王恭叛亂時，孫泰還組建軍隊幫助朝廷攻打王恭，與司馬元顯結下了深厚的戰鬥友誼。
孫泰如果就此做官，放棄傳教，可能會是一世榮華。然而，信仰的力量是無窮的，孫泰在做官的同時，繼續傳播五鬥米教，教徒遍三吳，這引起了一個豪門大家的擔憂。
謝家。
謝家的大本營，在會稽（紹興）一代，東晉著名山水田園派詩人謝靈運曾經用《山居賦》描繪過他們謝家在會稽的莊園的壯觀景象。如今，五鬥米教在會稽壯大，引起了謝家對家族財產及人身安全的擔憂。
不久，一封稱孫泰要謀反的奏章，從會稽進了建康城。在豪門大家和孫泰之間，司馬元顯很快做出選擇—殺孫泰。
孫泰的侄子孫恩逃到了舟山群島上，得到眾多教徒的擁護，隨時準備為叔叔報仇。
司馬元顯顯然沒把孫恩這個流亡到島上的道教徒放在眼裡。他心裡隻想著怎麼對付桓玄、王恭、殷仲堪等這些割據地方、不聽招呼的軍閥。
當年，東晉朝廷為了抗衡荊州、揚州軍，組建了北府兵。如今北府兵也成了地方軍閥，那隻有再組建新軍為中央所用。
組建新軍得需要錢，錢從哪裡來？
荊州、江州、雍州？不可能，那裡的錢是養桓玄等人的兵的。江淮地區？也不可能，那裡是養本來的中央軍、現在的地方軍北府兵的。那麼，對不起，這項稅收就隻能來自三吳地區了。
三吳地區，即吳郡、吳興、會稽。這疙瘩是富足，但再富足也經不起中央和地方士族豪門的雙重剝削，三吳百姓頗有怨言。
組建新軍錢的問題解決了，人從哪裡來呢？
東晉實行世兵製，即把普通百姓戶籍化為兩種，一是民戶，二是兵戶，兵戶世代為兵，受國家隨時征調。東晉常年打仗，不是跟北方打，就是自己內部打，兵戶本來就越打越少，現在又要組建新軍，哪裡去找這麼多人呢？
司馬元顯還是有頭腦的，他把目光瞄準了一類人—客。
客是什麼？東晉的農民也分兩類，一類是豪強地主在自家的莊園經濟中擁有的附屬農民，另一類才是國家控製的編戶農民。
莊園經濟中的這些農民又有兩種編製，一是類似於奴隸身份的，一類是本來是奴隸身份但後被賦予相對人身自由的半自耕農，稱為“免奴為客”，但這部分也不能說隨便就可以離開地主主人。
司馬元顯就把目光瞄準了這部分“免奴為客”的人。他以朝廷的名義下了道命令，宣布赦免這部分客為自由身，可離開地主，當然，得有個條件必須當兵。
司馬元顯自以為辦了件妙事，把這部分人稱為“樂屬”，大體意思就是成為自由人後歡欣鼓舞、情緒穩定。
但是，這道命令卻惹來了社會各階層的一致反對。
三吳地區的地主們當然不樂意，大批屬於自己的勞動力朝廷一紙文書就給弄沒了，而且彆的地區不搞，為何單單在我們這搞？
被“樂屬”的客們也不願意，好不容易從奴隸提高了一下社會地位，成了半自耕農，生活也有保障，這下好，一下子成了把腦袋拴到褲腰帶上的士兵，還美其名曰“樂屬”。樂你個頭，以為我們傻呀，我們精的跟猴似的。
民怨沸騰，孫恩瞅準了機會。
399年11月，孫恩從舟山群島率教徒登陸，起兵反晉，東南八郡紛起響應。
繼東漢黃巾軍之後，道教徒的第二次大規模起義就此爆發。
東晉朝廷忙派精銳部隊北府兵前往鎮壓，領軍的一個叫謝琰，另一個就是大名鼎鼎的劉牢之。
謝琰，一看這個姓，就知道是著名豪門貴族陳郡謝氏家族中的人物。劉牢之則是淝水戰役中大破前秦王苻堅的北府名將。
在鎮壓孫恩起義的戰鬥中，孫無終將部將劉裕推薦給劉牢之，劉裕毫無征兆的迎來了自己一飛衝天的機會。
平定孫恩叛亂中，劉裕屢次充當先鋒，披堅執銳，衝鋒陷陣，其不僅作戰勇猛，而且長於謀略，指揮有方，善於以少勝多，因此逐步擢升。
凡成大事的將領，都有一個普遍的特點軍紀嚴明，善於走群眾路線。劉裕也不例外。
鎮壓孫恩叛亂的戰鬥中，東晉諸多部隊，包括劉牢之的部隊，軍紀敗壞，暴掠塗炭百姓。唯有劉裕治軍整肅，軍紀嚴明，深受百姓好評。
因鎮壓叛亂有功，劉裕被封為建武將軍，領下邳太守。劉參謀一下子由處級乾部升為正廳級乾部，在東晉朝廷名聲鵲起。
孫恩在劉牢之、劉裕北府兵的打擊下，退兵困守海島。然而經此折騰，東晉的國力大受消耗，京城防務也遭到削弱，這又給了另一地方軍閥叛亂的信心。
桓玄。
桓玄坐擁荊州、江州，利用便利條件，截斷了長江通往首都建康的漕運，並頻頻向司馬元顯挑釁。
司馬元顯知道，這場戰爭是不可避免了，決定先發製人。他派心腹謀士、廬江太守張法順去聯絡北府兵將領劉牢之。
勇猛的武將，氣質類型一般為膽汁質，普遍城府不深，做不到胸懷激雷而麵如平湖。張法順從劉牢之的表情上看出，劉牢之對討伐桓玄,不太情願。
張法順也是個狠人，勸司馬元顯殺掉劉牢之。
正要依靠北府兵，殺其將領，這種事司馬元顯不乾。張法順見勸不動司馬元顯，又獻了一計，可讓劉牢之死心塌地的跟中央一起討伐桓玄。
此計是，先讓劉牢之誅殺在建康的桓玄的叔伯兄弟桓謙（桓衝的兒子），以徹底跟桓玄決裂，牢牢的跟自己綁在一起。
桓家兄弟們雖然小時候鬥鵝玩腹黑，但那畢竟是孩提時代的事，堂兄弟們之間的感情還是相當好的。張法順的這一計，可以說是即狠毒又有極效。
而司馬元顯的做法，卻令張法順大吃一驚。他不但沒照張法順說的做，反而委任桓謙為荊州刺史。
司馬元顯有自己的想法，一他不想把劉牢之逼的太緊，二是他知道桓家在荊州的威望，試圖以此收買人心。
準備妥當，司馬元顯自任大都督統帥中軍，以劉牢之為前鋒，以司馬尚之為後軍，向荊州進發。此時，劉裕正在劉牢之軍中。
本次征討，劉牢之的心情是複雜的。因為，他的營帳中早就來了一個人。
桓玄的使者，已經來勸降了。
自東晉太元二年377年﹐他應募參加兗州刺史謝玄組建的北府兵開始，先是任一小參軍，後因戰功擢升為鷹揚將軍﹑廣陵相。南北淝水大戰中，正是他劉牢之親率精兵5000夜襲駐洛澗，擊潰十倍於己的前秦軍，對整個戰爭的勝利起了重大作用，並因功封龍驤將軍﹑彭城內史。
後來謝玄的北伐﹐他劉牢之也是主將，相繼收複了河南﹑山東﹑陝西南部等地區。
鎮壓孫恩的叛亂，自然也少不了他劉牢之。
然而，他卻始終成不了封疆大吏。荊州、江州、揚州等州刺史，從來沒人考慮過他，隻因為他出身庶族將門，非士族豪門。有的人一出生就在羅馬，有的人一出生就淪為牛馬。萬般皆是命，半點不由人。
因他執掌北府兵，王恭拉攏過他，司馬元顯拉攏過他，桓玄也拉攏過他。但他心裡清楚，這些人從來都沒真正瞧得起過他，隻因為他的出身，這些士族豪門的子弟隻是把他當作鷹犬驅使。
他因背叛王恭，才得到了征西將軍﹐都督兗﹑青﹑冀﹑幽﹑並﹑徐﹑揚州和晉陵諸軍事的地位。如今，司馬元顯與桓玄又開始互咬，他劉牢之又被當做鷹犬拉了出來。
怎麼辦？唯有在司馬元顯和桓玄二人之間做個選擇。
這個選擇，是異常艱難的。
深夜，大帳外繁星滿天，大帳裡燭火跳躍，劉牢之背垂雙手踱來踱去，心也在左右搖擺。回想起本次出征出發前，他去拜見司馬元顯的那一幕，令他做出了最終的選擇。
本次出征前，劉牢之從京口駐地趕到建康，想去拜見司馬元顯。門人多次去通報，司馬元顯竟然不見他，因為，他喝醉了。
直到大軍開拔，白癡皇帝、晉安帝司馬德宗出來餞行，劉牢之才見到司馬元顯。
庶族武將的出身，本來就令劉牢之極不自信，不自信的人神經一般都特彆敏感，王恭的傲慢態度令他惱怒，才有了那次決定王恭命運的陣前倒戈。
司馬元顯，你，就做第二個王恭吧。
劉牢之派兒子劉敬宣到荊州軍中投降。外甥何無忌和劉裕苦勸，開弓沒有回頭箭，劉牢之不聽。
為安撫劉氏父子，桓玄設宴款待，還陪同劉敬宣參觀名人書畫展。對桓玄的這番忽悠，荊州在陪的官佐們都相視而笑，但劉敬宣竟毫無察覺。
北府兵倒戈，桓玄荊州軍順利攻入石頭城，建康陷落。
桓玄斬司馬元顯、司馬尚之、張法順等人，還有一個人也被斬。
此人就是，庾楷。
前文已有述，王恭二次反叛時，豫州刺史庾楷是其同盟。被司馬元顯擊敗後，庾楷隻得投靠桓玄，被桓玄任命為武昌太守，由省部級乾部成了廳級乾部。
庾楷一直在左右搖擺，在桓玄與司馬元顯的對立中，他暗中選擇了投靠司馬元顯，答應做司馬元顯在桓玄陣中的臥底，事泄，被桓玄下令乾掉。
桓玄又罷黜司馬道子的相權，借白癡皇帝司馬德宗之手，封自己為丞相、錄尚書事、都督中外諸軍事，實際的軍政一把手。
叔伯兄弟桓謙為尚書左仆射，即國務院副總理，作為自己在中央的助手。地方重鎮，均由桓家子弟擔任刺史桓玄的弟弟桓偉為荊州刺史，叔伯兄弟桓修為徐兗二州刺史，叔伯兄弟桓石生為江州刺史。
殺完司馬元顯一黨，布完中央和地方的局，桓玄準備給劉牢之安排一個好歸宿。
桓玄任命劉牢之為會稽內史，就是郡太守，紹興市市長。
劉牢之的根基在京口，政治資本是北府兵，桓玄的這一任命，用意昭然若揭。之後，劉牢之性命能不能保得住，得看桓玄的心情。
劉牢之恐懼異常，兒子劉敬宣主張立即起兵攻殺桓玄，劉牢之也想做最後一搏。
然而，北府將領們的態度，幾乎令他絕望。
劉牢之問劉裕我們去廣陵（揚州）聯合我女婿、廣陵相高雅之，舉兵匡扶社稷，你能跟我一起去嗎？
劉裕即氣憤又無奈將軍你空擁強兵數萬，說投降就投降了。桓玄現在控製天下已成既定事實，你還想去廣陵，廣陵是你的地盤嗎？要去你去，我隻有脫下軍裝回老家京口了。（將軍以勁卒數萬，望風降服，彼新得誌，威震天下，朝野人情皆已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。《資治通鑒》）
劉牢之又集合北府兵其他將領，但部將劉襲的話代表了北府將領們的態度將軍你先背叛王恭，又背叛司馬元顯，現在又要造桓玄的反，一人三反，反複無常，豈足以托命矣？！語畢，趨出，佐吏多散走《資治通鑒》
左右搖擺，跟誰反誰，當世呂奉先，與三姓家奴一樣，誰還把你當老大跟著混？
劉牢之在北府兵中的威信儘失。
無奈，劉牢之派兒子劉敬宣去京口接家眷，準備跑路。
劉敬宣有事耽擱沒及時回來，劉牢之心驚，以為謀反之事敗露，趕緊率隨從過江。
路上，劉牢之越想越懊惱，竟自己找了根繩子，吊死了。
淝水大戰中，把大秦天王苻堅都驚得風聲鶴唳、草木皆兵的一代虎將，北府之膽，就這樣跟後世的魏忠賢一樣，“投繯道路”，窩窩囊囊的掛了，令人唏噓嗟歎。
人的強大，不在於你外表的威武雄壯，而在於你有顆大的心臟。內心強大到混蛋，你才能成為真正的王者。
劉敬宣接了家眷，卻得知父親自殺的消息，急忙逃往廣陵投奔妹夫高雅之。後二人起兵反桓玄，失敗後，北投南燕慕容德。
氣場不行的劉牢之自絕於世，氣場爆high的劉裕則得到了桓玄的欣賞。桓玄為絕後患，連殺高素（高雅之父親、劉牢之的親家）、劉襲、劉季武等北府舊將。但，他卻留下了劉裕。
劉裕審時度勢，暫時投靠桓玄，假意對桓玄推崇有加，韜光養晦。
桓玄自感已殺儘了北府兵一眾大佬，後患基本消除，這支部隊還是有利用價值的，鑒於劉裕在北府兵中威望頗高，留下他加以拉攏，還有用。桓玄做的這個決斷，是對還是錯呢？且看。