已經到了5月5日了，之前曾下達命令，限期於5月5日反攻奪下南昌。
第九戰區代司令長官薛嶽認為“以南昌防禦戰後，尚未得到補充，而武器裝備又遠遜於敵人的部隊，對武器裝備占絕對優勢而又依托防禦工事的敵人，進行攻堅作戰，不可能按主觀決定的時間攻下南昌。”
但是，薛嶽他不敢直接向提出不同意見，於5月3日曾致電陳誠陳述自己的看法。
薛嶽曾說“查南昌、奉新方麵之攻擊，自4月23日開始，已11天。因我軍之裝備等不及敵人，而敵人之重兵器、機械化部隊與飛機等，能處處協力敵陸軍之作戰。因此攻擊頗難摧毀敵之堅固陣地。現迭奉委座電令我軍作戰之方略在消耗敵人，而不被敵人消耗，避實擊虛，造成持久抗戰之目的。故此次南昌之攻擊，即在消耗敵人、避實擊虛之原則下，預行設伏，采用奇襲方式，四麵進攻，冀以最迅速敏活之手段，奪回南昌。”
薛嶽又陳誠說“現時已持久，攻堅既不可能，擊虛又不可得，敵勢雖蹙，但欲求5月5日前攻克南昌，事實上恐難達成任務。除嚴令各部排除萬難、不顧一切繼續猛攻外，擬懇與委座通電話時，將上述情形婉為陳明。”
陳誠在5月5日，將薛嶽的電報全文轉報蔣委員長。
當時，桂林行營主任白崇禧，對限時攻克南昌的命令，也認為不符實際。
5月5日，白崇禧也致電蔣委員長及何應欽，婉轉地提出不同的建議。
白崇禧說“我軍對敵之攻擊，必須出其不意，始能奏效。今南昌之敵既已有備，且我軍兼旬攻擊，亦已儘其努力。為顧慮士氣與我最高戰略原則計，擬請此後於南昌方麵，以兵力三分之一繼續圍攻，三分之二分彆整理。在外則仍宣傳積極攻略……”
兩封電報的用意，都是“以子之矛，攻子之盾”，以作戰指導不符戰略方針為理由，希望蔣委員長改變限期攻克南昌的命令。
蔣委員長接到電報後，又得到陳安寶軍長犧牲及進攻部隊傷亡慘重的報告……
5月6日，日軍第106師團主力，在飛機、坦克支援下，從南昌及蓮塘夾擊城郊的第29軍。
激戰至5月6日17時，第29軍被包圍，第26師師長劉雨卿負傷，軍長陳安寶及第156團團長謝北亭犧牲。
第29軍參謀長徐誌勳及劉雨卿，根據戰場實際情況，見已不可能完成攻占南昌的任務，為避免部隊被殲，冒被蔣委員長殺頭的危險，決定向中洲尾、市汊街突圍。預備第5師化裝便衣潛入城中的1個團，因無後續部隊接應，被迫撤出。
麵對著反攻南昌戰役的不利現實，5月9日蔣委員長下達停止進攻南昌的命令。
其實這時的日軍，此時亦因損失嚴重，無力反擊了……
南昌會戰，至1939年5月9日結束。
……
整個南昌會戰中，中國合計損傷兵力5萬2千餘人，中國陣亡兵力不4萬3千餘人；日軍
合計損傷兵力2萬4千餘人，日軍死亡2千2百餘人。
整個南昌會戰中，中隊與日軍的損傷比例，高達19比1，也就是說，在南昌會戰中，想打死一個日軍，中國要付出十九個人的傷亡……
南昌會戰，雖以戰敗失守南昌為結果，但是打破了日軍想擊潰中隊主力的計劃。
南昌會戰，是正麵戰場進入相持階段後，中日軍隊的首次大戰，也是武漢會戰的自然延伸和以後其它會戰的前奏。
南昌會戰，中隊既未能在防禦中守住南昌，也未能在反攻中奪回南昌。但它在軍事、政治上的影響，卻有積極的一麵。
南昌會戰表明日軍雖然占領了武漢三鎮，但既未能迫使國民政府屈服，也未能擊殲中隊的主力，更沒有摧毀中國廣大軍民的抗戰意誌。
中隊不僅繼續進行抗戰，而且還開始實施戰役範圍的反攻，這是“七七”事變以來的新發展，同時也證明國民政府軍事委員會，在戰略指導上確有改單純防禦，為攻勢防禦。
南昌失陷使得第3戰區與大後方的聯絡陷於困境，軍事補結隻能依賴浙贛兩省的公路線了，使東南各省未淪陷地區的處境更加困難。