正如馬森之前所分析的一樣，六科對於內閣來說是極為重要的。
內閣控製六部，主要就是通過兩種方式，第一就是直接控製該部堂官，這樣是最方便的，一部尚書是自己人，那當然是最好的辦法，不過現在這條對於閣臣來說是很難的。因為畢竟就算是政治盟友，互相之間也有政治利益的不同，人家堂堂一部尚書，總不可能完全沒有自己的政治利益吧？部臣和閣臣之間，天然是存在衝突的。
而且閣臣之間的互相矛盾和皇帝的介入會使得這個關係更加複雜，作為皇帝，肯定是要在各個派係之間玩平衡的，閣臣與部臣之間的矛盾，閣臣之間的矛盾都是皇帝利用的機會，在這種情況下，即便是首輔，要想完全控製部臣都是不太現實的。
尤其是吏部、戶部、兵部這樣的要害衙門，更是各方爭取的關鍵，哪個閣臣都無法完全控製六部，即便是當年的嚴嵩、徐階，尚且無法做到，何況現在這幫閣臣呢。
而另外一種控製六部的方式就是通過六科，這種方式對於閣臣來說是很簡單的，因為能夠當閣臣的，哪個身後沒有一幫小弟，李春芳、徐階這樣的自不待言，黨羽眾多而且來源複雜，有自己的鄉黨，還有心學門徒，更有自己的門生。
就是高拱、殷士儋這樣的閣臣，也有自己的鄉黨和門生為之奔走，將自己的黨羽安排到六科，就是一石二鳥的好事，首先就是控製六科這個打手機關，畢竟現在的各種鬥爭，科道官都是重要的打手，自己在科道的人越多，噴起來就越有力，文官之間的鬥爭有時候就是這麼樸實無華，看誰能噴，看誰噴的多。
同時科道官的前途都是不錯的，也適合安排自己人，借以提拔自己的黨羽，同時利用科道的監察大權，直接影響六部行政。這也是閣臣們一貫做法。
現在本來就是科強部弱，再加上閣臣們雖然很難控製尚書、侍郎這些堂上官的人選，但是對於各部的司官還是可以控製的，這就導致一個結果，各派文官分曹為朋，言官與部院諸司官員相互攪和在一起，隻有為各自利益而結成的群體，朋黨已經初現端倪了。
但是通過控製六科借以影響六部，已經是幾代閣臣的慣用做法了，在內閣的默許和支持下，六科大肆擴張權力，從一個單純的監察機關，變成了內閣控製朝政的重要抓手，要想讓內閣自斷一臂，顯然是不太現實的。
從成化以後，六科給事中在這些事項上積極發表意見，提出建議，甚至有時關於國家大事、政策弊病、民間疾苦，幾乎都是由六科給事中最先提出來，六部據此研究覆奏意見，而對於六部的覆奏意見，六科又可以封駁、抄參乃至糾劾，部科關係已經完全顛倒。
六科淩駕於六部，而內閣又操弄六科，六部從大明朝廷的行政機關變成了為六科、內閣的辦事機構，而本來是天子耳目的六科，則成為內閣的打手，真是奇哉怪也！
現在王錫爵要求回到原來的製度，剝奪六科不該有的權力，這當然是內閣們不願乾的事情，一旦沒有六科的支持，內閣能否按住六部，尚未可知也。
現在六科的權力已經滲透進了六部行政的方方麵麵，如吏部選官，沒有吏科給事中的配合即進行不下去；戶部、工部等涉及到財政、工程等方麵的事項，必須要有給事中的參與，才能夠完成相關程序。以戶部派遣官員催督稅糧而言，必須要戶科都給事中赴司禮監領取勘合批文，官員才能派遣出去。其他部院，包括大理寺、太常寺、太仆寺等的重要工作，也大多類此。
所以對於王錫爵的這個建議，內閣認為不妥，當然冠冕堂皇的理由是六科要加強對於六部的監察，才能更好的推動朝政，打擊貪墨。
王錫爵還想繼續陳述自己的意見，但是朱載坖派人到文淵閣叫王錫爵覲見，王錫爵隻得到朱載坖這裡來，王錫爵到文華殿的時候，朱載坖正在翻閱皇明祖訓。
見王錫爵來了之後，朱載坖笑著說道：“王學士最近可是做的好大事啊！”
王錫爵趕緊說道：“臣之愚見，恐汙聖聽，但隻有一點孤忠罷了！”
朱載坖笑著說道：“恩，一點孤忠，說的好啊，朕要的就是王學士這一點孤忠，有這一點孤忠，就比很多人好了！”
朱載坖給王錫爵賜座之後，問道：“元馭王錫爵字）是朕在潛邸時就熟悉的了，你學貫古今，為朕說說，給事中在我大明是個什麼官啊？”
王錫爵想了想對朱載坖說道：“陛下，給事中乃陛下之近侍官員也！”
朱載坖看了王錫爵一眼，這才說道：“朕之前怎麼沒有發現，元馭如此有膽？”
王錫爵一句話就打在了現在六科製度的死穴上去，因為根據六科的執掌和地位，六科給事中並非外朝官員，而是皇帝的近侍官員，這是毋庸置疑的。
而大明律有明文規定，凡諸衙門官吏，若與內官及近侍人員互相交結，漏泄事情，夤緣作弊，而符同奏啟者，皆斬。妻、子流二千裡安置。
也就是說，從大明的法律規定來說，給事中是不允許和外朝六部的官員有多餘的接觸，更遑論直接參與六部的政務，這是絕對不允許的，按照大明律，現在的給事中有一個算一個，都得身送東市，懸首都門，妻子流二千裡。
不光大明律有明文規定，從太祖、成祖開始，曆代先帝都重申這些鐵律，英宗時就專門下旨稱：“近侍等官潛報消息，官之不正，莫甚於此。此而不禁，何以為治。今後爾文武大臣無故不許互相往來，給事中、禦史亦不許私謁文武大臣之家。違者治以重罪，敢有阿附勢要、漏泄事情者，輕則發戍邊衛，重則處死。”
朱載坖將大誥裡麵的案例和曆代先帝的祖訓給王錫爵看，然後問道：“元馭以為何如也？”
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