憤怒的兩晉南北朝！
371年11月13日，桓溫抵達京師，暗示皇太後褚蒜子廢黜司馬奕，而由丞相、會稽王司馬昱繼位，並事先擬好了詔書的草稿，派人送進宮。
司馬昱除了清談之外，沒有半點本事，為人也很懦弱，當真是把大權過渡到自己身上的不二人選。
褚蒜子曆經四任皇帝，早已看淡了人生起伏，對於朝政大事全不放在心上，一心鑽在佛堂裡修身養性，當接到桓溫的奏章時，正在佛堂燒香。
接過奏章隻看到一半，褚蒜子已知桓溫的打算，便不再看下去，讓侍從拿筆來，加添幾句說“未亡人不幸，忍受種種憂患，想到死去的，掛念仍在人世的，心如刀割。”
這幾句看似隻是抒發心情、無關痛癢，實則是提醒桓溫不要做得太過份（趕儘殺絕），司馬家族會妥協，但也需要雙方的體諒和配合。
11月15日，桓溫在金鑾殿召集文武百官，由太監宣讀了褚蒜子的詔令，廢黜司馬奕的帝號，改封東海王，由丞相司馬昱繼承帝位。
接著文武官員們在太極前殿集合，大營指揮官竺瑤和散騎侍從官劉亨，入宮取出了皇帝的印信，然後一起叩拜在地，目送著廢帝司馬奕頭戴平頂帽巾，身穿單層布衣，從西堂步行走下台階，坐上牛車，一直出了神虎門。
執法監察官和宮殿保安官，則率軍一百人把司馬奕護送到了東海王府，24歲的司馬奕由此正式告彆了皇帝生涯。
送走了廢皇帝，桓溫親自率領文武百官，帶著法駕，到會稽王府迎接司馬昱，司馬昱就在客廳裡改穿衣服，同樣的頭戴平頂帽巾，身穿單層布衣，麵向東方，流淚止不住地劃落，然後向皇帝印信下跪叩頭，再雙手接過，當天便登極稱帝，改年號為鹹安，本年已是51歲高齡，即簡文帝。
此番帝位交替，被廢的司馬奕固然是感覺不到絲毫的欣喜和釋然，而新立的司馬昱也不覺有任何值得高興的地方，仿佛一瞬間掉進了泥潭，掙紮不開，越陷越深。
大概從殷浩下台開始，司馬昱已逐漸淪為桓溫的發言人，一舉一動都不過是服從安排和授意而已，如今一舉升為九五至尊，但這一現狀卻並沒有改變，甚至因此更加受製於人，個中痛苦絕非旁觀的群眾所能體會。
迎來了新皇帝，桓溫出來到太極殿中堂，分彆派出部隊戒嚴，因為腳上有病，司馬昱特彆下詔請他坐轎進殿，桓溫沒有接受，在衛士的簇擁下參拜司馬昱。
在此之前，桓溫已經擬妥了一篇文稿，打算在見麵的時候仔細陳述所以廢黜和所以擁戴的緣故，想不到司馬昱一見到他，就流淚不止，桓溫頓感驚愕，這樣的場麵可真心是始料未及，一肚子備好的話竟連半個字也說不出來了，一種名叫憐憫的情緒油然而生，眼眶也跟著紅了起來，為了躲開抱頭痛哭的尷尬，趕緊告辭離開。
出於對司馬昱的同情，桓溫放棄了郗超提出的逼宮計劃，轉而為另外一種各自相安無事的禪位模式做準備，但郗超提醒他司馬昱尚有兒子，禪讓一事並不能百分百保證實施，桓溫思量許久，還是不忍對司馬昱動粗。
司馬昱最早娶了王述的堂妹為王妃，生了世子司馬道生和司馬俞生，但司馬道生的品德太差，母子都被廢黜囚禁，後來死在囚室，其餘三個兒子司馬鬱、司馬朱生和司馬天流，也早夭亡。
之後長達十年間，司馬昱的妃子們竟沒有一個懷孕，司馬昱不得不請一位資深的麵相學專家，到後院察看所有的妃子，還看了所有婢女，專家轉了一圈，最後把視線放在一個紡織室的女婢身上。
這位婢女名叫李陵容，是從馬來半島過來的，皮膚黑而身材修長，宮裡人都稱她為昆侖，專家拍手道“能生皇子的就是她了!”
司馬昱隻覺無語，但為了延續子嗣，還是讓她陪宿，結果真的連生兩個兒子，即司馬昌明和司馬道子。
次年7月28日，11歲的司馬昌明被立為皇太子，司馬道子則被封為琅邪王，兼管會稽國，奉祀祖母鄭阿春的香火。
這兩個孩子都還未成年，桓溫倒並沒在意，太宰、武陵王司馬晞，是司馬昱的弟弟，平時不務正業，卻尤喜歡練兵為樂，桓溫擔心他惹出什麼幺蛾子，特彆上疏指控他聚集地痞流氓，包藏禍心，他的兒子司馬綜也傲慢殘忍，當初袁真叛亂，他們就曾互相勾結，近來私下動作頻頻，將要發動政變，請免除其官職，暫以親王身份返回王府。
大司馬既已發話，司馬昱當然隻有批準的份，於是連同司馬綜等人一並免職。
這之後，桓溫上了癮了，把得罪自己的人全都收拾一遍。
當初殷浩死的時候，桓溫還特意派人帶著信件前去吊喪，結果殷浩的兒子殷涓既不答禮，事後也不晉見桓溫道謝，卻跟司馬晞來往交遊，桓溫為此惱了好久，另外廣州督導官庾蘊等人，一向與桓溫不和，桓溫對他們也都沒好感，如今基本操控了朝廷，正式對這些人展開報複。
371年11月17日，桓溫派弟弟桓秘，肋迫新蔡王司馬晃、前往太極殿西堂叩頭自首，招認與司馬晞、司馬綜、殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔等人，陰謀叛變。
人證物證俱全，叛變可不是小罪，桓溫當著司馬昱的麵下令涉案人等全體逮捕，交付司法部調查審判，而結果不如意外全是死刑。
隻不過要處死皇族成員，到底太過敏感，總監察官譙王司馬恬，接受桓溫的指示，上疏請依法行事，誅殺司馬晞，司馬昱含淚下詔說“我心中悲痛，不忍聽到這種事，何況要我親自說出口，最好彆再作討論。”
桓溫為了讓他鬆口，先誅殺了司馬奕的三個兒子及其母田美人、孟美人，然後親自上疏，堅持誅殺司馬晞，措辭異常淩厲急切。
轉折出現了，司馬昱這次竟然沒有俯首聽命，親筆寫了一份情意委婉的詔書給桓溫“如果晉國大運還可以延續，請公接受上一次的詔書，如果大運已去，我請求避開賢能上進的道路。”
桓溫看到之後感覺挺尷尬的，隻好退讓一步，奏請撤銷司馬晞父子三人的所有爵位，貶作平民，連同官屬，全體放逐到新安郡。
這次司馬昱無話可說，於是新蔡王司馬晃也被貶作平民，並放逐到衡陽郡。
皇族人員尚且如此下場，其他的族人當然無一幸免，殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔等人一起遭斬首並屠滅全族，庾蘊在獄中服毒自殺。庾蘊哥哥庾友的兒媳婦是桓溫弟弟桓豁的女兒，所以桓溫特彆赦免了庾友全家。
殷庾兩族被屠之後，龍亢桓氏的勢力已無人能敵，朝中的望族隻剩下太原王氏、琅邪王氏和陳郡謝氏，但他們的代表王坦之、王彪之和謝安也都無力回天，謝安甚至見到桓溫就遠遠地下跪行禮。
本章完