朱載坖對於六科的看法就是作為大明的天子近侍，是皇帝的耳目近臣，也不是閣臣或者其他人的打手。
朱載坖首先規定，六科給事中的選任職能出於皇帝的旨意，任何人或者衙門都不能代替皇帝作出決定，或者向皇帝推薦人選。
六科給事中主要的選取對象就是翰林院的庶吉士們，之所以選擇這些庶吉士擔任給事中，主要是考慮到這些庶吉士們畢竟還不算官場中人，而且關係也相對簡單，再加上翰林院的庶吉士們畢竟是以後朝廷的中堅力量，他們長期不接觸實務對於翰林官的成長是不利的。
除了六科由皇帝直接簡任之外，什麼六科給事中考滿之後的任官和貶謫，也都是直接由皇帝的安排的，吏部和內閣無權乾涉。
而且朱載坖再次將近侍官不允許和其他官員勾結寫進六科則例之中，規定六科都給事中、給事中若如外臣交往，以泄露禁中語從嚴治罪，本人處斬，株連家屬。
隨即朱載坖將現在六科中的非翰林院出身的給事中、都給事中們全部外放，從翰林院中點選庶吉士充任給事中，資深的翰林官擔任都給事中。
同時發布任命，王錫爵、申時行升翰林學士知製誥，於內閣上行走，負責草擬詔書敕誥之事，仍兼都給事中。
隨著朱載坖製定的各項則例發布，宣告著朱載坖正式開始用自己的想法來治理大明了，之前朱載坖所采取的各種措施，隻能算是新政，到了現在，朱載坖才正式拉開了改革的大幕。
朱載坖認為，改革的首先目的，就是要厘清各個衙門的執掌，不能有重疊模糊的地帶，除此之外，還要對現有的衙門予以清查，有疊床架屋的要予以裁並，確有需要的，也要予以新設立。
如對於有關軍中犯罪的事項，之前主要是有地方各衛的鎮撫、五軍都督府斷事官所管理，這次朱載坖設立衛尉寺，用於專門審判士卒犯罪和軍官職務犯罪等事項。
對於廠衛，朱載坖也做了調整，原本屬於錦衣衛的如馴象、儀仗等事務被移交給禦馬監，錦衣衛現在隻負責皇帝的貼身保衛和緝捕詔獄之事。
廠衛的分工也要做一明晰，東廠主要負責對於朝廷官員、京師各衙門的監督，包括錦衣衛，也在東廠的監督之下，而錦衣衛主要負責查辦大案、搜集軍事情報、維持軍紀，糾察軍中各種不法之事。
所以錦衣衛的職權反而是得到了加強，原本一衛的編製顯然是不夠的，錦衣衛的級彆也水漲船高，朱載坖下令，原錦衣衛升格為正二品都指揮使司，錦衣衛也正式改稱錦衣都司，除原南北鎮撫司、詔獄仍然保留之外，按照五軍都督府設立前後中左右五衛，按地域負責對整個大明進行監察。
錦衣前衛，下轄遼東、薊州、宣府、大同、山西五個千戶所。
錦衣後衛，下轄廣東、廣西、雲南、四川、貴州五個千戶所。
錦衣左衛，下轄陝西、甘肅、寧夏、延綏、固原五個千戶所。
錦衣右衛，下轄浙江、福建、湖廣、河南、漕運五個千戶所。
錦衣中衛，下轄南直隸、直隸、順天、應天、蘇鬆五個千戶所。
所在駐地的錦衣千戶所對駐地的各種情報都要加以搜集，尤其是事涉謀反、叛逆、貪墨、邪教等事情，直接同時錦衣都司向皇帝陳奏，同時所在地駐軍糧餉兵仗、軍容士氣、軍紀法規，也都是由錦衣衛負責，尤其是犯法士卒、軍官，遊擊以下，許錦衣千戶即行正法，遊擊以上，具折陳奏，等候聖裁。
除了廠衛之外，對於宿衛宮禁的係統，朱載坖也予以調整了，原來負責皇帝貼身侍衛和宿衛宮禁的紅盔將軍、明甲將軍、大漢將軍、府軍前衛帶刀官等，統一整編，設立侍衛處，專門負責宮禁宿衛等事，以定國公徐文壁、京衛都指揮使陸繹充領侍衛內大臣。
同時製定了輪番宿衛宮禁的原則，親軍諸衛、京營、禦馬監四衛營勇士營各抽一部，負責宮廷宿衛，每十五日輪換一次，朱載坖任命英國公張溶、武定侯郭守乾為領宿衛內大臣。
還有就是有關天下巡檢司的管理，之前從孝宗開始，就大肆裁撤巡檢司，朱載坖認為並不可取，這樣會削弱朝廷對於地方的控製，巡檢司的主要職能是所在地方的盜賊緝捕、治安巡防、震懾甚至鎮壓寇亂等，對於朝廷控製地方有很大好處。
所以朱載坖要求天下各府州縣在要害之所、交通要道、土匪橫行的地方設立巡檢司，同時將巡檢司歸口到刑部管理，在刑部設立提督巡檢衙門，由左侍郎提督之，在各省由按察僉事一人專門負責領導通省巡檢司，在府州，同知或者通判負責本府州的巡檢司管理，在縣由縣尉負責巡檢司。
而對於巡檢司的人手，之前是從地方征調的弓手、民壯充任，現在朱載坖認為這些弓手民壯戰鬥力實在是太差，而且這種無償征發來的兵丁實在是沒有什麼鬥誌，朱載坖認為要優先安排各地的退伍士卒到巡檢司去，而軍中的小旗、總旗等基層軍官，達到一定年限之後，也可以轉任地方擔任巡檢。
朱載坖連續發布多個詔命，涉及到朝廷的方方麵麵，尤其是官製方麵，使得內閣有些不安了，首輔李春芳上疏朱載坖，認為改革動作實在是太大了，百官和朝廷實在是一時之間難以接受，請求朱載坖暫緩推動各項改革措施。
而內閣大學士陳以勤也向朱載坖上書，認為朱載坖不僅要頒布詔書，製定則例，更重要的是要根據頒布的則例重新修訂大明會典，陳以勤還建議，趁此機會，要修大明的官方正史。
對於陳以勤的上疏，朱載坖並沒有第一時間予以回應，而是開始仔細思考起來陳以勤的用意了。自己這位陳師傅，這個時候怎麼提出來修書了。
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