雙龍市的雙龍道館最近又重新開張了，鬥子和鳴依想要去取得她們的最後一枚徽章。
而小智則隻是單純地想去拿下第十枚徽章，向合眾地區最強的道館訓練家夏卡討教討教。
路過一座寶可夢幼兒園之後，小智一行人再次回到了竹蘭在漣漪鎮的彆墅裡。
因為要從青海波市去到雙龍市，從漣漪鎮拐過去會比較近。
再次回到了熟悉的地方，美洛耶塔也安心地唱起了古老之歌。
與此同時，在漣漪鎮附近海域的一座海上基地那裡，一架印有一個巨大的紅色“r”字標記的豪華私人客機緩緩地降落在基地的停機坪上。
塞格博士正帶著幾百名火箭隊隊員在此整齊列隊，恭迎阪木的到來。
“阪木老大，塞格率基地全體成員恭迎您的到來。”
“嗯，從今天開始，合眾地區將納入我們火箭隊的管轄，
暴風雨計劃，正式進入最後階段！”
阪木望著遠處的大海，充滿野心地說道。
“遵命。”
隔天一早，漣漪鎮。
一隻泥偶巨人從空中飛行而來，降落在彆墅的院子裡。
一個男人從泥偶巨人身上跳了下來，叮囑道，
“泥偶巨人，捕捉到旋律了，空氣在顫動，這種感覺一定是美洛耶塔不會錯。”
聽到有人到彆墅裡來，小智起身去看看，發現有個不認識的男人正在彆墅的院子裡，似乎在找什麼東西，還帶了一隻泥偶巨人來。
而美洛耶塔一見到那個男人，便激動地飛過去，撲進他的懷裡。
“美洛！”
“美洛耶塔，你沒事真是太好了。”那男人也驚喜道。
小智隨即把他迎進客廳裡。
那人把泥偶巨人留在院子裡負責警戒之後便跟小智進屋。
“真是非常感謝你們幫我保護美洛耶塔，
我叫拉裡，正在跟我的泥偶巨人一起尋找美洛耶塔，
你叫做小智是吧，美洛耶塔它現在好像已經跟你很親近了呢。”
“是啊，對了，拉裡先生，到底發生什麼事了？為什麼美洛耶塔會跟你分開，被火箭隊的人追捕呢？”
“哦，是這樣的，我們和美洛耶塔，本來是一起隱居在合眾地區的某座森林的深處，
可是某一天，我們隱居的地方被人發現了，在我沒有注意到的時候，美洛耶塔就被那些壞人們給抓走了，
那群壞人，一定是在覬覦美洛耶塔所擁有的力量，這件事是我的重大失誤，所以我才會一直到處尋找美洛耶塔的蹤影。”
據拉裡所說，當時靠著火箭隊的人寶可夢的招式黑霧的掩護，抓走了美洛耶塔。
用的籠子小智猜測也是之前火箭隊用來抓三雲神的那同款抓捕神獸專用籠子，因為拉裡說他的寶可夢的技能根本無法破壞那個籠子。
拉裡對此很是自責，因為美洛耶塔出事的時候，他剛好有事離開了，沒有在美洛耶塔的身邊。