一次處決這麼多的官吏，這在太祖、成祖之後還是第一次，很多官員都認為朱載坖這次處置這些官員有些過於嚴厲了，但是朱載坖認為這還遠遠不夠。
這些運司官吏，和囤戶勾結，給朝廷造成的損失何止千萬，況且關係到軍儲，朱載坖絕不可能放過他們。而且在這次兩淮鹽引案中，朱載坖還改動了大明懲治貪墨的辦法，之前的追贓，也就是止於抄家，抄家之後，貪墨的官員得以懲處，不管他之前侵吞了多少國帑，此事也就作罷。
使得很多官吏轉移、隱匿財產，搞犧牲我一個，幸福全家人的操作，甚至在出現大規模貪墨案件的時候，往往用一個低級官員來頂缸，好掩護與此案相關的其他官員。
朱載坖要求趙文華、陸繹等人嚴厲追贓，對於即使是抄沒家產也不能抵償他們貪墨國帑的這些罪犯，除了將本人加一檔量刑之外，還要將罪犯家屬充作苦役，充軍偏遠衛所，直到追平貪墨的國帑為止，朱載坖對於這些貪官汙吏是沒有任何好感的。
而趙文華在接到朱載坖的上諭之後，也立即安排行刑，在南京、揚州、淮安三地處決涉案的囤戶和官吏，一次處決這麼多官吏，使得整個東南官場為之一震。
當然缺少的官吏也還是要補上的，朱載坖令吏部慎擇官員，而最重要的就是這些小吏了，朱載坖命令仿效在蘇鬆等地試行的小吏招考製度，從國子監算學已經有秀才功名的人中考試選取，鹽運、海關、鈔關等要害衙門的小吏由吏部直接任命，按期輪換，不允許再出現小吏世代承襲的事情。
解決完這些事情之後，總理鹽政戶部左侍郎王國光、協理鹽政右僉都禦史龐尚鵬隨即在兩淮等主要的鹽司推行新政，正鹽全部用於開中召商運糧，餘鹽以納銀的形式支給，同時調整了正鹽、餘鹽的鹽引數量，厲行恤灶，鹽運司用本色米麥或者折色銀收購灶戶手中的餘鹽。
而對於私鹽的查禁也要比之以往更加嚴格，除了鹽運司麾下的緝私兵馬有查禁私鹽的責任之外，戶部各鈔關也要負責查緝私鹽，對於地方州縣查禁私鹽不利的，朱載坖允許總理鹽政、協理鹽政具奏彈劾，計入官員的考成。
隨著兩淮鹽引案的落幕，隆慶朝的鹽政改革才剛剛拉開大幕，之前巡察鹽政的欽差趙文華、陸繹自然要繼續巡察，除了兩淮之外，長蘆、河東等處的鹽場一樣要加以整頓。
不過現在朝廷裡對於他們兩人的意見極大，尤其是陸繹，官員們紛紛上疏，認為陸繹過於殘暴，要求朱載坖將其撤換，對於趙文華，他們也認為趙文華非正人君子，讓他巡察鹽政，並非最佳人選。
這次不僅是科道言官和六部的郎中、主事等中低級官員，六部尚書、侍郎，都察院的都禦史們，還有各寺的正卿、少卿也都紛紛上疏，他們列舉廠衛橫行的種種後果，請求朱載坖將陸繹予以撤換，說白了就是對陸繹大肆抓捕官員們的不滿，文官擔心朱載坖用廠衛治國，這對於他們來說是最不願因見到的。
除了這些大員之外，連閣臣們也向朱載坖上疏，建議將陸繹加以撤換，當然比之於這些外臣，閣臣們熟悉朱載坖的性格，說話也就更加妥帖，李春芳在密疏中認為，現在滿朝洶洶，如果朱載坖堅持任用陸繹的話，必然會導致巡視鹽政的大事被阻礙，最好的辦法就是將陸繹調回來，改任其他職務，加以保全，再另擇他人，協助趙文華巡察鹽政才是。
陳以勤也上疏朱載坖，認為現在眾議紛紛，如果朱載坖堅持用陸繹的話，必然導致朱載坖和朝臣們的尖銳對立，對於國事並沒有什麼好處，同時為了保全陸繹，建議朱載坖將陸繹調離錦衣衛，擔任其他職務。
朱載坖收到這些奏疏之後，並沒召見閣臣，而是召見了左都督掌錦衣衛事朱希孝，詢問他的意見，調離陸繹，對於朱希孝來說，那是再好不過的事情了，朱希孝很清楚，論聖眷，自己是絕對比不上裕王府出身的陸繹的，更何況陸繹還有陸炳這樣一個老爹。
所以陸繹在錦衣衛，朱希孝時刻擔心他會取代自己，但是現在朱載坖詢問自己，朱希孝不敢貿然回答，而是說道：“陛下，錦衣衛乃是天子親兵，升遷轉任，俱在陛下一念之間也！”
朱載坖聽了之後笑笑說道：“朱都督這話，可是有些取巧了！”
朱希孝聞言隻是笑笑，朱載坖想了想說道：“那就改派錦衣千戶劉守有位巡察鹽政副使，協助趙文華巡視鹽政。”
現在朱載坖的基本目的也已經達到了，沒必要因為此事和整個文官集團搞的太僵，所以朱載坖覺得將陸繹調回，但是對於陸繹回京之後的安排，朱載坖卻沒有提及。
而是在第二天通過上諭發布了，原都督僉事、錦衣衛指揮使掌北鎮撫司陸繹，忠勤王事，效勞經年，升中軍都督府都督同知，加太子少保，兼京衛都指揮使，管帶親軍諸衛。
朱載坖是將陸繹調出了錦衣衛中，但是陸繹不是貶謫，而是升遷了，從錦衣衛升任京衛都指揮使，如果說在之前，京衛都指揮使隻是一個虛職的話，現在的京衛都指揮使可是極為重要的實缺。
隨著朱載坖逐步恢複親軍諸衛，現在的京衛都指揮使麾下，已經有了六衛共三萬人的精兵，而且日後會逐漸增加，朱載坖的預計就是恢複親軍上直二十六衛，親軍諸衛和京營互相製約，拱衛京師，更加要命的一點是，京衛都指揮使名義上可是錦衣衛的上級。
朱載坖的上諭中明確說了陸繹管帶親軍諸衛，錦衣衛一樣也是親軍二十六衛之一，反倒成了朱希孝的上級。
不僅是朱希孝無奈，很多大臣們也是極為不滿，但是他們也很清楚，朱載坖已經算是退了一步，要是再不知趣，那就彆怪朱載坖動粗了。
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