之後，長經被赦免，並在“承久之亂”中與武田氏一起成為幕府軍中山道的大將，攻上京都。在戰後的論功行賞中被授予阿波國守護之職。
比企氏之亂後，信濃國守護職由北條氏繼承，一直延續到元弘三年。在此期間，小笠原氏加強了與北條氏的聯係並在信濃擴大了自己的勢力範圍。
其中，小笠原總領之職曾被族中的伴野氏所掌握，隨著霜月騷動中伴野氏的沒落，又歸回於小笠原氏。
元弘元年，後醍醐天皇發起倒幕軍並固守在山城國的笠置山。在此元弘之亂的關頭，幕府軍派遣了討伐軍。
此時，信濃國禦家人等在信濃守護北條氏的指揮下出陣，作為軍大將的小笠原宗長貞宗父子也從軍出戰。
笠置城在一個月後被攻陷，後醍醐天皇也被流放到隱岐。但是，不久後就從島上逃出，並在伯耆國船上山向全國發出了討幕的號令。
為此，幕府方的大將足利高氏向小笠原氏總領宗長請求支援，並再三勸說其加入，之後終於為宗長所采納。不久，幕府滅亡，建武新政開始。
建武二年小笠原貞宗被補任為信濃國守護，把原領地的埴科郡船山定為守護所。
但是，由於建武新政的恩賞有很多缺乏公平的地方，而且采取了可以說是“時代錯誤”的政治姿態，引起了武士們的諸多不滿，尊奉足利尊氏為首領的呼聲日漸高漲。
七月，擁立北條高時遺孤北條時行的諏訪一族攻打了守護所。
此時，貞宗正在迎擊北條軍；雖然派出了府中鎮撫軍，但是卻被時行趁勢攻占鐮倉，並驅逐了尊氏的弟弟直義。
這就是為世所稱的“中先代之亂”。危亂之際，尊氏在未經天皇許可之下，下行東國，鎮壓時行軍，並奪回了鐮倉。
由於鐮倉的足利尊氏無視天皇再三的歸洛詔令，後醍醐天皇以新田義貞為大將，派遣了討伐軍。
至此，尊氏與後醍醐天皇決裂，曆史也進入了南北朝的內亂時代。
之後，曆經波折，足利氏的北朝終於占了上風，由尊氏開創了足利幕府。
期間，小笠原氏歸屬於足利氏，並且依靠出色的表現鞏固了自己的地位。當時，為了讓世人知曉足利政權內的小笠原氏的地位，在康永四年八月特意舉行了為後醍醐天皇準備的天龍寺供養儀式。
在這個供養儀式上，有眾多的武士隨從，而當中的先陣十二人中就有總領小笠原政長，供奉武士三十二人名單當中，也有政長的弟弟政經以及一族的政光宗光的名字。
小笠原氏之所以能擔當先陣，不單是因為信濃守護家的地位，也顯示出當時其在幕府政權內受到的特殊優待。
後來，南北朝內亂並沒有因此而結束，信濃國內也沒有納入守護小笠原氏的統治之下。南朝的宗良親王入主信濃，文和四年，在宗良親王手下聚集的信濃南朝勢力的諏訪氏和仁科氏等一族舉兵倒幕，與小笠原長基的軍隊在桔梗原交戰。
合戰最後以小笠原氏的大勝告終，之後信濃的南朝方勢力衰退，逐漸被幕府政治所滲透。
但是到了1400年，小笠原長秀惹惱了信濃的國人和豪族，發生了大塔原合戰。
以村上氏為首的大文字一揆眾人，集聚北東中信地方的國人起兵反對守護長秀。
此時，服從守護長秀的是小笠原氏地盤上的伊那府中地方的武士。
這就是被稱為“大塔會戰”的戰鬥。這起事件毫無疑問的印證了南北朝以來小笠原氏與國人眾對立的這樣一個背景。
不久，信濃的國人眾在篠井附近布陣，與善光寺的長秀對峙。
長秀因無法固守善光寺而逃向鹽崎城。之後，國人眾繼續發動攻擊，長秀與一部份軍隊進入到鹽崎城內。
剩餘的士兵眼看阪西長國古米入道飯田入道常葉入道等退路已經被截斷，隻好逃往大塔的古砦。
由於砦裡沒有備用的軍糧，被國人眾攻陷的時候所有長秀麾下的武士都被殺死，無一幸免。
另一方麵，進入鹽崎城內的長秀在國人眾的攻擊下也是死傷慘重，眼看氣數將儘。
此時，同族的守護代大井光矩作為中間人出來調解。
借此，長秀才得以脫身，垂頭喪氣地逃回京都，後來又被罷免了信濃守護職。
應仁之亂時的小笠原家劃分為三家守護家鈴岡城主政秀，政康之孫家長的伊那小笠原家，以及本來能當上總領家的持長之孫長朝的府中小笠原家。
本支流三足鼎立，一直互相爭鬥。直到小笠原長時敗走越後，到輝長成為小笠原家婿養子繼承了小笠原家。
也就是說小笠原輝長是有資格開幕的，畢竟他也是清和源氏的後代。
足利義氏頓時激動的站了起來道“不可能，混蛋，果然是叛臣！”
竹中半兵衛笑道“還希望古河殿下認清現實，北條家已經降服，本家隨時可以攻打古河城。”
足利義氏指著竹中半兵衛道“你敢威脅我？”
竹中半兵衛笑道“這是在下的忠告。”
相馬內膳亮連忙說道“請竹中様先下去休息吧，等殿下和家臣們商量一下再說。”
竹中半兵衛點點頭便離開了。
足利義氏看向相馬內膳亮道“為什麼不直接拒絕？”
相馬內膳亮搖頭道“殿下，古河城擋不住小笠原軍的進攻啊，難道殿下想看家名被滅嗎？”
足利義氏沉默了一下，最終同意與小笠原輝長聯手。