在此以前，南方政府大總統曾任命許崇智為東路討賊軍總司令，下設三軍。由許崇智、黃大偉、李福林三人分任軍長。
許崇智、黃大偉、李福林都不肯接受小徐的任命令，從十月二十八日起，改稱“討賊軍”。
薩鎮冰已於十月十五日就任臨時省長。
照理說，所謂的福建總撫，應該是具有督軍兼省長的性質。但是王永泉、許崇智等並不否認薩的省長地位，他們都參加薩歡迎他們的宴會。
這個時期的福建竟成為南方政府、皖和北京政府三種勢力和平共處的地區。
十月二十四日，北京政府下令討伐徐樹錚，任命李厚基、薩鎮冰為討逆軍總司令和副總司令，高全忠為閩軍總指揮。
這個命令是在吳佩孚的一再催促下才發表的。
本來應該把北伐軍一並列入討伐之列，隻因王寵惠內閣不願與國民黨為敵，所以把討伐的對象隻集中在徐樹錚一人身上。
有意思的是，北京政府所任命的討逆軍副總司令，這時卻正在福州和被討伐的人把酒言歡，而總司令卻是一個失去自由的俘虜。
十月十八日，北京參陸辦公處電派常德盛為援閩軍總司令，這樣，北京政府對福建就派出了兩個總司令。一個是援閩總司令，一個是討賊總司令，兩者各不相屬。
李厚基雖然被俘，但他的直屬部隊王獻臣旅在上杭、張清汝旅在泉州、高全忠師在廈門，因此吳佩孚依然很看重他。
此外，吳佩孚還調動了幾路人馬，包括駐武穴的魯軍張克瑤旅、駐崇陽，通城的鄂軍第二混成旅寇英傑、北洋第二混成旅胡念先兩部和杜錫珪所屬海軍艦隊以及在江西的周蔭人、常德盛兩師。
常德盛師已於十月十八日由南城開抵杉關。
粵軍尹驥旅開抵平和後也擬向龍岩推進。
尹於十月十六日曾到上杭與北軍會商作戰計劃，陳炯明希望取得指揮閩、粵、贛各軍的軍事全權，以便統一布置。
吳佩孚不願把北軍的指揮權交給陳，陳的態度便趨於消極，不肯單獨進攻。
徐樹錚奇襲福建，震動全國，可是不知他是怎麼想的，組織了一個不倫不類的怪政府，名不正，言不順，引起了各方的反感。
尤其是他所謂的“總撫”，更是令人費解，頗似清朝的總督、巡撫。他所編擬的組織，是總撫之下設軍政、民政、財政三署，這個製度也是根據他的《建國詮真》的官製篇所規定的。
十月三十日，建國軍、討賊軍舉行聯合會議，選舉福建籍的國民黨人、廣州國會議長林森為福建省長。
同日，王永泉取消“總撫”名義，改稱福建總司令，並取消建國軍名義，改稱福建第一軍軍長。
徐樹錚表示“建國軍政製置府”的職權，類似國務院，將隨軍事之進展而遷移他處，不會長期設在福建。
這一表示仍然不能獲得諒解，徐又打算取消製置府，改稱建國軍總司令。
十一月一日，徐樹錚通電主張迎接段祺瑞到上海和南方政府大總統見麵，並在上海召開聯省會議，解決組織政府和各省共同出兵討伐直係的問題。
但是很遺憾，徐的電報沒有人響應。
就是這個時候，段祺瑞派王郅隆到福州來，勸小徐取消製置府，離開福州。
而王永泉這時已是福建的主人，也不願意有一個不倫不類的太上皇，極力想把小徐趕走。
許崇智等認為這是皖係自己鬨意見，不願介入。
徐樹錚在這種情勢下隻好黯然離開福州。他於十一月二日乘輪去上海，他的建國軍政製置府也就因此而壽終就寢了。
十一月三日，福州各界舉行大會，宣布“閩人自決閩事”，阻止各方軍隊入閩。林森宣布就任福建省長，薩鎮冰則取消了臨時省長名義。
王永泉於十一月六日向北京政府通電輸誠，但是，暗中仍和國民黨敷衍。
李厚基的母親曾自上海送來一筆“贖款”，李遂被海軍釋放。
十月三十日，李厚基乘靖安艦到南京，和齊燮元、杜錫珪相見，共同討論反攻福州的計劃。
十一月五日，李乘艦到了廈門，當他看到臧致平與高全忠同在碼頭上歡迎時，不禁大吃一驚。
原來臧已由上海先到廈門，高全忠順勢推臧為閩軍總司令。臧向李表示，此行是為安撫部屬，保全地方而來，並不反對北京政府。
這時，曹錕、吳佩孚都有電到廈門，召臧致平北上，李厚基也勸臧應召前往，臧也表示同意。
不料十一月七日，臧鼓動第二師官兵向李討軍餉，嚇得李、高兩人逃往鼓浪嶼。
八日，臧致平有電給陳炯明雲“李督軍五日蒞廈，致平往謁，重卸仔肩，俟有替人，即當北上。七日閩有少數潰兵邀同駐廈軍隊向李督索餉，李督即偕同高師長他往。是時致平適在鼓浪嶼候船，挽救無及，廈門紳商請致平維持地方治安，致平仍本在漳州宣布之宗旨，與貴軍一致行動（意指維持閩粵兩不侵犯條約）。”
十一日，臧致平又致電北京政府，報告李、高離開廈門情形，並表示“服從中央”。
國民黨方麵汪兆銘等主張不要迫使陳炯明完全倒向北方，設法阻止陳炯明幫助李厚基援閩，極力促成南方政府大總統和陳炯明言歸於好。
曾經是共同作戰的戰友，本沒有深仇大恨，這樣做肯定是明智之舉。即使不能壯大自己的力量，至少多了個同盟軍。但南方政府大總統對陳炯明芥蒂極深，堅持要陳炯明寫悔過書才可以不究既往。
南方政府大總統被困在軍艦上時。陳炯明就幾次派人講和，但都遭他拒絕。徐紹楨被派到廣州和陳炯明聯絡，陳炯明拒絕寫悔過書，調停遂告失敗。
福建變成了群雄逐鹿之地，曹錕、吳佩孚調豫軍常德盛師於十一月中旬先後占領光澤、邵武、建寧、將樂等縣。粵軍尹旅占領上杭、龍岩、永定等縣。
十一月二十九日，李厚基到上杭與尹驥等舉行軍事會議，即派張清汝、王獻臣為第一、二兩師師長，擬聯合粵軍大舉反攻漳州。
臧致平意欲獨霸一方，本來拒絕“討賊軍”開入閩南。由於受到兩麵壓力，便又轉而與討賊軍及民軍合作。
十二月十六日，兩路會師泉州，張清汝逃往南安，所部五營繳械投降。王永泉部開往閩北，抵禦常德盛師，十二月中旬接連收複將樂、延寧、邵武。
豫軍常德盛師退往江西境內杉關、黎川一帶。這時，福建的局勢總算穩定下來。