從萬曆元年穿越時開始，朱翊鈞就在研究明代的稅收問題。但一直到萬曆十四年才有所動作，是因為他深知財稅政策的根本首要的是涵養稅源。
變法之前，全國最大的稅源除了土地田賦此類的農業稅，就是朱翊鈞組建的工商聯合體——此際加收工商稅毫無意義，因為這個聯合體的利潤都被他用來搞研發、練新軍和幫助朝廷度過各種陣痛期了。
變法之後的頭幾年，各類工商企業儘管有資本支撐，但草創階段不能加稅，朱翊鈞需要的是它們野蠻生長，創造就業，從而推動整個社會的轉型。
如今大變法全麵推開已經六年，朱翊鈞需要利用稅改給狂飆突進的資本套上新的籠頭。因此，稅改正當其時。
此際的天下是資本和封建的混合體，朱翊鈞給出的判斷是半資本、半封建社會。在各大城市，以紡織業、水泥製造、鋼鐵冶煉、采礦業、初級化工為主體的工商業已經培育出規模可觀的市場；在廣大農村，以耕織為主的生產力和宗族紐帶為基礎的上層建築卻幾乎沒有任何改變。
初級工業品的社會化生產已經在城市裡將原有的手工業摧毀殆儘，漳州民變就是典型的例子。通過多種政策壓製危機的朱翊鈞明白——新生的資本亟待擴大市場。
不管皇帝願不願意，資本的觸角將向鄉村延伸，吸納新的勞動力的同時擴大消費市場，但是自給自足的小農經濟是無法提供這些的。因為這需要大幅度提高以自耕農為主體的農民的消費水平。
涉及到如此宏觀的經濟政策調整，不由得後世的小處長有如履薄冰之感。但後世中國有一個現成的經驗，朱翊鈞可以直接抄襲——大規模的基礎設施建設。這種“一力降十會”式的資本定向漫灌政策，將極快的催生城市，並立竿見影的改善農民的生活水平。
基礎設施建設需要海量的資金，但資本家不可能主動掏出來。由此引出了朱翊鈞進行稅改的第二個動機——增加稅收，以提供基礎設施建設資金。
第三個動機就是解決土地兼並問題。朱翊鈞將稅改和“土改”放在一起，要的是二者之間的互相促進作用。因為基礎設施建設除了需要資金，還需要土地。沒有土地基礎的設施建設代價極其高昂，具體參見加州高鐵項目——朱翊鈞在黨校裡麵學過的。
以養心殿君臣交鋒引發的第二次萬曆大變法由是發端。整個頂層設計是極其宏大的——朱翊鈞擬在全國發起大討論，並廣泛的彙聚民意。張四維的書房談話，不過是大風起於青萍之末。
這個頂層設計的實現還有一個十分必要的前提，就是皇帝對全國經濟具有絕對的掌控力。在大變法之前，大明沒有成規模的工商業聯合體，掌控力不成問題，但沒有實現這個頂層設計的條件；大變法之後，嶄新的資本家已經大量誕生——帶著大量封建行會殘餘的大商幫就是鮮明的例證。
因此，朱翊鈞不能容忍合盛元——這個晉商銀行脫離掌控之外。與內閣總理大臣的交鋒不是他對利益斤斤計較，而是不允許金融業脫離皇帝的掌控之外。
接近後世金融運行模式的銀行業在朱翊鈞的拔苗助長下已經誕生。不同於沒有穿越者指導的金融資本自行探索，朱翊鈞首先將金融業帶入現代化是為了更好的服務於工商業的發展，這正是他深思熟慮後做出的極其重要的決定——因為銀行業既與經濟發展密切相關，又是一個可以提前催熟的行業，因為這行業不涉及實業生產，製度上的嚴密和管理上的成熟隻會讓朱翊鈞掌控實體經濟更加自如。
金融業的直接現代化固然讓資本缺少了必要的磨練，但朱翊鈞的初衷是不想讓資本與封建生產關係的搏鬥中變得強大和無堅不摧，他需要利用最大的金融資本掌控國家，而不是反過來被資本掌控——此際的穿越者朱翊鈞，已經離開了單方麵透明的地圖，與全世界一起進入了新的曆史迷霧。
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