這事情比之什麼盜竊庫銀，倒賣倉庫物資要嚴重的多了，朱載坖將太子召回來之後，把嚴紹庭和陸繹的奏報給朱翊釴，朱翊釴這段時間跟隨朱載坖處理政務，對於很多事情的敏感性還是很高的，朱翊釴當即問道：“父皇，這些物資莫不是通過走私到了蒙古那邊去了？”
朱載坖點點頭，從現在的情況來看，這些物資走私到蒙古的可能性是極大的，因為在山西附近，對於這些物資有這麼大需求的，隻有蒙古人，朱載坖對此感到極為憤怒，朱載坖很清楚，布匹絲綢能夠繞過朝廷的九邊軍鎮去往蒙古人，那麼鐵器軍械呢？是不是也可以到蒙古。
更加令朱載坖氣憤的是，朝廷在山西的諸多衙門，沒有一個衙門向朝廷彙報此事，他們都爛了！
總督宣大山西、山西巡撫、布按二司，還有山西等鎮的提督、總兵們，錦衣親軍山西千戶所、山西鎮守太監、巡按禦史等各個衙門都是瞎子嗎？都不向朝廷奏報。
尤其是邊鎮總兵，要想走私到蒙古去，沒有這些邊軍的配合怎麼能行？這是讓朱載坖最為氣憤的，同時也最害怕了，邊軍的軍官們在這些事情上到底參與多深，這是朱載坖感到擔憂的問題。
朱翊釴也深感此事之麻煩，不過朱載坖到沒有因此慌亂，而是按部就班的開始處理這些事情了，朱載坖很清楚，不能急，要慢慢來，朱載坖先是帶著朱翊釴，犒賞了宿衛宮禁的軍士們，然後下旨，召提督薊遼軍務戚繼光和河間知府王錫爵赴京師。
同時命令陸繹、嚴紹庭等繼續追查此案。
部署完了這些事情之後，朱載坖才召集練兵軍務處會議，朱載坖很清楚，現在要做的事情是先穩住山西等鎮的官軍，隻要官軍不出亂子，剩下的事情就好處理了。
朱載坖將錦衣親軍的奏報給諸位參讚軍務大臣傳閱，朱載坖問道：“山西的事情，應該怎麼辦？”
現在事情已經涉及到邊鎮了，朱載坖不得不重視起來，這些貨物的走私，沒有邊鎮軍官的配合是絕對不可能完成的，但是就是因為事涉邊鎮，使得朱載坖不得不投鼠忌器，現在大明和土默特部畢竟是和平的，一旦這些邊鎮的軍官得知朝廷要查辦自己，狗急跳牆，不惜點燃大明和土默特部之間的戰火，甚至再出一個趙全，乾脆叛逃到蒙古去，這就麻煩了。
朱載坖不得不慎重對待此事，朱載坖召集各位參讚軍務大臣，就是來商量此事的，既要嚴辦此案，又要保證山西的穩定，這是朱載坖要做的事情。
李春芳等人認為，現在是隱瞞不了的，京師這邊已經案發了，朱載坖大肆查辦此案的消息也早就傳出去了，山西那邊恐怕已經早就知道的，再隱瞞已經是沒有任何必要的事情，朝廷要大張旗鼓的查辦此案，以威臨之才行。
朱載坖和重臣們商量之後，決定派遣重臣以巡視九邊的名義前往山西查辦本案，朱載坖決定派遣文淵閣大學士張四維和潞國公馬芳前往山西，張四維就不說了，他是山西大族，不僅在熟悉山西的情況，而且在當地頗有聲望，馬芳在宣大山西三鎮威名素著，有他們兩人，至少可以保證山西三鎮的穩定。
當然，朱載坖也沒把希望完全寄托在張四維和馬芳身上，萬一真的有那種鋌而走險的人，朝廷也必須有足夠的兵力予以應對，朱載坖將三千營二萬精騎全部調給馬芳指揮，以防不測，錦衣親軍都指揮僉事劉守有也親赴山西，將錦衣親近的內鬼揪出來送南鎮撫司嚴辦。
除了這些，原山西鎮守太監也被調回京師，交東廠嚴審，除了這些之外，朱載坖決定對宣大山西的提督總兵都予以更易，延綏總兵黑春，升任提督宣大山西軍務，三千營副將哱拜暫代山西鎮總兵，京衛都指揮僉事李如鬆暫代大同鎮總兵，薊鎮副將，英國公世子張元功暫代宣府鎮總兵。
同時原任翰林侍讀學士兼河間知府王錫爵，升任右僉都禦史巡撫山西，原直隸按察使沈煉調任山西按察使，朱載坖還派人密令總督宣大鄭洛，要他加強戒備，嚴防生變。
在和參讚軍務大臣商量好了之後，朱載坖發布詔書，遣文淵閣大學士張四維、潞國公馬芳巡視九邊，賜天子劍假節鉞。
隨後還發布了對於宣大山西等處官員將領的調整，除此之外，朱載坖還召見內閣輔臣和吏部尚書張瀚，要求吏部提前選拔一批德才兼備的官員，準備應對山西可能出現的官缺問題。
除了吏部之外，朱載坖還召見了禮部尚書陸樹聲，要求禮部遣使土默特部，要求把漢那吉等人不得接納從大明叛逃的人，發現有從大明叛逃的人，要及時送回大明。
做好了這些準備之後，朱載坖召見了參讚軍務大臣、提督薊遼軍務戚繼光，朱載坖交給戚繼光一個任務，就是組織京營、親軍諸衛、班操京軍和薊鎮、遼東、宣府的官軍，在京師附近展開規模浩大的操演，展示朝廷的武力，以震懾心懷不軌的人。
朱載坖很清楚，宣大三鎮這次的事情不會小，一大批軍官可能要被懲處，宣大可能會陷入短暫的混亂之中，越是在這個時候，朝廷越要展示實力，使那些心懷不軌的人不敢妄動。
戚繼光當即領命去準備了，召見了戚繼光之後，朱載坖還召見了國子武學祭酒順寧侯俞大猷，詢問現在國子武學的生員情況，他們能否勝任帶兵打仗的任務，第一批國子武學的生員已經在國子武學學習了三年了，俞大猷認為他們已經具備了擔任百戶級軍官的能力。
朱載坖要求俞大猷率領這批國子武學的生員參加操演，其中表現優異的，給百戶，其餘給十百戶，準備充實京營和宣大山西等鎮的官軍。
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