孫中山這兩個宣言的精神，乃以地方自治、和平統一、開放門戶、發展實業四事昭告中外。
孫中山就任大總統後，立即發布人事命令
外交部長伍廷芳
次長伍朝樞
財政部長唐紹儀
次長廖仲愷
陸軍部長陳炯明
內政部長陳炯明兼
海軍部長湯廷光
參謀部長李烈鈞
秘書長馬君武
總參議兼文官長胡漢民
政治部長胡漢民
並任命居正為參議，兼理國民黨本部事務。
孫中山雖極端不滿陳炯明的作風，可是組織政府時仍然把兩個重要職務，陸軍部長和內政部長給陳，但是陳並不領情，反認為是多此一舉。
他在呈請辭去陸、內兩部職務時說“一身而兼四職，實為中外曆史所無。”
他所謂的四職是除了陸長、內長外，還有粵軍總司令和省長。
唐紹儀也不肯“屈就”財政部長，因此該部職務由次長廖仲愷代理。
五月八日孫中山函徐世昌請其自動下野，函雲“以君之才，立於專製君主之朝，為一臣仆，猶不能有所展布，況任中華民國之重乎？世界之民主政治，既非君所嘗聞，中國之何以實行民主政治，又非君所能解。貿然受此重任，而侈然不以為意，其為害於國，夫何足怪？……今日之事，君宜自省，名之不正，君之所知；君之不能有益於中華民國，而反以害之，亦君之所己覺。即日引退，以謝國人，則國人必諒君之既往，且善君之能改過也。愛君以德，故為此言。若夫怙惡不悛，必不惜以國家之生命，易一己之虛榮，則非所望於君矣。”
出現了南北兩個總統對立的新局麵，使北方表麵統一，粉飾太平的宣傳徹底破產。
孫中山就任總統後，並未加強其權力，反而加劇了和廣東的地方勢力的矛盾。當非常國會準備選舉總統時，四月四日粵軍將領舉行秘密會議，擬即通電反對總統的選舉。
陳炯明還是不願自己直接出麵反對，得知湖南總司令兼省長趙恒惕對選舉非常總統持不同看法，便極力慫恿湖南方麵發聲，於是，湖南就成為反對的主力。
八日湖南教育會、農會、工會聯名發出通電，反對選舉總統。
九日趙恒惕在致廣州參眾兩院的電文中聲明不承認非法選出的總統。
十日以趙為首的湘軍旅長以上軍官聯名給孫中山發電。
電雲“我公儘瘁民國，功高望重，將來合法政府成立，元首一席，定為輿論推崇，此項違法選舉，萬懇嚴詞拒絕，切勿輕就，以維法紀，而定人心。”