這份詔書一出，可謂是重磅消息，不少臣子都是一副我不明白但是大受震撼的表情。
科道最先作出反應，以左都禦史葛守禮領銜，科道禦史們痛切上疏，要求朱載坖收回成命，科道言官們認為，國朝祖製，從未賦予過哪個臣子這麼大的權力，即便是總督也不過最多兩省之地，這次朱載坖令張居正督師南京，將整個東南托付給他，這是有違祖製的，不能給他這麼大的權力，葛守禮等人要求朱載坖收回成命。
甚至一些禦史跑到張居正家中去鬨事，要求張居正不能接受朱載坖的詔書，大部分臣子也不能理解朱載坖這樣做的意義何在。畢竟在倭寇最猖獗的時候，朝廷也不過設置浙直總督總管軍務，現在倭寇已經平息，這個時候還派遣大員，出鎮南京，專閫東南，這是何道理啊？
不過已經有細心的官員通過研究聖旨看出了一些端倪，張居正的職務是督師南京，節製浙直閩廣等處軍務事兼督理糧儲，這個職務設置是很有意思，一般朝廷派遣大員總攬軍務的話，應該後麵是督理糧餉才對，而張居正的職務後麵是督理糧儲，也就是說，張居正的主要任務是催征稅糧，並將之解運京師。
這樣一來，朱載坖派遣張居正的目的也就昭然若揭了，不少東南出身的官員上疏表示反對，認為東南已經有總督巡撫，再派張居正督師東南實際上是無用之舉，其實他們已經很清楚朝廷為什麼要派張居正去南京，就是因為朱載坖對於之前的催征不滿意。
朱載坖認為既然派禦史或者是督糧參政去催征稅糧沒什麼效果，那朱載坖就要派出更有分量的臣子以更加有力度的方式去催征稅糧，和之前督糧禦史或者督糧參政不同，他們嘴都能夠差遣地方州縣的官差來催征，這些州縣小吏早就被士紳們喂飽了，哪裡肯賣命。
而張居正可不一樣，他可是持節假節鉞賜天子劍的專閫大員，他去催征，調動的可是朝廷的官軍去催征，現在東南官軍可不是之前的衛所官軍，而是真的上過戰場砍過倭寇的百戰雄師，再加上張居正這個方麵大員，砍個把士紳連報告都不用打，被砍了你都沒地方說理去。
所以東南出身的官員們竭力阻止張居正出鎮，他們一方麵上疏朱載坖，請求朱載坖收回成命，一方麵給張居正施加壓力，同時請求徐階代為說項，但是徐閣老很清楚，朱載坖整頓東南的決心很堅定，何況徐階自家的事情還不知道怎麼辦呢，哪有功夫管這些事，反正死道友不死貧道的。
朱載坖對於這些奏疏，一律留中不發，根本不理睬這些人，而徐階也沒空搭理他們，張居正更是表示，君賜之職，豈可遽辭？
朱載坖在忙於南京方麵的各種官員的調整，朱載坖很清楚，僅憑張居正一個人也不能包打天下，不僅要派遣張居正去東南，還要有各種官員的配合，第一個就是蘇州知府的人選，雖然張居正是督師，但是很多庶務還是需要地方州縣官府來配合的，蘇州是東南重鎮，要催征稅糧，蘇州是關鍵點，也是破局點，隻有解決了蘇州欠糧的問題，整個東南欠糧的問題才能被解決。
所以一個精明強乾的蘇州知府是很重要的人選，朱載坖和內閣諸臣以及吏部商量之後，朱載坖任命戶部陝西司主事蔡國熙為蘇鬆兵備副使、蘇州知府，蔡國熙是高拱的門生，高拱認為蔡國熙精明強乾，又長於理財，到了地方不會被衙門小吏所欺騙。
同時，朱載坖還開始了一係列的人事調動，首先是內廷序列，黃錦以年老上疏請辭，朱載坖不允，仍令黃錦任司禮監掌印，但是令滕祥提督東廠辦事官校，願司禮監秉筆、禦馬監太監高忠請辭，朱載坖予以準允，以禦馬少監馮保接任司禮監秉筆見禦馬監掌印，原內官監太監李芳加司禮監秉筆，朱載坖的貼身太監劉忠也任司禮監秉筆，派南京內守備。
然後就是武將勳臣係統的調整，原遼東總兵恭順侯吳繼爵調任南京中軍都督府左都督、僉書中軍都督府事，任南京守備，原大同參將黑春升任遼東總兵，廣東總兵俞大猷升任提督浙直等處水陸軍務事，還有之前在京營任職的黔國公沐昌祚，朱載坖也下令沐昌祚出鎮雲南，任鎮守雲南總兵，佩平蠻將軍印。
在朱載坖調整了東南的文武官員之後，張居正正式出鎮東南、督師南京。
在張居正啟程的當日，朱載坖親送於宣治門，同時當場頒布命令，以薊鎮分守參將吳惟忠部充張居正麾下標營，給了張居正六千兵馬，作為張居正的親兵，同時朱載坖還下達命令，錦衣衛掌南鎮撫司指揮僉事嚴紹庭升任錦衣衛指揮使掌南京錦衣衛事。
朱載坖要整頓東南的決心已經非常明顯了。
而在張居正走後，胡宗憲也向朱載坖上疏，陳述了自己對於開海的設想，胡宗憲認為，開海隻通東西二洋，不得往日本倭國，亦禁以硝黃、銅、鐵違禁之物夾帶出海。關於稅收，進口關稅基本按照兩宋的稅率參照執行，而對於出口關稅，胡宗憲認為，執行粗、細兩種稅率，對於絲綢、茶葉、瓷器等外國緊缺而且利潤豐厚的產品，按照貨值征收十分之三的稅收，而不值錢或者利潤較低的產品，征收十分之一的關稅。
同時對於海關官員的設置，胡宗憲也提出了自己的看法，海關在各省設分司，沿海各省設立緝私參將一員，負責統帥近岸水師快船，查緝走私，對於抓獲走私的人員，比照私自通番從重處罰。
胡宗憲還建議，開海不宜全麵放開，而是先開一處，如浙江的寧波，或者福建的泉州，一口通商，觀其成效之後再漸次放開，這樣最為穩妥。
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