在三位教主將事情敲定之後，陳嶽就開始書寫《達芬奇密碼》，至於這本書的名字，則被改為《道玄真人密碼》。
道玄就是這世界道門的畫聖，和吳道子同名。
男主角陳陽，是儒家的修行者，但是畢生所鑽研的，卻是破譯道家的符文，由此對道家的許多東西都有了解，大儒因此請陳陽去天京城，對翰林院的進士們講解符字的研究。
“道生之，德畜之，物形之，勢成之。是以萬物莫不尊道而貴德……”
“道者，是萬事萬物的根本。”
“德，是萬事萬物的運轉規律，順應著德，就能夠得道。”
故事的一開場，是陳陽在翰林院中講解故事，而後是講武堂的人來此，對其說了約在寶光殿見麵的安德真人死了，講武堂的人開始詢問陳陽各種關於安德真人的信息，並且將安德真人死亡之時留下的訊息，交給了陳陽。
陳陽同講武堂的人到了寶光殿，很好奇為什麼會有人能夠在正一仙道的寶光殿中殺人。
講武堂的人為之解惑，說出寶光殿內部的一些換班製度，以及這外殿隻是一些文物，都是一些沒什麼能力的人在看守。
陳陽走進來之後，認為相比於自己的死亡，安德真人更在意的，是他想要保護的秘密，由此開始了破譯密碼的工程，在這破譯密碼中，天京講武堂的天璿走了進來，言說自己已經破譯了密碼，在這時候，將全部的密碼傳達給了陳陽，是讓人找到陳陽，講武堂也由此認為陳陽就是凶手。
一輪和捕快們鬥智鬥勇之後，陳陽和天璿在間隙之中破解密碼，同時帶出來了“隨山隱修”這一神秘組織。
隨山隱修，是陳嶽從全真教的分支隨山派，隱修龍門裡麵截取名字粘合的。
“我畢生都在破解道家的符字，因此對道家的一切外在東西都知道，也因此知道道玄聖人，曾經主持過隨山隱修會，你爺爺臨死之前留下這樣的信息，他應該是這組織裡麵的人……”
有了這一個引子之後，陳陽就和天璿一起，一並開始對道家進行揭秘。
首先就是破譯密碼，取出陰陽匣，然後根據陰陽匣的指引，一步步的開始破譯，並且帶出來了許多過去的事情，用陰謀論的方法，將過去的一切重新解構。
兩個人也遭到了神秘的追殺，捕快的追捕。
天璿說出了為什麼不和爺爺親近，是因為看到了爺爺和女人媾和，周圍還有一群人圍觀，並且舉行儀式，由此感覺受到了衝擊。
而陳陽回答了天璿的疑惑那是在鑽研陰陽之道，道尊認為，世間有陰有陽，而道是陰陽的和諧形態，這些儀式，都是在輔助安德真人得道，後來的人避諱這些，將這行為羞恥化，反而是阻礙了得道。
在陰陽匣的指點下，兩個人繼續前走，居然來到了一任長生教主的墳墓，在長生教主墳墓周圍的壁畫，以及這裡隱藏的暗語中，兩個人知曉了長生教的真正職責。
行走黑暗，侍奉光明，萬物皆虛，萬事皆允！
同時用保護道尊妻子屍骸的理由，為長生教曆代掀起來的禍事找一個借口。
與此同時，擊殺安德真人的幕後黑手也顯露出來，是有一些儒生為妖族張目，當中最壞的兩個人，一個姓羅，一個姓福，他們所做的一切，就是為了找到道尊妻子的屍骸，從而將道尊是人的事情宣告天下，動搖道家的根基。
長生教的守護者在這時候跳出來，將這些儒生予以斬殺。
這一個守護者，為其拚湊出了最後的線索，天璿終於到了最後的地方，在這裡，她知曉了自己就是道尊的後人，而這個隨山隱修會上僅有她的奶奶了。
道尊妻子的屍身不在這裡存放，天璿無法用血脈進行感應，不過止步於此，找到了親人，她已經滿足了，在失去了爺爺之後，她要好好的陪奶奶，由此和陳陽道彆。
陳陽回到了天京城，在這時候不經意間的醒悟，參悟到了密碼的另一重含義，沿著天京城的街道，走到了道家的寶光殿前麵，知曉了道尊妻子的屍身，就在寶光殿裡麵存放著。
想到了隨山隱修一代代人保守秘密，想到了長生教為了這個信條投身黑暗。