因朱翊鈞時間有限，因此內廷行走大臣陳矩從侍從室選出數人，按照朱翊鈞的意見，配合張鯨等起草、製定規章製度。
此次整改，將內府工商集團自上而下作出興革。首先在侍從室設立計財處，專門為皇帝理財。計財處內設人事科、資產管理科、運營科、監察科、綜合機要科，共有一百六十人。
整個計財處由張鯨掌總，類似於後世的國資委，但是比國資委權責小得多，隻負責全國的皇廠、鹽場、皇店等皇家產業。
明確管理機構以後，朱翊鈞將整個集團拆分，成立鋼鐵管理集團，下轄所有鋼鐵廠；成立玻璃總廠，下設分廠等等。
這些分廠全部建立健全獨立自負盈虧的財務製度，按照計財處的統一規劃調整生產。同時加強計財處監察力量，強化財務和反監督。
朱翊鈞殫精竭慮，將後世公司的管理手段儘可能的因地製宜，放在大明朝使用。由於本時空此際無法做到長距離的信息溝通，因此除了設立分廠之外，還將設置在各采礦、收集物資等處的原料提供方也進行分離，財務獨立後，試行自由競爭。
朱翊鈞深知，即使在二十一世紀，大國企的績效和民營比起來也無法競爭。因此，他還是將大部分精力投入到技術升級之上，現階段，隻能用領先幾步的技術手段來引領萬曆朝的工業化。
除了厘清現有的皇廠皇店體係，朱翊鈞另外對武器生產也投注大量精力。
萬曆四年春天立下擊滅董禿子首功的，還不是咬住了董禿子主力的女真騎兵隊，而是一千二百裝備了前裝燧發滑膛槍的薊鎮龍騎兵。經過三年多的努力，包括紙殼定裝藥在內的鳥銃升級版終於定型生產，第一批產品就交給了薊鎮。
明代的火器在宋、元發展的基礎上，躍升了一個大台階。基本上和西方保持同等進步速度。隆慶年間，火器已居明軍裝備之半數。戚繼光的部隊，火器配比達到了驚人的六成半。
而且以神機營為代表的火器部隊，標誌著整個明軍的戰略、戰術都圍繞著火器展開了變革。而戚繼光所言“有精兵而無精器助之，是為徒強”以及他對火器的高度重視，開發出來的各類戰法，都說明此際的中國和西方國家相比，火器的發展並未落後，甚至可以說並駕齊驅。
但因為沒有理論指導，明代火器的發展也呈現百花齊放，威力不足的特點。
朱翊鈞穿越過來以後，很快指出了火器發展的問題，將三眼銃、一窩蜂、噴火箭等火器製造一律裁撤，以鳥銃為本，專攻火藥製取、銃管材質、定裝火藥、燧發、後裝等方向。
關於大炮的改進方向，朱翊鈞指導兵仗局，從火炮用藥、炮子和炮管材質以及氣密性上下功夫，總而言之和鳥銃一樣，必須射擊更遠、裝彈更快，威力更強。
至於擲彈兵方向，朱翊鈞指導工匠利用石油粗加工產品生產火油瓶和鑄鐵手榴彈兩種產品，一種用來放火，一種爆炸傷敵——這兩種技術水平很低，最先完成改進。
經過三年的努力，由於火藥製取和鋼鐵冶煉方麵終於取得長足進步，加上朱翊鈞長期堅持重賞能工巧匠，激發了明代工匠的創新熱情——萬曆三年，新版鳥銃“萬曆十四型”終於定型生產。
該槍在發火方式上，改進了已經裝備明軍的自生火銃，與自生火銃不同的是，加入待發機構，使其更加可靠。另外，為了儘量做到防雨，又加裝了龍頭蓋，可將燧石至於蓋下——僅能防小雨。