由此也能看出，陳濟方對這兩支最具傳統的部隊，是多麼的重視。
隊伍選好了，就要選將了。
陳濟方當然是希望能夠親自帶隊，上陣殺敵。不過作為統管全局的主帥，這是不可能的。
他也為此感歎，怕是再難有機會重返沙場了。
最後，領軍前往台灣的任務，還是交到了陳經山的肩上。
在他的麾下，除了商團第一團外，又加強了第三炮營等部隊，總兵力近五千人。
在向相鄰的清軍進行了通報後，六月中旬，商團遠征台南的行動開始了。
在“武功山”號、“紫金山”號和“棲霞山”號三艘巡航艦的護送下，陳經山所部人馬和裝備，搭乘十餘艘運船離開上海。
經過數日航行，在台灣楓港以南海岸登陸，並沿岸線向日軍占領地域推進。
而三艘巡航艦，在完成護航後，轉換任務，繼續前行，襲擊了日本艦船在射寮灣的錨地。
與清軍和平對峙時日已久，日本人未能料到會遭到攻擊。因此在水師營艦隊的突襲下，倉促應戰，卻被打得慘敗。
日軍炮艦“孟春”號，中彈後燃起大火，在衝灘擱淺後，燒毀在岸邊。
日艦“日進”號，試圖衝出海灣，向外海逃竄。但遭到了“武功山”號和“棲霞山”號兩艦的夾擊攔截。
在圍攻之下，“日進”號受到重創，動力艙室也被炮彈擊中，航速銳減。最後在絕望之下，隻得舉白旗投降。
見到戰艦被殲之後，餘下的日本運船更是無力，也紛紛放棄抵抗，成為水師營的俘虜。
如此一場短暫的“射寮灣海戰”，就將侵台的日本船隊，全部殲滅了。水師營的三艘戰艦，也隻是輕微受損，人員略有傷亡。
隆隆的炮聲，日艦燃燒的火光和爆炸聲，也驚動了岸上的日軍。
但他們隻能眼看著日艦的慘敗，毫無辦法。隨後又在海戰結束後，匆忙放棄岸邊的營地，退向內陸，以避免遭到水師營戰艦的炮擊。
船隊的覆滅，代表著日本人被徹底困在了台南。
不過西鄉從道等人也明白，既然清國人能從海上發動襲擊，那麼也很可能會在陸上進攻他們。
於是他們繼續向內陸深入，企圖利用地形來躲避攻擊。
但侵略者們的算盤打錯了，因為無論他們躲到哪裡，逃得多遠，對他們的討伐都無可避免。
而且這個時刻也很快就到來了。
當偵查的斥候報回了日軍的方位等情報後，陳經山迅速布置，開始了對日寇的圍剿。
日本人不是排灣族原住民，他們利用當地地形的能力有限。再加上他們在兵力和裝備上的不足，肉體和精神上也早已臨近崩潰。
士氣低落的日軍，在商團精銳麵前，沒能支撐幾日。
他們當中，除了部分被消滅以外，包括西鄉從道在內的大部分人，最終都淪為了戰俘。
台南的戰局，也以商團大獲全勝而終結。
而就在陳經山正組織部下，打掃戰場，等待善後之時，遠在琉球的陳濟懷所部，也開始了他們的攻勢。