段祺瑞政府財政總長曹汝霖承認，當時北京政府軍政費用每月需二千萬元，而財政部可靠收入每月不足一千二百萬元，所缺八百萬元則依靠借款彌補。
章宗祥也供認，借款常被政府移用，由於軍費所需，所借款項就無形地消失了。段祺瑞政府利用日本的支持，維持其統治，進行“武力統一”。
如同段祺瑞的心腹徐樹錚所說“我北軍權勢消長，與日本寺內內閣利害相通。”日本政局雖有變更，然“扶持我派宗旨，始終不變”。
與此同時，日本政府建議中日合辦鳳凰山鐵礦，中日各投資二千五百萬元，中國資本可以由日本代墊，並提出在浦口建立鋼鐵廠，聘用日本技師，以陸宗輿為督辦。
這個消息首先由北京的英文《京報》登出來，段派軍警逮捕了《京報》主筆陳友仁，接著把《京報》查封。
這一來，便成了一件中外軒然大波的事件，各方遍傳“中國軍械將由日本管理，所有各省兵工廠煤鐵礦亦由日本控製。”
於是全國人民和各種團體，一致反對軍械借款和鳳凰山采礦合同，要求段內閣宣布真相。同時美國公使抗議中日軍械借款，亦要求公布鳳凰山采礦合同，英國公使則認為長江流域是英國勢力範圍，不能容許日本染指。
段認為這個秘密條約是總統府方麵故意泄漏的，同時堅信馮國璋有意推波助瀾，縱恿反對。
因為就在此時，江蘇督軍李純在南京召集了秘密軍事會議，會議結果，不但提出了取消軍械借款的要求，還提出了改組內閣的要求。
他們認為內閣中有親日分子，所以需要改組。
不止是江蘇督軍李純在反對，直係的其他督軍如江西督軍陳光遠湖北督軍王占元都電請政府明白表示。
十月二十八日，段內閣和日本方麵擬訂了鳳凰山開礦草約。
李純又來一電，指出鳳凰山是江蘇轄境，事關地方問題，應先征求地方當局意見才能簽約。語氣中含有即使內閣簽訂開礦條約，他也不會允許日本人前來開采鐵礦。
段祺瑞慣於我行我素，對所有反對聲音不理不睬。
鳳凰山開礦合同簽定要由農商總長批準和簽字。可是張國淦竟拒絕簽字。
十一月一日，日本駐華公使林權助親自到農商部威脅張簽字。
張問林權助是代表日本商人，還是代表日本政府？他說“如果是代表貴國商人，則當按照我們中國的礦業條例辦理。如果是代表貴國政府，這裡是農商部，我和閣下沒有談話的地位，請閣下到我國外交部接洽。”
林權助被張說得啞口無言，又不好意思翻臉，隻好退出。
隔不久又來訪張，換了一副和善的麵孔，建議依照日本鋼鐵業由軍部管理的成例，將此案移陸軍部辦理。
張答複說“這是我國內政，不勞閣下操心。”
段祺瑞怕事情鬨僵，派孫潤字以一百二十萬元向張行賄，賄款最後增至二百萬元，均被拒絕。
國務院秘書塗鳳書也奉派前來，勸張以考察各省農會為名離開北京，由代理部務的次長代簽鐵礦合同，張也拒絕。
段又采取以前對付內務總長孫洪伊的辦法，勸張外調省長，以免身當其衝，張也不肯。張平日為人隨和，可是這次卻非常堅決。
段最後派親信曾毓雋訪張，說了許多好話，請張幫忙，張說“不簽字就是幫總理的忙！”
段祺瑞一方麵受到直係和諸多方麵的反對和限製，另一方麵，湖南情勢又發生突變，他無路可走，隻能是辭職一途了。
當他辭呈尚未提出時，江蘇督軍李純又來電建議總理不兼陸軍總長解散臨時參議院派唐紹儀為北方議和總代表迅速召開南北和議。
十一月十六日段被迫提出辭呈，同時發出“正密”電報嚴正指出北洋派團結的必要，以及自己不得不辭職的苦衷。
電雲“祺瑞自五月罷職以後，久已厭絕人事，閉門謝客，國變再出，大違初衷。就任以來，賴諸君子群策群力，共濟艱難，私冀發揮我北洋同袍之實力，統一國家，奠寧宇內，庶幾人民得以安堵，法治乃能設施。此次西南之役，……迭經閣議，詢謀無間，既非私心自用，又非黷武佳兵，耿耿此心，可對同誌。（指北洋同誌）……乃奸人煽惑，軍無鬥誌，刪日王汝賢範國璋等通電傳來，閱之痛惜。
“不意我同袍中，競有此不顧大局之人，乾紀禍國，至於此極也。……今日中國，盜賊盈途，奸人恣肆，綱紀日夷，習俗日敝，所謂護法護國，有名無實，徒供欺詐者譸張為幻之具。……環顧國內，惟有我北方軍人實力，可以護法護國。果能一心同德，何國不成，何力不就。辛亥癸醜之間，我北方軍人，人數不及今日三之一，地利不及今日三之一，所以能統一國家者，心誌一而是非明也。
“近來南方黨徒，亦知我北方軍人，宗旨正大，根底盤深，非彼西南勢力所能兼並，乃彆出陰謀，一曰利用，二曰離間，三曰誘餌，昌言反對者，固為彼所深仇，即與之周旋，亦是佯為結好；無非啟我鬩牆之爭，收彼漁人之利，始以北方攻北方，繼以南方攻北方，終至於滅國亡種而後快。王汝賢為虎作倀，飲鴆而甘，撫今追昔，能無憤慨，湘省之事，非無收拾之法，我不忍使北方攻北方，以自抉藩籬，落彼陷井也。王汝賢等不明大義，原不足惜，我不忍以王汝賢之故，致今同室操戈，嫌怨日積，實力一破，團結無方，影響及於國家也。我北方軍人分裂，即中國分裂之先聲，我北方實力消亡，即中國消亡之朕兆。
“祺瑞愛國家，不計權力，久荷諸君子深知，為國家計，當先為北方實力計，舍祺瑞辭職之外，彆無可以保全之法，決計遠引，已於昨日呈中乞休，既非負氣而去，又非畏難苟安，大勢所趨，宜觀久遠，倘能達我愚誠，北方實力得以鞏固，艱難時局，得以挽回，則祺瑞今日之辭職，實為萬不可緩之舉。……自北以往，伏願諸君子……時時以北方實力，即國家實力為念，團結堅固，勿墮彼輩陰謀之中，以維持國家於不敝，此祺瑞鰓鰓愚衷所禱祈以求者也。臨彆之贈，幸審存之。段祺瑞。銑印。”?