舒爾哈齊是努爾哈赤同母弟。早年隨同兄長努爾哈赤出外謀生，後來又投奔到大明總兵李成梁的手下當差。為人堅毅頑強、勇猛善戰。萬曆十五年，努爾哈赤在赫圖阿拉稱汗，舒爾哈齊晉封貝勒，地位僅次於他的兄長，成為第二號人物。
萬曆二十三年八月，舒爾哈齊首次帶領建州女真朝貢使團前往北京進貢，這次的經曆使他眼界大開。他對自己屈居在兄長的屬下的地位感到不滿，他希望有朝一日當上建州女真的最高統治者。與此同時他對先進的農耕文明和文化產生了濃厚的興趣。
萬曆二十五年七月，舒爾哈齊第二次進北京朝貢，他到達北京後受到了大明廷熱烈隆重的接待，並被賞賜給了豐厚的金銀綢緞等禮物。同時，明廷還授予了他都指揮的高級武職。大明以此做為一種戰略對策，儘力拉攏和收買努爾哈赤的對手及反對者，在兩者間進行挑撥，以激化彼此的矛盾。為此舒爾哈齊也確實感激大明的恩寵，他感恩於大明，在政治態度上越來越傾向於大明。舒爾哈齊除了積極的與大明發展密切關係之外，他還通過政治聯姻的形式加強與其他各個女真部落的聯係，借以擴大他的個人實力和影響。萬曆二十四年他娶了烏拉部落的貝勒布占泰的妹妹為妻，第二年他又將自己的女兒額實泰嫁給了布占泰。舒爾哈齊同樣也與朝鮮保持著相當密切的關係，朝鮮使者到建州，對於努爾哈赤和舒爾哈齊見麵行相同的禮儀，並向兩人饋贈同樣的禮物。他們二人也分彆屠宰豬羊，各自在帳中款待朝鮮使者，並回贈禮物。朝鮮國王也樂意在兩位建州首領之間周旋，對他們實行雙重承認的原則，這與大明的手法如出一轍。
隨著女真各部的統一，努爾哈赤擁有了足夠的力量與大明對抗，他的下屬也時常和明軍發生武裝衝突。朝廷對遼東的局勢感到不安。因此在萬曆二十九年，明廷又起用了被罷免的前遼東總兵李成梁，希望他能扭轉當時那惡劣的局勢。李成梁上任伊始，就采用了原來對女真各部的分化瓦解政策。他利用了舒爾哈齊和他兄長的矛盾，大力拉攏他，對他恩禮有加，格外器重。李成梁又讓兒子李如柏娶了舒爾哈齊的女兒為妾，使雙方關係更為緊密。萬曆三十三年，舒爾哈齊的妻子病故，李成梁父子準備了豐厚的祭禮前去治喪，備極隆重。麵對大明的恩寵，舒爾哈齊更加感激，他決心依靠大明為後台，樹立自己的女真最高領袖的地位。舒爾哈齊明目張膽地樹立個人的權威，逐漸構成了對努爾哈赤地位的挑戰，兩人的關係也日益緊張，在諸貝勒共同參加的會議上，兩人常因意見相左而激烈爭吵，努爾哈赤開始意圖除去他這個潛在的對手。
萬曆三十五年三月，居住在蜚悠城的一小支女真部落，由於不堪忍受臨近的烏拉部的奴役，想來依附努爾哈赤。努爾哈赤派出了舒爾哈齊和自己的兒子褚英、代善，將領費英東、揚古利、常書、扈爾漢領兵三千，前往蜚悠城收編該部。
當舒爾哈齊等人行至半途的時候，他就滿腹狐疑的對同行的將領說看到帥旗上有一層淡淡的幽光，想要退兵。不過在褚英、代善的反對下，隻能作罷。到達蜚悠城後，該部落酋長策穆特黑帶領的五百戶人丁早以做好了出發的準備，於是很快這支隊伍就踏上了返回的道路。烏拉貝勒布占泰得知消息後，立即帶領一萬騎兵趕來攔擊，雙方軍隊擺出了交戰的陣勢。但這時，舒爾哈齊卻帶著自己屬下的五百人退到了一邊，他不想破壞與姻親的友好關係。隻有褚英、代善率軍英勇奮戰，舒爾哈齊隻在一邊觀看，他的部下常書、納齊布也沒有加入戰鬥。正是由於舒爾哈齊的消極退避，最後褚英、代善雖然打敗烏拉騎兵，但是沒能給以致命打擊。
舒爾哈齊班師回朝之後，努爾哈赤準備將他的下屬常書、納齊布以臨陣脫逃的罪名處死，以剪除他的左膀右臂同時也是殺雞儆猴。但是舒爾哈齊的反應十分強烈，說殺他們就是等於殺我，誓不低頭，大有決以死戰的陣勢。最後努爾哈赤為了避免公開的衝突，便做出了讓步。他隻罰了常書一百兩黃金，奪了納齊布下屬的人馬，並且從此以後剝奪了舒爾哈齊指揮軍隊的權利，將他排擠出了最高軍事領導層。
自此，舒爾哈齊的地位一落千丈，變成了一個有名無實的人物，他痛感自己與努爾哈赤勢難並存。於是，他與長子阿爾通阿，三子紮薩克圖商議，圖謀另立門戶，與兄長分庭抗禮。於是舒爾哈齊帶著幾個兒子和少數部下來到了鐵嶺東南的黑扯木，在那裡伐木建造房屋，開辟新的根據地。而黑扯木臨近明朝的軍事重鎮鐵嶺，可以直接依靠明朝的軍事保護，在他的東麵又與烏拉部落接鄰，能隨時得到盟友的援助。舒爾哈齊開始與努爾哈赤越來越疏遠，轉而靠近明朝了。李成梁和李如柏父子看到這一分化女真的大好機會，於是火上澆油，故意挑起矛盾衝突。他上奏朝廷冊封舒爾哈齊為建州右衛首領，這是明朝在遼東地區設立的最高地方軍事長官。
努爾哈赤首先是責令舒爾哈齊放棄自立為王的念頭，在勸說無效的情況下，他斷然采取了強硬措施，於萬曆三十七年三月，舒爾哈齊的兩個兒子阿爾通阿、紮薩克圖被努爾哈赤誅殺，部將武爾坤也被處死。努爾哈赤餘怒未消，仍打算將他的次子阿敏處死，隻是在皇太極等人的極力求情下，阿敏才逃過一劫，免於一死，不過他的一半家產被沒收。麵對兄長咄咄逼人的姿態，舒爾哈齊失去了繼續抗爭的勇氣。他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐紮在遼東的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本不是努爾哈赤的對手。在萬念俱灰的絕望處境下，舒爾哈齊回到了兄長的帳下。但是這次的努爾哈赤對他不再講兄弟情誼了，舒爾哈齊被囚禁在一間暗室之中，用鐵鎖鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。
萬曆三十九年八月十九日，舒爾哈齊在囚禁中死去，時年四十八歲。
“原來如此，李都督居家二十年，的確沒有閒著，他確實很忙，一直都在忙著離間奴兒哈赤兄弟倆。也難怪他遭到忌恨，有此一劫。”
“那當然！”童朗說，“大汗派代善貝勒去綁架他，帶他來赫圖阿拉，就是要審判他。”
“我猜想你們一定把他看得很牢吧？”
“我相信非常嚴密！你瞧，”這個軍官笑著說，“他有一支護送他的真正的王家的隊伍呢。”
“是的在白天，是不會有他逃跑的危險的，可是，到了夜裡……”
“夜裡，防範的措施更加加強。”
“你們采取什麼樣的警戒方法？”
“在他的房間裡始終有八名巴圖魯看守他。”
“哦豁！”季桓之叫了一聲，“這可太嚴密了。可是，除了這八個人，想必你在門外
也要派一個看守吧？要對付這樣一個重要的俘虜，采取任何措施都是不過分的。”
“門外不必派人。你想想，兩個手無寸鐵的人能夠對八個手拿武器的人做些什麼？”
“怎麼，兩個人？”
“對，都督加上他的家丁。”
“你們允許他的家丁不離他的身邊？”
“是的，李如柏要求能給他這種照顧，代善貝勒同意了。”
“那你們到底打算怎麼處置他？”朱後山和童朗碰了一杯，如是問他。
童朗喝了一大口高粱酒，臉上開始出現紅暈，微醺著說道“當然不可能真殺了他或是幽禁他，這就等同於向朝廷開戰了。咱們的大汗隻是想讓他答應幾個條件而已。”
“什麼條件？”朱後山追問。
“這我哪兒知道啊？”童朗道“總之我們大汗說了，李成梁對他有恩，再怎麼樣他也不可能忘記彆人施與他的恩惠，隻要李成梁一天不嗝屁，他就一天不可能造反。”
“造反？”
“李成梁已經死了。”
聽了童朗所說的話，朱後山和季桓之異口異聲說了上述兩句話。