弗拉達利用他們實驗室研發出來的全息影像投影器投影出半份竹簡的影像給大吾看，問大吾有沒有看過竹簡上的內容。
驚訝的大吾趕忙拿出自己的那半份竹簡，並且發現這兩份竹簡竟然可以拚在一起。
竹簡上麵是關於傳說的巨石的情報，傳說的巨石在很久以前好像是一位古人所擁有的。
兩人互相交換情報之後得到一句很關鍵的話。
“要找到前往巨石的路，就得先找到門，開啟那扇門的鑰匙，是兩塊石頭的光芒，找齊兩塊石頭後，就會出現新的道路。”
大吾立刻反應過來，兩塊石頭指的就是兩塊進化鑰石。
那扇門，大吾早已在這個遺跡裡找到，隻是苦於不知如何打開。
大吾與艾嵐分彆將自己的進化鑰石放在門前的兩根柱子上，一道彩色的天梯頓時出現在眾人麵前。
順著天梯，幾人來到了一座遺跡裡，
艾嵐和大吾在弗拉達利的引導下，將自己的進化鑰石分彆擺在遺跡裡的兩座祭壇上，成功召喚出了傳說的巨石，
這是一塊彩色的古老的並蘊含著龐大原始能量的巨大石頭，
被視為可能是超級進化的根源。
自古代便存在著傳說的巨石，並流傳著其相關記載的木簡。
成功找到了目標，弗拉達利立刻聯係了手下的科研人員過來。
早已在附近待命的閃焰隊科學家們不到幾分鐘便乘飛機趕到遺跡裡。
經過他們的研究，這塊巨石能發出光的能量，其波形與超進化石一樣，但其熱量卻遠遠超過了超進化石；
但他們不知道的是，一旦暴走的巨石與百刻市的日晷結合就會引發擴及整個寶可夢世界的大毀滅。
與此同時，傳說寶可夢烈空坐突然降臨。
憤怒的烈空座與巨石產生共鳴發生了超級進化，開始了大肆破壞。
烈空座的到來正是因為巨石現身於世所產生的強大能量波動，
也正是這股能量波動讓烈空座進行了超級進化，
並使沉睡在豐緣地區的火山還有深海海底的固拉多和蓋歐卡清醒，並且通過朱紅色寶珠和靛藍色寶珠完成了原始回歸。
大吾與艾嵐雖然派出超進化後的噴火龍和巨金怪上前阻止，但卻根本不敵。ega烈空座的攻擊下，艾嵐為保護瑪農而受傷。
烈空坐離去之後，傳說的巨石也在烈空座的攻擊下不知為何消失不見。
幾天前，弗拉達利研究所的科研人員在卡那茲市附近的海麵上偵測到了與傳說的巨石的波長和波形非常相似的微弱信號，
雖然不能百分百確定那就是傳說的巨石，但弗拉達利還是決定派艾嵐去調查，並且叮囑艾嵐不要離開大吾身邊，要好好利用大吾擁有的實力和知識幫他們奪得傳說的巨石。
大吾也決定要幫助艾嵐等人調查，畢竟這件事牽扯到了豐緣地區傳說中的寶可夢，關係到豐緣地區的存亡，自己作為豐緣地區的出身的人和這裡的冠軍，有義務解決這件事。
於是，大吾叫了自家的飛機，將艾嵐和瑪農帶到了位於卡那茲市的得文製股份有限公司，
可才剛到，弗拉達利便給他們傳去了兩個消息，