對於朱載坖來說，水利和道路橋梁確實是非常重要的事情，不過側重點不同，現在徐州的利國監重新開始煉鐵，相應的水泥等工場也已經開始興修了，朝廷的南直等處也擁有了大型的重工業基地了，隨著新的考成則例頒布，道路的營建，水利的興修都被列入這些官員的考成中，尤其是朝廷要求營建常平倉和備荒倉的詔書下達之後，各地的官員們都紛紛要求在本地興修常平倉和備荒倉。
考慮到朝廷的財力和地方的實際情況，朱載坖決定分門彆類的采取措施，九邊還有陝西、河南、山西、遼東等處的常平倉、備荒倉還有京通倉等，由朝廷撥款修築，而其他地方的常平倉、備荒倉由地方籌措經費，朝廷予以補助的形式興工。
水利設施也是如此，在東南富庶地方，朝廷、地方、民間三方共同出資，興修水利，而在黃河、淮河沿線，河南、北直隸、湖廣等省份，由朝廷撥款興修水利，朱載坖為什麼單獨將這幾個省份列出來由朝廷興工，直隸、河南是由於本身相對經濟較差，地方官府沒有足夠的錢糧來興修水利，必須由朝廷撥款來興修水利。
同時這幾個地方都是受水旱災害影響較大的地方，朝廷必須投入資金，以預防水旱災害，減少可能出現的流民，而對於湖廣的水利投入則是為了未雨綢繆，保證大明的糧食供應，雖然現在大明從暹羅、緬甸等處可以獲得大量的廉價糧食，但是朱載坖很清楚，湖廣作為大明未來的糧倉，地位是非常重要的。
原本不管是大明還是朝廷，都依賴東南的糧食，即所謂的蘇常熟，天下足，但是現在已經發生了變化，江南地區農業經濟發生了結構性改變，糧食種植不再占據絕大部分，棉、桑之種植與經營逐漸占據更大的比例，使得該地區的糧食耕種麵積亦大大縮水。用於種植棉花之土地增多，也推動了棉紡織業、絲織業之迅猛發展。
但是朱載坖很清楚，糧食的重要性，而肥沃的江漢平原就是大明的新糧倉，湖廣地區亦坐擁長江運輸之便利，輸送無礙，但是朝廷要想使得江漢平原成為大明的糧倉，就必須大興水利，保障湖廣的農業生產，同時排除湖廣農業生產中的各種不利因素，所以朱載坖專門向湖廣投入巨資，興修水利。
道路也是一樣的，朝廷必須有所輕重，現在對於朝廷來說，重要的道路主要是幾條，第一是通往九邊各鎮的道路，從京師經三屯營、薊州、遵化到遼東的道路，還有就是從京師經薊鎮到大寧鎮的道路，遼東鎮到大寧鎮的道路，京師到宣府、山西、大同等鎮的道路。
還有京師到鄭州然後往西安再向三邊去的道路，這些都是朝廷立即要辦，重點要修築的道路，除此之外，還有與運河平行的道路，就是從京師經北直隸、山東然後一直到南直隸徐州、淮安、揚州的道路，這也是非常重要的，除了道路之外，重要的就是橋梁的，對於陸路交通而言，橋梁是最關鍵的節點，所以朱載坖準備大修橋梁，以加強整個大明的道路交通，提高朝廷對於地方掌控能力。
而東南水運更加便利，所以可以暫時不急，把重點放在九邊和河南、山東、北直隸以及南直隸的徐州、淮安、揚州三府。
對於戶部的預算，朱載坖基本上予以同意，批準了相關的預算，要求相應的工程儘快開工。
而到了開衙之後，朱載坖最關心的事情就是對倭國的用兵了，因為現在倭國的局勢瞬息萬變，朱載坖擔心失去這個機會，所以一開衙，朱載坖就命令理藩院傳令朝鮮，在釜山等港口興建倉庫，用以囤積大明官軍的輜重糧秣，同時北洋水師也準備和王直的船隊配合，奪取對馬海峽的製海權，打通從天津經遼東、朝鮮對馬海峽到倭國越後的航路。
同時提前偵查一下佐渡島上的情況，為大明官軍的行動偵查情報。而對於吳惟忠、李如鬆兩人的具體名號，朱載坖也和群臣們商量了多次，一開始朱載坖原本準備給征倭大將軍印信，但是遭到了重臣的一致反對，一來是大將軍乃是重號，一向不輕授，大明有大將軍名號的，正常也就是征虜大將軍，征倭用大將軍顯然有些言過其實了，說白了，就是群臣們認為，倭國配不上。
還有其他的原因就是大明隻是駐軍越後，要是用征倭名號的話，未免有些打草驚蛇了，而且吳惟忠的資曆也遠遠夠不上大將軍的資格，所以征倭大將軍和征倭將軍都不可行。
李春芳認為乾脆叫鎮東將軍比較好，四征四鎮都是將軍重號，而鎮更加傾向於防禦，可以麻痹倭國，但是朱載坖不想用鎮，朱載坖更傾向於用征東將軍，明白震懾倭人，所以經過朱載坖和重臣們的一番拉鋸之後，朱載坖下詔，任命吳惟忠為右軍都督府都督同知、征東將軍、提督備倭水陸軍務事，任命李如鬆為右軍都督府都督僉事、征東前鋒將軍、備倭總兵官，認為陳璘為右軍都督府都督僉事、伏波將軍、提督北洋水師兼備倭水師總兵官。
詔書下達之後，朱載坖命令禮部鑄給印信，同時升蔣洲為錦衣親軍指揮僉事署征東副將軍參讚機務，讚畫軍機，曹國公世子李言恭升錦衣親軍指揮同知，征東副將軍參讚機務、讚畫軍機，賜征東將軍吳惟忠天子劍。
而李春芳則認為照慣例應該派遣文官監軍，同時推薦兵部左侍郎提督海關總署徐渭，朱載坖也認為徐渭確實合適，但是徐渭已經五十七歲了，年紀不小，但是沒有想到第二天徐渭就主動上疏請求赴倭國。
朱載坖於是下詔，升徐渭為兵部尚書兼右都禦史，經略朝鮮倭國等處軍務事，持節假節鉞賜王命旗牌。
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