收到朱載坖申斥的上諭，孔尚賢趕緊上疏謝罪，同時對於朝廷將曲阜縣令由孔家世襲改為朝廷流官表示不滿，他在奏疏中稱：“天下州縣皆用流官，獨曲阜用孔氏世職以宰此邑者，蓋以大聖之子孫不使他人統攝之也。自國朝以來，世以孔氏子孫知縣事，使奉承廟祀。”
他認為孔家世襲曲阜縣令，已經是定製了，不應該予以廢除，同時太祖的聖訓來說事，洪武元年八月，太祖下詔稱：“孔子闕裡，常遣官致祭，其襲封衍聖公與所授曲阜知縣，並如前代製。”
孔尚賢認為太祖都有明訓，朱載坖應該遵守太祖的聖訓。
孔尚賢的奏疏到了朱載坖的案頭，朱載坖表示，曆史文件不具備現實意義，而且朕之前才在上諭中說過，不許衍聖公隨意上疏言及政務，結果你立馬就言及政事，這是不把朕這個皇帝當回事啊。
朱載坖當即禦批道：“朝廷崇以爵祿，號封至極，血食無窮。其子孫世享榮祿，複何望也？再三瀆擾，其心殊不可問，著山東撫按等官會同錦衣親軍詳查嚴審！”
朱載坖沒有慣著孔尚賢，在朱載坖的禦批下達之後，巡按山東禦史韓楫就向朝廷上疏，聲稱衍聖公孔尚賢素行不法，孔家在山東等地侵吞隱沒大量的田產，數量不下百萬畝，對抗朝廷清丈田畝的國策，同時私設公堂，擅作威褔，請求予以嚴查。
韓楫是高拱的學生，自然是得到了高拱的指示，朱載坖並沒有第一時間將此事處理，而是將韓楫的奏疏下三法司，要求三法司作出明確回複。
朝廷上下也開始就此事進行討論了，但是朱載坖沒功夫管這些事情，而是繼續收緊對孔家的絞索，朱載坖下令，以朝廷從無與私人兵仗且聖人之所，豈可陳兵用武為由，革除衍聖公府兵司，將一應軍器甲胄予以收繳。
原本衍聖公府中有兵農禮樂四司，其中兵司內設林廟百戶一員，主管灑掃戶役，掌林廟守衛，並置有武備，算是孔家的私兵，朱載坖當然不能容忍這種行為的發生，下詔予以廢除，同時由朝廷派出錦衣親軍，負責保護聖人陵墓等。
而朝廷上下針對衍聖公的問題，也展開了討論，主要是圍繞的著兩個方麵，第一就是衍聖公和孔家所擁有的巨額土地問題，有些官員認為，祭祀聖人和厚待孔家，使得孔家應該擁有祭田等田產，但是也有部分官員認為，從漢到隋唐，對於孔家采取的都是有封爵而無胙土的方式，即在地位上尊崇，但是在經濟上並沒有什麼特殊待遇。
當然和這個相比，更加重要的就是衍聖公的司法權問題，一部分官員們認為，衍聖公確實有一定的死法權，第一就是衍聖公作為族長，對於孔家內部的事務，是可以進行調解的，這也是大明所承認的，同時太祖有聖訓在先：“衍聖公統攝宗姓，督率訓勵，申傷教規，使各凜守禮度，無玷聖門。如有輕犯國典，不守家規，恃強越分，朋比為非，輕者各自查處，重則據實指名參奏，依律正罪。”
也就是說，按照太祖的聖訓，是賦予了孔家一定程度上的司法權的，尤其是對於孔家內部的宗族事務，是應該由衍聖公來處理的，所以衍聖公府受理案件並且處理並無不妥。
但是很多官員們也認為，衍聖公府拿著太祖的聖訓，肆意擴大，侵奪地方官府的權力，必須要予以嚴懲才行。
刑部尚書趙文華就上疏稱：“臣部查得，孔氏及其奴仆，藐法橫行，曆來已久。衍聖公佃戶向來不入牌甲，凡拘提人犯必有衍聖公發解，不服地方官拘喚，縱有命盜案件，隻聽衍聖公府通谘各憲，另委賢員承審承緝，於曲阜縣無涉矣。此非聖朝治天下之策也。”
刑部、大理寺等衙門的官員們認為，，衍聖公憑借自己的特權地位，在曲阜建立起了獨立於曲阜縣外的司法體係，對內裁處孔氏族人內部及與公府內部相關的訴訟，對外則與地方官府周旋，偏袒族人及其屬員等的利益。
不僅如此，衍聖公及其族人，還公然利用朝廷對於聖人後裔的種種優待，衍聖公假借朝廷欽賜之名，霸占民間田地，和州縣官府甚至是山東布按二司打擂台，趙文華找出了非常多之前由山東上呈刑部的案件。
衍聖公府憑借書籍碑文和想當然便可獲取祭田，朝廷欽賜盛恩成為肆意霸占田產的權力工具，要是遇到有良知的州縣官員，不願將百姓的田產判給衍聖公，他們就會大鬨特鬨，從州縣一直鬨到布按二司，甚至到刑部、大理寺，乃至於上達天聽，往往皇帝為了息事寧人，都是袒護衍聖公。
衍聖公府遂愈發囂張，甚至於公然聲稱：“各朝賜公爺地，猶之諸侯封國分土—樣，不過是某地方與他就是了。”
這些衍聖公府屬員的話，可都是記錄在刑部的卷宗裡的，之前是沒人願意去惹衍聖公，但是現在趙文華去查閱舊檔，將這些陳年舊案全都翻出來了，尤其是什麼諸侯封國分土，何止是大逆不道，簡直是十惡不赦。
趙文華據此上疏朱載坖，在趙文華的奏疏中，他痛切陳詞：“先聖之道德高妙，而子孫之賢否難知。鬻爵賣官，亂宗剝民，則孔氏子孫不能仰承先訓可知矣。衍聖公恃有題補谘送之權，而此等人員皆其族屬姻親，易於營私。同族易於講求，親黨易於聯絡，是非曲直，豈儘至公。暮夜投金，竊恐不免，為親則廢法，為法則滅親，為利則無親無法也！”
趙文華認為，應當廢除衍聖公的一應特權，由朝廷行使，隻有這樣，才能做到：保全聖裔之一道，而先師在天之靈，亦可快然而無憾也！
朱載坖並沒有第一時間對趙文華的奏疏作出回複，而是將趙文華的奏疏下部議，讓官員們上疏討論，投石問路，看看反應再說。
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