很快小笠原軍剩下的隊伍跟著小笠原輝長殺出，奔向敵陣。
上杉輝虎也沒有耽擱太久，而且他們的隊伍已經過了河了。
小笠原輝長立刻擺出空心陣，上杉輝虎用出了車懸陣，戰鬥極其激烈，小笠原輝長也不得不上陣殺敵。
很快上杉輝虎與小笠原輝長在亂軍之中相見。
上杉輝虎喊道“信濃守，來吧，結束掉這一切！”
小笠原輝長當即喊道“輝虎様，和我一起攜手共建和諧的國家吧！”
上杉輝虎搖頭道“我們之間已經不可能了，出手吧！”
說罷上杉輝虎就驅馬衝向小笠原輝長，兩人來回交手好幾次都沒有分出勝負。
整個戰場上都陷入了焦灼。
不過小笠原輝長不敵上杉輝虎，倉促間再次拔槍射擊，打斷了上杉輝虎的佩刀，隨後在手下的保護下後撤，上杉輝虎也驅馬返回。
隨後不久，上杉輝虎得到一個壞消息，善光寺城外的萬餘聯軍被越中能登的小笠原軍偷襲，遭遇慘敗，足利義昭被殺了！
同時越後已經受到了威脅，上杉輝虎當機立斷，迅速撤軍返回春日山城。
此一戰，頓時就讓上野下野的國人全部降服。
上杉輝虎回到春日山城沒多久就消失了。
八月，善光寺城裡，小笠原輝長見到了已經剃度的上杉輝虎，現在他不叫上杉輝虎了，而是叫上杉謙信了。
此時的上杉謙信已經是一副樸素的僧人裝扮，素雅的僧袍也無法遮蓋他高貴的氣質。
小笠原輝長看著上杉謙信，說道“輝虎様，您這是？”
上杉謙信搖頭道“貧僧已經決定去高野山修煉了，最後來這裡再看看曾經的知己。”
小笠原輝長歎了口氣，說道“謙信公，您放心吧，在下一定會讓這個亂世結束的，同時也會讓淨土真宗的人做一個真正的佛門。”
上杉謙信微微低頭道“貧僧會期待那一天的！”
隨後上杉謙信離開了善光寺，前往了紀伊的高野山當了僧人。
越後沒了上杉謙信，很快就被小笠原輝長的大軍給平定了，上杉謙信麾下的一些家臣十分痛苦，最終紛紛出家，前往高野山陪伴上杉謙信去了。
隻有北條高廣拚死抵抗小笠原軍，最終全家被滅。
小笠原輝長讓長尾政景的兒子過繼到上杉謙信膝下，繼承了上杉家，為上杉景勝，領有越後一國。
如此，小笠原輝長手中已有七百萬石左右的石高，雖然出羽陸奧加起來有兩百多萬石，但是又如何是小笠原輝長的對手？
永祿三年，小笠原輝長就率領軍隊平定了出羽陸奧，順便把蝦夷也給征服了。
這時候小笠原輝長便有了近千萬石領地。
已經平定了東邊的輝長終於把目光看向了京畿，以他現在的實力，足夠出動十萬常備軍。
永祿四年新春佳節，小笠原輝長麾下家臣齊聚上田城，大殿裡重臣已經坐滿，外麵走廊，中間的空地上都坐滿了家臣。
輝長坐在主位上，他站了起來，大聲說道“諸位，本家領地已有近千萬石，天下一半在於我手！
蝦夷也已經被我征服，這可是征夷大將軍該乾的事情，如今我已經做了！
那個被三好家操控的傀儡足利義榮已經不配再做征夷大將軍了，現在該我來做這個征夷大將軍了！”
“喔！”
家臣們激動的大聲喊了起來。
這個消息也傳到了殿外那些家臣的耳朵裡，他們都很激動，紛紛高喊著“上洛！”
“上洛！”
“上洛！”
小笠原輝長聽到他們的喊聲，心中也是澎湃不已。
他舉手大喊道“諸位，繼續歡呼吧！努力訓練軍隊，上洛就在今年了！”
“喔！”
“上洛！”
家臣們散去之後，就回去訓練自己的軍役，真正的主力都在信濃訓練，訓練總大將便是彌津裡美，東野信勝在他手底下辦事。
這一次出陣，輝長九歲的長子也會跟著一起上洛，到時候由天皇作為他的烏帽子親。
時值七月，小笠原家十萬大軍儘起，從美濃出發，不到七天就滅掉了近江一國。
麵對來勢洶洶的小笠原輝長，三好長慶都慌了，他連忙派鬆永久秀去見小笠原輝長。
小笠原輝長看著鬆永久秀道“是三好長慶讓你來宣布他投降的嗎？”
鬆永久秀連忙說道“小笠原殿，我家主公可是把九條夫人嫁給了您，還讓十河様的兒子跟您姓，你我兩家是姻親啊！”
小笠原輝長笑了笑，說道“所以本家隻是滅了六角家和淺井家，三好家現在投降還來得及。”
鬆永久秀連忙會去告訴了三好長慶，這個時候他的兒子三好義長當即勸他識時務。
最終三好長慶長歎一聲，派遣自己的兒子出麵，前去向小笠原輝長談判投降的事情。
最終三好家可以回到四國去，領讚岐阿波淡路三國。
同時第十四代將軍足利義榮宣布退位，離開京都。
小笠原輝長在京都接受了正親町天皇的接見，他是後奈良天皇第一皇子，母親是萬裡小路賢房之女萬裡小路榮子，名方仁，於1533年封為親王。1557年，因為後奈良天皇過世而即位，但是因為皇室實在窮途潦倒，極端匱乏，一直到毛利元就等人捐出獻金，天皇才在1560年勉強舉行即位儀式。
在正親町天皇的見證下，小笠原輝長被授予征夷大將軍的位置，官位為正二位左大臣。
小笠原輝長既然成為了征夷大將軍，自然不能再住在信濃上田城了。
同時他也需要獎勵自己的部下，同時他也要鞏固自己的地位。
所以他宣布了京畿的若狹、山城、近江、伊賀、紀伊、大和、和泉、攝津、山城、伊勢、丹波、丹後、尾張、美濃、信濃、越前、加賀為幕府直領。
這裡麵的國人和豪族都將轉封到其他的領國去，而屬於小笠原輝長直屬的旗本武士轉封到他的直領裡。
他宣布的一些領國暫時還沒有歸屬於他，不過他的十萬常備軍直接橫掃這些領國，特彆是有天王寺屋支援糧草，經濟內沒有一國是小笠原輝長的對手。
當然也有一些識時務的向小笠原輝長投降。
不過西國的毛利元就暫時沒有投降的意思。