朱在李耀漢的壓迫下向省議會辭職，並要求準予將省長親軍二十營交給陳炯明接管。這批親軍朱是從龍濟光手上接收過來的，當時有兵額四十營，接收後編為省長直轄的地方保安部隊。其後被陳炳焜分出二十營，餘下的編為“省長親軍”，由陳炯明為司令。
朱的想法是把這批親軍改編為海軍陸戰隊，仍以陳炯明為司令，名義上則屬於程璧光的海軍節製，以免落入桂係手中。
八月二十日朱慶瀾把省長大印交給省議會，根本不理睬陳炳焜就去了香港。陳大為憤恨，當天在布告中說他是“私人出走，有心擾亂治安”。
八月二十八日廣東省議會選舉胡漢民繼任省長，省議會選胡的理由是因為胡做過第一任廣東都督。
桂係當然持反對態度，陳炳焜派人到省議會搶了省長大印，且以督軍命令接收了省長親軍。此前，陳炳焜早已向北京政府保舉李耀漢為廣東省長。
段內閣看到廣東這個宣布自主的省區，能承認北京政府的人事任命大權，自是喜出望外。他巴不得桂係和國民黨矛盾激化，唯恐廣東天下不亂。
於是，北京政府於八月三十一日,正式命令李耀漢為廣東省長兼肇陽羅鎮守使。
在國民黨來說，當時最重要的工作是召集非常國會，因此自不願在省長問題上與桂係鬨翻，寧願拿省長來交換桂係對組府問題不加乾涉。於是,胡漢民向省議會辭謝省長，舉李耀漢為代，省議會乃舉李為省長。
這期間，國會議員在孫中山邀請下已紛紛南下。八月中旬，國會議員到廣東的已有一百三十餘人，多數為國會中的政學會益友社民友社三係議員。
八月十八日孫中山在黃埔公園歡宴他們，席間大家決定貫徹護法主張，組織護法政府。
十九日國會議員們發出通電雲“民國不幸，禍患頻仍。倪逆稱兵。國會被毀。張賊複辟，國體動搖。造亂之徒乘機竊政，托名討賊，推翻《約法》，擅立政府，易置總統。執法以繩，厥罪為均，又複疊逞狡謀，圍湘窺蜀，輸兵南下，其勢駸駸，憑借北洋，壓製全國，充類至儘之義，吾民寧有噍類之存？
“所幸諸公獨持正義，興師討賊，信誓在人，救我黔黎，定茲國難，公等之責，吾民之望也！同人等或受國民之托，職務未終；今被國賊之驅，責任難棄；用依《約法》自集於粵。人數未滿法定，本難遽行開會。惟念時局之危，間不容發，西南散處，意誌輒殊，對外則馮段宣戰，我將何以處德奧？對內則黃陂孤陷，我將何以設政府？凡茲重要，亟待討論。爰繹主權在民之則，師法人國變之例，特決定本月廿五日於廣州開非常會議，以謀統一，以圖應變。區區之意，如斯而已。”
《國會非常會議組織大綱》於民國六年八月二十九日在廣州議決公布
第一條國會非常會議，以現任國務議員組織之。
第二條國會非常會議之議事，以參眾兩院議員會合行之。
第三條國會非常會議至內亂戡定，《臨時約法》之效力完全恢複時為止。
第四條國會非常會議非十四省以上之議員列席，不得開議。蒙古西藏青海華僑各選區以省論。
第五條國會非常會議之議事，以列席過半數議決之。
第六條國會非常會議之正副議長，就現任兩院正副議長內推定之，正副議長均有事故時，得選舉臨時議長。
第七條國會非常會議得設各委員會。
第八條軍政府組織大綱，由國會非常會議製定，並宣布之。
第九條國會非常會議於軍政府有交議事件，或由六省以上之議員聯合提議時，得隨時開會議決。人民請願事件經委員會審查後，得提出議決之。
第十條本大綱有議員四十人以上之連署，得提議修改，以列席議員三分之二以上議決之。
第十一條本大綱自宣布之日施行。
八月三十一日非常國會通過《中華民國軍政府組織大綱》，並宣布如下
第一條中華民國為戡定叛亂，恢複《臨時約法》特組織中華民國軍政府。
第二條軍政府設大元帥一人，元帥三人，由國會非常會議分次選舉之，以得票過投票總數之半者為當選。
第三條《臨時約法》之效力未完全恢複以前，中華民國之行政權。由大元帥行之。
第四條大元帥對外代表中華民國。
第五條大元帥有事故不能視事時，由首次選出之元帥代行其職權。
第六條元帥協助大元帥籌商政務。元帥得兼任其他職務。
第七條軍政府設立各部如左
一外交部。二內政部。三財政部。四陸軍部。五海軍部。六交通部。
第八條各部設總長一人，由國會非常會議分彆選出谘請大元帥特任之。
前項選舉，以得票過投票總數之半者為當選，但遇總長缺位未經選舉以前，大元帥得為署理之任命。
第九條各部總長輔助大元帥執行職務。
第十條元帥府及各部之組織，以條例定之。
第十一條軍政府設都督若乾員，以各省督軍讚助軍政府者任之。
凡有舉全省兵力宣布與非法政府斷絕聯係者，依前項之規定。
第十二條本大綱至《臨時約法》之效力完全恢複，國會及大總統之職權完全行使時廢止。
第十三條本大綱自宣布之日施行。?