對於重臣們的說法，朱載坖深以為然，大明對於蒙古的事情，要早做準備，提前乾預，現在就要做好一應事情。
朱載坖在和重臣們商量之後，決定采取一些手段，提前為可能出現的情況做準備，首先是對於土默特部的一些首領予以加恩，對俺答加以賞賜，同時冊封三娘子為順義王妃，升把漢那吉為都指揮僉事，以李皇後的名義賞賜三娘子服飾、綢緞、金玉寶石，對三娘子加以拉攏。
同時加大對於把漢那吉的扶持力度，當然這些都是文的，朝廷對於武備也要加緊準備，首先就是道路交通的情況，朱載坖和戶部、工部、兵部商議之後，決定在京師到薊鎮的道路、橋梁修葺完成之後，重點修葺京師到宣府、山西的道路和橋梁，尤其一些河道的橋梁，要予以重新修葺，加強京師對宣大的補給能力。
同時在宣大山西等鎮建設大型的倉庫，用以囤積糧秣，以為朝廷日後大規模用兵做準備，還要大練精騎，不管是宣大山西還是陝西三邊、薊遼大寧等處，都要重視騎兵的訓練，擴充騎兵數量，嚴格加以訓練，妥善保障戰馬，朱載坖命令兵部和戶部以及太仆寺，對於軍中戰馬的豆料，務必要保障本色足額發給，九邊各鎮，要是還是因為豆料馬草不足導致戰馬的倒斃，各鎮總兵都要嚴懲不貸。
同時京營和親軍諸衛精騎也要加以擴充，提高朝廷的機動兵力，朱載坖決定，將三千營從一萬五千騎擴充到二萬五千騎，同時在親軍諸衛中也要編設騎兵，作為朝廷手中的機動兵力和預備隊使用。
商量完了這些事情，朱載坖將李成梁單獨留下，朱載坖問道：“將你調回京師，是不是心裡有怨氣？朕擋著你加官進爵了？”
李成梁趕緊說道：“臣不敢有怨望之言。”
朱載坖隻是哼了一聲，拿出一些被截去名字的奏疏給李成梁看，朱載坖說道：“朕之所以調你回京師，是為了保全你！”
一直以來彈劾李成梁的奏疏都不斷，不僅三邊總製方逢時等地方大員上本彈劾他，科道對他也不太感冒，多次上疏彈劾他，認為李成梁貪功冒賞，殺良冒功，地方大員則是為什麼李成梁桀驁不馴，難以駕馭，所以對他彈章一直是不斷的。
看了這些彈章，李成梁趕緊謝罪，朱載坖倒沒有說什麼，朱載坖對李成梁說道：“朕心裡有數，你不必介意，好好練兵，仗有你打的，封侯也罷，國公也罷，就看你有沒有哪個本事了！”
敲打完了李成梁，朱載坖又召見太醫院使徐偉和院判李時珍，主要是為了緬甸的事情，中南總督殷正茂向朱載坖上疏，陳述現在緬甸的情況，由於緬甸卑濕潮熱，疫病叢生，除了那些從呂宋來的大明華僑已經適應了環境，沒有什麼大問題之外，嚴重的疫病都困擾著大明在緬甸的駐軍的移民，殷正茂向朝廷上疏，請求朝廷向緬甸派遣醫生，調運藥材，否則對於朝廷經略緬甸是極為不利的。
對於殷正茂的上疏，朱載坖是極為重視的，緬甸對於大明來說是極為重要的，能不能儘快的將緬甸予以消化，是有關大明在南洋戰略的重要一步，所以朱載坖立即作出反應，首先是要求緬甸布政使司和總督中南等衙門，加大招募大明在南洋的僑民的力度，畢竟他們都是熟悉了當地環境的百姓，能夠更好的在當地生存，同時官府向這些百姓了解當地的一些藥物，他們在當地生存，肯定是有一些訣竅的。
還有就是從太醫院派遣醫生赴緬甸，一方麵是救治患病的百姓士卒，另一方麵是在當地尋找能夠治療這些熱帶病的藥物，提高大明百姓的存活率。
朱載坖是向徐偉、李時珍詢問，太醫院能夠派出多少醫生去緬甸，經過連續多年的考選，和向軍中、惠民藥局派遣軍醫、醫官，現在太醫院的醫生還是不少的，不過提起要去緬甸這樣的卑濕潮熱的蠻荒之地，對於他們來說，恐怕就不太願意去了。
這點朱載坖也很清楚，朱載坖表示，願意去緬甸的醫生，都給九品銜，要是在緬甸能夠找到幫助官軍、百姓抵禦熱帶疾病的藥物或是成藥的話，朱載坖另有重賞，不論是官職還是金銀，朱載坖都不吝賞賜，這是關係到朝廷大政方針的事情。
李時珍當即主動請纓，表示自己願意親自率領太醫院的醫生們趕赴緬甸，同時在當地發現有沒有適合的藥物，可以一道編入他想編撰的藥學全書中，朱載坖當即表示答應，對於鼓勵這些醫生前往緬甸，朱載坖特旨加李時珍緬甸布政使司左參議，從太醫院中挑選五百醫生和醫學生前往緬甸，救治當地的官軍和百姓。
朱載坖對於還從內承運庫撥出三萬兩，給李時珍購買藥材等物，用以救治當地的官軍和百姓，還有當地的土司也要施恩，以穩住他們，好讓大明能夠將緬甸予以消化。
處理了這些事情，就是內閣人員的更易了，閣臣郭樸以老病請求致仕，朱載坖已經派遣太醫看過了，確實是不能理事了，但是郭樸的去位會導致高拱在內閣中處於相對孤立的情況，所以高拱通過密疏舉薦張四維入閣，張四維是高拱的政治盟友醋黨一力力推的人選，張四維入閣，會使得高拱的權力得到穩固。
但是張四維的資曆太淺，廷推的話恐怕難以通過，所以高拱通過密疏的方式，想要請求朱載坖直接下旨任命張四維入閣辦事，對於高拱的要求，朱載坖在思考是否要予以答應，高拱的收複地位自然是要穩固的，這點毋庸置疑，但是通過什麼形式是個問題。
醋黨本就在六部勢力不小，楊博久居吏部，權力極重，現在張四維又入閣的話，再加上協理京營的王崇古，這力量可不小了。
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