朝比奈泰能率領彆動隊突襲輝長本陣，輝長並沒有驚慌，他親自指揮旗本隊防禦敵軍。
不過敵軍眾多，輝長不得不親自拿起十文字槍上陣，一時間大殺四方。
朝比奈泰能的兒子，朝比奈泰朝向輝長叫陣，輝長立馬回應，與之進行一騎討。
雙方過招十餘回，不分上下，不過朝比奈泰朝還是年紀小了些，氣力不足，時間久了落入下風。
朝比奈泰能立刻援救，偷襲輝長，輝長慌亂中拔槍射殺了泰能，而朝比奈泰朝被家臣們救走。
隨後彆動隊在奪回泰能的屍體後，潰敗逃走了。
彆動隊一敗，今川、武田聯軍主力立即後撤，輝長一路追擊，拿下了防禦極弱的躑躅崎館。
隨後兩家聯軍分裂，武田晴信往甲斐東部的小山田家走，今川義元一怒之下退回了駿河。
輝長大喜立刻集結所有兵力猛攻小山田家的居城，小山田信茂為了保全家名，暗地裡投靠了輝長。
在四月底的一天晚上，小山田信茂指使家臣打開了城門，小笠原軍一擁而入，直接打垮了武田軍，一路殺上本丸。
武田晴信大為驚怒，最後自焚於院子裡。
一些家臣保護武田義信突圍，死於亂軍之中。
隨後輝長就讓自己的第三子，也就是小笠原秋月生的第二個兒子繼承了武田家的家名，成為新的甲斐守護。
如此輝長掌握八個領國，令周邊勢力震動。
足利義昭更是驚慌，連忙派使者告訴上杉輝虎，希望他可以遏製小笠原輝長。
上杉輝虎無奈，隻能寫信給輝長，希望他可以安撫一下足利義昭。
輝長自然是想上杉輝虎解釋了一下，然後派出使者向朝廷獻禮。
攻占了甲斐的輝長暫時停止了征伐，而是管理甲斐，並且修繕躑躅崎館。
時間很快到了十月，太原雪齋在今川館病逝。
輝長頓時大喜，今川義元手下量大臂膀儘皆失去，同時今川義元又丟掉了三河，失去盟友武田晴信，如今已經是輝長嘴邊的肥肉了。
不過已經是十月，並且之前滅了武田花費了不少軍費，所以輝長並沒有在這個時候出兵。
在這個時候，今川義元向伊豆的足利義昭降服，並且宣稱小笠原輝長有推翻幕府的野心。
足利義昭對於小笠原輝長的強勢也很擔憂，他問自己的家臣道“小笠原信濃守已經八個領國，治下領地兩百萬石還多，如今何人是他對手？”
明智光秀直言道“以屬下看來，這天下能與小笠原信濃守一較長短的就隻有上杉殿了。
殿下，現在必須呼籲關東的國人停止征伐，一起討伐小笠原信濃守。”
已經投降幕府的今川義元率先說道“殿下，臣可以說服北條家當主幕府效忠！”
足利義昭大喜道“好，那便如此去辦！”
今川義元立刻動身，前往相模麵見了北條氏政。
北條氏政見今川義元親至，很是恭敬道“不知今川殿前來所為何事？”
今川義元說道“北條殿，如今小笠原輝長勢不可擋，就連武田家都被他給滅了。
現在幕府根本就管不了小笠原輝長，而關東管領還認為小笠原輝長是忠臣。
不過殿下希望我們團結起來，一起攻打小笠原輝長遏製他的發展，不然我們都會是他的囊中之物了。”
北條氏政點頭道“其實在下也是這麼想的，若是真能組成聯軍一起對抗小笠原輝長，那真是天下幸事。”
今川義元大喜，立馬拿著北條氏政寫下的書信返回伊豆。
足利義昭大喜，立刻寫信希望上杉輝虎來幕府議事。
這時候，明智光秀建議還需要說服古河公方，這樣，關東東南部的國人也會參與進來。
同時明智光秀說道“小笠原信濃守的敵人很多，不僅僅是我們關東，京畿的長島本願寺被信濃守擊敗過，北陸的加賀越中一向一揆被信濃守擊敗過。
同時還有京畿的三好家也是信濃守的敵人，讓這些人一起攻打，我等東西北三麵夾擊，必能擊敗小笠原！”
足利義昭大喜，立刻寫下詔書號召天下大名一起攻伐朝敵小笠原輝長。
這讓上杉輝虎大驚失色，連忙跑來幕府議事，結果，整個大廣間裡，隻有他認為輝長是忠臣。
在足利義昭的命令下，他成為了關東方麵討伐小笠原家的總大將。
至於本願寺，立刻聲討小笠原輝長，並且表示願意共擊小笠原家。
不過三好家卻是否定了足利義昭的詔書，而是以足利義榮的命令下達了討伐小笠原輝長的指令。
這讓足利義昭氣的牙癢癢，他叫囂著，以後一定要打到京畿滅了三好家。
在各方勢力串聯中，時間慢慢過去，輝長在這些時間裡訓練一萬五千常備足輕，加上之前的一萬多，小笠原家軍隊多達兩萬七的常備部隊。
算上家臣們的軍役，那就是四萬五千大軍。
不過關東方麵的聯軍就有七八萬，輝長在兵力方麵還是處於劣勢的。
弘治二年，八月，足利義昭親征，任命上杉輝虎為總大將，征討朝敵小笠原輝長。
大軍分三路，下路是今川義元率領的大軍，聯合水軍一起攻打三河尾張。
一路是三淵藤英、細川藤孝、明智光秀一起的中路軍，攻打甲斐國。
上路就是總大將上杉輝虎率領的聯軍主力四萬人，從越後進攻信濃。
輝長當即讓清水康英作為下路方麵軍總大將抵抗今川義元大軍，真田幸隆駐兵甲斐抵抗幕府中路大軍。
輝長自己親自領兵主力兩萬在川中島地區列陣，與幕府聯軍對陣。