朱載坖將陳以勤的奏疏下部議之後，部院重臣都沒有發表任何意見，這些人都是人老成精的人物，怎麼可能看不明白朱載坖再玩什麼套路，以首輔李春芳為首的閣臣和部院大臣，紛紛警告這些官員們，尤其是科道和六部的這些司官，千萬不要多事，免得自己受苦。
能考上科舉當官的，沒有蠢人，朱載坖的態度已經非常之明確，連文人私托筆記，傳播一些野史，都要被朱載坖嚴厲追究，鄭曉、黃光昇這樣的大員尚且逃不過朱載坖的清算，這些六七品的小官哪裡敢炸刺，朱載坖是什麼樣的皇帝他們又不是沒有見識過，現在跳出來，除了被朱載坖收拾之外，不會有任何下場的。
當然，大明朝是不缺乏英雄好漢的，禮部郎中王世懋就上疏稱：遼金元以來隻修實錄不修國史，大明也沒有必要一定要修正史。
這也確實是一個意見，不過遭到了自己親哥哥王世貞的反對，王世貞當即上疏稱，遼金都是蠻夷，自然是不會編修國史的，現在大明怎可效仿蠻夷，國史必修，以昭大信。
雖然翰林院檢討王祖嫡上疏稱：“修史者不達聖祖之意，遂於建文元年以後書其年而削其號，並削其行事之跡，故此數年間獨紀靖難事，而不紀所靖之難為何事，若有所曲諱者。夫以成祖所不自諱所不必諱者，而臣子乃欲強為之諱，非以天奉成祖也。且事須有實，直道難枉，今野史所記已多失真，若不及今明為之紀，令後世以久憤之心，信傳疑之語，則史臣之失職不足惜，如成祖何？”
公開要求為建文帝恢複帝號，單獨立紀，朱載坖深刻懷疑，這孫子上疏以前是不是喝多了。
右都禦史署都察院事海瑞迅速作出反應，上疏朱載坖稱：“彼輩狂言，當以法繩之，乞下法司嚴審！”看似海瑞是在幫朱載坖說話，其實朱載坖很清楚，海瑞這是在救王祖嫡，雖然海瑞說的殺氣騰騰，但是朱載坖很清楚，三法司都是他們自己人，能審出個什麼玩意來？還不是大事化小，小事化了，倒是一旦朱載坖動手，讓廠衛收拾他，那就麻煩了。
所以海瑞要率先上疏，通過朝廷法司來處理此事，同時海瑞還給朱載坖上了一道密疏，海瑞說了兩個問題，首先就是修史的問題，海瑞認為這些事情都是天家之事，朱載坖聖心獨斷即可，不必詢於臣子。然後海瑞就對朱載坖最近頻繁動用廠衛提出了批評，海瑞認為廠衛是天子鷹犬，皇帝爪牙，不可輕動，引而不發才是威懾力最大的時候，頻繁動用廠衛，對朱載坖名聲不好。
朱載坖當即禦批道：“卿至誠之言，朕已知之！”
隨後朱載坖就召見了李春芳和陳以勤，朱載坖將王祖嫡的奏疏給兩位重臣，朱載坖說道：“不想時過境遷之後，尚有建文餘孽！”
這四個字可是很要命的東西，李春芳趕緊說道：“陛下，建文餘孽尚不至此，隻不過是一些無知言論，不識大體罷了，陛下不必理會。”
李春芳的意思很明顯，就是希望朱載坖冷處理此事，不必理會即可，但是朱載坖顯然不是這麼想的，朱載坖有些激動的說道：“彼輩所想，朕豈不知？為建文翻案是假，為齊泰、黃子澄、方孝孺等人鳴冤是真！若彼輩罵朕，朕自當有肚量，天底下罵朕的人多了，不差他王祖嫡一個，但是辱及成祖，朕必不饒他！”
朱載坖當即在王祖嫡的奏疏上禦批道：“太祖高皇帝賓天未及一月，聽流言而罪周王，破其家，滅其國。不旋踵而罪代王。湘王無罪，令其闔宮焚死。齊王無罪，降為庶人，拘囚京師。岷王削爵，流於漳州。此皆天下共知之事，爾待何言？明白回話！”
朱載坖命令司禮監派遣台諫將朱載坖的禦批直接送達王祖嫡的手上，要他明白回話。解釋這事，朱載坖同時還降旨給內閣：“王祖嫡疏言所靖之難為何？天下有不知者乎？此言是人臣之言乎？”
王祖嫡這話確實是被朱載坖逮到漏洞了，成祖為什麼靖難，在大明不是一個不能談及的話題，之前朝廷刊行的奉天靖難記是詳細說明了成祖靖難的原因的。
成祖一共列舉了建文君臣的十四條罪狀分彆是：一、父病而不令子知。二、太祖死後入殮不過一日，不合禮製。三、父死而不報子知。四、父死而子不得奔喪。五、太祖梓宮七日而葬，不合禮製。六、拆毀宮殿，有違太祖後世子孫不須更造，以勞軍民的令旨，不合禮法。七、奸邪小人巧言欺惑皇帝，變亂祖法。八、囚禁朱棣派去的百戶，令其誣陷朱棣造反。九、奸臣齊泰等作威作福，擅行予奪大權。十、令惡少宋忠、謝貴等前來屠戮，逼己起兵。十一、齊泰等矯詔令耿炳文來攻北平。十二、齊泰揭榜毀罵，指斥太祖，大逆不道。十三、奸臣矯詔令李景隆領天下兵馬攻打北平。十四、奸臣欲滅太祖子孫，以圖天下。
民間的凡夫俗子不知道可以理解，但是你王祖嫡兩榜進士，翰苑菁華，你跟朱載坖講你不知道那你就是多少是有點故意惡心人了。
所以朱載坖抓住王祖嫡奏疏中的這一漏洞，予以打擊，同時朱載坖命令內閣、部院大臣、科道言官等都必須上疏就此事發表意見。
錦衣親軍都指揮使陸繹當即請命將王祖嫡下詔獄嚴審，陸繹相信，隻要到了詔獄，陸繹有辦法讓王祖嫡什麼都交代的。
朱載坖擺擺手說道：“不急，和他耍耍，朕這次不但要殺人，還要誅心。”
很快，諸位臣子們都上疏就此事發表意見了，大家都能夠體會朱載坖的意圖，在奏疏中紛紛指責王祖嫡，朱載坖並沒有繼續罷休，而是召集重臣，商量此事應該怎麼收尾，朱載坖很清楚，有和王祖嫡一樣想法的人，絕不止一個。
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