在朱翊釴等人走後，朱載坖召見了緹帥陸繹，經過南鎮撫司的審訊，錦衣親軍在太倉銀庫值守的校尉，也有收受小吏賄賂的事情，陸繹請朱載坖決定應該怎麼懲處這些內鬼。
朱載坖問道：“按錦衣親軍家法，應該怎麼辦啊？”
陸繹向朱載坖解釋了，按照錦衣親軍家法，這種內鬼一般都是在南鎮撫司即行處決的，朱載坖認為，這樣沒有震懾的作用，命令聚集在京師的錦衣親軍千戶以上軍官，到場觀刑，將涉案的內鬼予以腰斬，首級傳遞錦衣親軍駐各地千戶所，以震懾這些錦衣親軍們。
錦衣親軍是天子鷹犬，隻能吃朱載坖的糧餉，為朱載坖辦事，要是吃了彆家的狗糧，那這樣的夠怎麼能看家護院呢？這樣的狗子早點宰了才是正道。
除了錦衣親軍內部的這些內鬼之外，還有就是庫銀到底是怎麼失竊的，朱載坖也很關心這個問題，為了防止銀兩被盜，朝廷製定了許多嚴格的製度，如鑰匙分彆有幾個人掌管，進出入國庫要經過嚴格的搜查等等。製度不可謂不嚴密。
但是就是在這麼嚴密的製度之下，二十八萬兩白銀失竊，到底是用什麼辦法將這二十八萬兩白銀盜走的？這是朱載坖很關心的問題，據陸繹現在的偵查，主要有兩個辦法，第一是用茶壺往外帶銀子。他的缺點是隻能冬天用。把銀子放入茶壺，和水一起凍成冰，出庫檢查時，往下一倒，銀子出不來，下班回家。
還有一個就比較有味道了，這些庫丁“以穀道藏銀”，就是把銀子塞入肛門。這得練習，還得用點鬆骨的藥，把銀錠用豬的脂肪包上再塞，據說一次能塞五十兩一錠的銀子，將之夾帶，據他們交代，在各省押解太倉的官銀中，尤其喜歡江西省的官銀，因為它們的外形光滑無棱角，夾帶最為方便。
朱載坖不禁感歎這幫庫丁，要是晚生五百年，在成都那是大有可為，不過朱載坖還是有很多不解的，太倉老庫的庫銀，都是嚴密封裝起來的，沒有專門的工具是根本無法打開的，按照戶部的規定，無論冬夏庫丁進入太倉一律要裸身，進去後才能穿上工作服，等到下班時，在監督官員的目光下，要大喊口號、拍手、跺腳、蹦蹦跳跳，越過十二條橫放的扁擔。如果沒有從肛門、嘴巴中掉出銀子，才可以換上衣服回家。
要是沒有人配合，怎麼去打開木鞘的封條，並且將其複原的，朱載坖認為，不僅僅是庫丁，這些小吏、還有戶部的管庫官員，都參與其中，朱載坖命令陸繹嚴查，好生打著來問。
同時不僅是現任的戶部管庫官員和小吏、庫丁，離任的官吏，也要將其涉案其中的予以抓捕，這麼多的銀子，不可能是一時半會就能夠盜竊的。
同時朱載坖命令左都禦史海瑞從都察院審計署抽點精於審計的小吏和精明強乾的禦史，再從國子算學中抽調一些身家清白，老實可靠的生員，用以盤查戶部的賬目，查看是否有其他的貪墨的情況。
同時對於曆任的管庫官員予以逮捕，朱載坖仔細查看戶部有關太倉銀庫的管理條例，根據戶部的規定：監督陪庫主事每日早赴庫外，西門放風之時，務要親督開庫，及該日官攢將出入軍鬥嚴加搜檢，若有夾帶，當時搜獲，即行呈究正法，其有冒名及更替原進人役者，追審情節從重究處，不許仍前怠忽，不行細檢，致有疏失。
按照道理，庫丁進出銀庫，都是有官員監督的，而這些庫丁盜取官銀至二十八萬兩之多，這些管庫官員卻一無所知，若非這次清點銀兩，還不知道官銀失竊達二十八萬兩。
而且隨著調查的深入，太倉在此案中的損失還在增加，劉體乾在案發之後將所有的庫銀再次檢查之後，發現太倉新老庫中均有假銀的出現，這是絕不可能的事情，太倉的銀兩，在入庫的時候就經過嚴格的檢查，保證銀兩的成色、重量無誤，絕不可能有假銀摻雜在其中的。
唯一的可能就是這些朝廷的足色官銀被人掉包了，所謂假銀，就是成色不足的銀兩，一般七成以下的銀子，就是被稱為假銀，假銀有很多不同的種類，如偽銀有鼎銀，一燒則煙起，去了水銀卻有六分好銀。其餘假銀宜於細辨驗，好銀性軟，插銅則硬，擦之則紅。凡假銀隻用磨擦、一燒即見。又有做得好者，燒四出火。
有各種不同名目的假銀，如赤腳汞銀、吊銅、鐵碎鏪、鈔仔銅、漂白鏪、江山白、華光橋、倒插鉛，還有各類餅銀如焦心餅、倒茅餅、鐵線餅、神仙餅、糝銅餅等，這些假銀一般是在銀兩傾鎔過程中摻雜銅、鐵、錫、鉛等賤金屬，偽造成較高成色銀兩。
劉體乾認為，這些銀兩肯定是被人掉包了，和老庫庫銀失竊是一夥人所為，但是朱載坖則是有不同的看法，正常來說，戶部收解稅銀，確實是不可能收解到假銀的，地方官員也不敢以此來欺騙太倉，所有的解運到太倉的官銀，都是有記錄了，銀匠、州縣官員、時間在銀錠上都有記錄，一旦出事，就可以層層追查的。
而且太倉負責收銀的官吏都是積年老吏了，他們對於銀兩是十分的熟悉，假銀要想騙過他們，是不容易的，所以乍一看劉體乾的想法是有道理的，最大的可能就是這些人最開始是掉包官銀，然後膽子大了之後就是盜竊官銀。
但是朱載坖認為，這些官銀在收儲的時候就問題的可能性一樣是存在的，不能因為現在抓到了盜竊官銀的庫丁，就對在官銀收儲過程中可能存在弊病無視。
朱載坖一麵命令劉體乾、海瑞和少府卿張守直詳細清點太倉的存銀，將損失計算清楚，同時命令朱翊釴督率廠衛，嚴究此事，看看太倉還有多少爛事。
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