕赴了上海。
八月二十五日薩鎮冰到了廣州，和廣東省長朱慶瀾調停粵局。龍濟光討到餉款後率兵移駐瓊州（海南島），陸榮廷後來在肇慶就職廣東督軍。
廣東的亂局，總算告一段落。