當時家康受邀在堺市遊覽，正準備趕回京都接受信長新的款待，突然先發京都的家臣本多忠勝前來稟報“主公，出事了……”家康注目服部半藏，半藏利用手下忍者，很快就查明了消息的準確性——作為忍者集團，為主家打探各地情報本是不需要特彆分派的任務。
當時京都附近都是明智及其黨羽的部隊，還有很多趁亂襲擊落難武士的“山伏”〔即山賊，但大多由農民兼任〕，家康此行目的本是遊山玩水，所以隨從隻有十餘人，根本無法保障自己的安全。
自度不免的家康當場就要自殺，卻被半藏勸住了“隻要逃回三河國，就是咱們的地盤了。請交給屬下吧，屬下一定護送主公安全抵達！”
半藏所以會有如此自信，因為當時伊賀、甲賀的忍者集團都被織田信長剿滅，殘餘勢力正藏在群山中嗷嗷待哺，半藏有把握將這些沒飯吃的老鄉招出來幫忙。
因此商定的逃脫路線，是從京都附近的宇治川向西進入伊賀國，穿過伊賀的崇山峻嶺，最後從伊賀國白子港坐船逃離。
德川家康遷都至江戶城時，半藏負責江戶城西門的警備、因此這個西門到德川幕府結束都還有‘半藏門’的稱呼。
正成之長子正就在大阪城夏之陣之役戰死，次子正重後來因事改易，服部家因而斷絕。
但正成創建的德川忍者集團，日後成為幕府公儀隱密集團，為幕府監視諸侯舉動的利器，對於德川江戶政權二百多年的安定有不可磨滅的功績。
現在服部保長因為小笠原輝長的命令不得不退位，把家督的位置讓給了隻有十幾歲的服部正成。
而服部正成則轉仕小笠原輝長麾下。
這支忍者集團分了好幾個支部，一部打探各地的情報，監視等等，一部打探戰場情報，一部監視國內情況，還有一部是負責刺殺等行動。
總之忍者在小笠原輝長的領國裡全部規範化，上中下三忍級彆分級明確。
而且隻有小笠原家的忍者才叫忍者，其餘與忍者相關的某某眾一經發現就是捕殺。
這也讓飯綱眾等成了曆史。
這一係列新的法令一出來，立馬就讓人知道了他的心思。
足利義昭知道後當即破口大罵道“賊子，叛臣！必須出兵滅了他！”
明智光秀進言道“殿下，這個法令一出，一定會讓小笠原家內部不穩，殿下，上杉殿，這可是個大好的機會啊。”
宇佐美定滿也說道“一旦我軍集結攻打小笠原家，那些剛剛降服小笠原家的大名一定會背叛小笠原家的。”
上杉輝虎擺擺手，說道“那就召集士兵出戰吧。”
可惜時間還是四五月，他們雖然商議要出兵，但是至少要等到七八月才能出戰，這一劫是最早的時間了。
有著大軍的鎮壓，東海道的領國沒有幾個敢跳出來反對的，反對的都已經小笠原輝長給乾掉了。
他在遠江駿河伊豆留下三個代官就返回了信濃。
此時他的長子已經七歲了，這些時間都是他在親自教導自己的兒子。
同時嫁到小笠原家的織田市如今也有十二歲了，雖然還小，但是已經長得亭亭玉立，她的姐姐阿犬都已經生了三個孩子，其中第一個出生的孩子已經過繼到了織田家，成為了織田家的家主。
手底下的家臣有前田利家，前田慶次，森長可等文臣猛將。
他還有一個兒子過繼到了甲斐武田家，手底下也有穴山信君等家臣。
總之，小笠原輝長生了不少兒子，過繼到其他家的就有好幾個了，哪怕是飛驒已經滅絕的京極家，他也拿出一個兒子過繼了過去繼承家名。
時間很快到了七月，在足利義昭的催促下，上杉輝虎征集了四萬大軍，此時的他勢力已經大不如前。
這一次聯軍攻打的是相模的北條家，他們的目的就是先把關東穩定。
小笠原輝長不得不領軍五萬，從甲斐進入東海道支援相模。
同時他派出了真田幸隆前去調略忍城的成田長泰，這個被上杉輝虎當街羞辱過的人，他對上杉輝虎的憤恨深入骨髓裡。
果然，成田長泰立馬反水，這讓聚集在小田原城的聯軍腹背受敵，糧道和後路有危險。
小笠原輝長趁著聯軍士氣大亂的時候，領軍與聯軍交戰，那些心不在焉的國人豪族大軍慘敗，四處奔逃。
隻有上杉輝虎率領的越後死戰，才打退小笠原輝長的大軍，但是上杉輝虎的越後軍也屋無力再戰，隻能撤退。
隨後又被小笠原輝長率軍追殺了一陣，打的聯軍四分五裂。
如此武藏丟了差點丟了全境，隻剩下上杉朝寧的居城，但是很快就被小笠原軍攻破了。
這一下武藏下野下總等也被攻陷，越後上杉家隻有上野國和越後兩國了。
這嚇得上杉憲政舍棄了平井城跑回了越後。
這一下小笠原輝長在關東大勢已成基本無人敢反抗，反抗的直接滅掉了。
越後有上杉輝虎他不好打，上野有長野業正他也不好打。
他便把目光看向了陸奧和出羽。
陸奧主要勢力安東氏，南部氏，大浦氏，大崎氏，留守氏，葛西氏，伊達氏，蘆名氏，相馬氏，田山氏，二階堂氏，田村氏，石川氏，斯波氏，北田氏。
出羽主要勢力戶澤氏，小野寺氏、最上氏、大寶寺氏、由利十二頭。
現在南澳州最大的勢力就是伊達家，弘治元年伊達晴宗獲朝廷封為左京大夫，後更成功獲得幕府任命奧州探題一職，任命桑折貞長及牧野久仲為奧州守護代。
伊達晴宗在得知關東消息，以及自己的亦敵亦友的佐竹家向小笠原家降服，老練的伊達晴宗也打算降服。
不過他的兒子伊達輝宗覺得沒必要，至少也要等小笠原家打過來再說。
不過伊達晴宗為了表示自己的善意還是派出了使者出使小笠原家，希望能達成通商結盟的意願。