朱載坖在文華殿和太子批閱這些奏疏，朱載坖問道：“太子怎麼看此事？”
朱翊釴的想法倒是令朱載坖有些詫異，朱翊釴認為，兀良哈求貢，可以允許，但是不能允許圖們汗求貢，朱翊釴的理由是兀良哈的住牧地離大明的遼東和大寧兩鎮很近，雖然兀良哈三衛時降時叛，但是隻要大明強大，兀良哈是不敢輕舉妄動的，而且若是大明將兀良哈部和圖們汗的通貢都予以拒絕的話，難免使得兀良哈和土蠻走的更近，本來兀良哈和土蠻就很親近，這樣一來豈不是將兀良哈部推向土蠻嗎？
所以朱翊釴認為，不能將兀良哈部和土蠻同時拒絕了，要拉攏兀良哈爾拒絕土蠻，這樣的話，可以讓兀良哈威大明邊鎮的藩籬，同時使得兀良哈部不會倒向土蠻，對蒙古人采取分化瓦解的辦法。朱翊釴的這個想法是很合朱載坖的胃口的，大明對於蒙古，不僅是要采取軍事手段予以征討，各種政治謀略也要使用，對於蒙古人，不僅要征討，也要予以分化，各個擊破。
朱載坖很清楚，不能一味的使用武力，大明的軍隊是有限的，現在遼東的土蠻和兀良哈、宣大的土默特部、三邊的鄂爾多斯部和瓦剌，對於大明來說，對於其中勢力強大對大明不恭順的要予以征討，但是對於其他的部落，該懷柔的還是要予以懷柔。
尤其是現在的當口，大明主要是要解決俺答死後土默特的問題，而且西域那邊也不消停，瓦剌的和碩特南進西域中部，在西域大肆擴張，甚至準備將手往青海伸，這是朱載坖決不能容許的事情，所以朱載坖認為，現在薊遼方向不宜大動乾戈，以安靜為主，鎮之以靜。
等到朝廷將土默特處理好了之後再說，朱載坖於是再次召集廷議，商量此事，大部分的朝臣都認為，對於圖們汗要求和俺答享受一樣的待遇，不能允許，而且經譚綸等邊鎮總督、大將們的上疏，不少臣子們也認為圖們汗所圖甚大，恐怕有詐，對於圖們汗的要求，一概予以拒絕。
而對於兀良哈部，大家的態度就是並不一致了，兵部尚書汪道昆、潞國公馬芳、玄菟侯李成梁等人認為，兀良哈素無信義，時降時叛，不能信任，對於兀良哈的要求，應當予以拒絕。
但是內閣首輔李春芳、顧問谘詢大臣高拱等人認為，兀良哈和其他的蒙古部落是有區彆的，畢竟兀良哈市屬夷，是大明的臣屬，儘管兀良哈經常背叛大明，但是大明已經進行了征討，也算是施加了懲罰，若是大明再拒絕通貢，就是將兀良哈往土蠻那邊推，變相的增加土蠻的力量，這是不可取的，他們認為，對於兀良哈，可以恢複通貢，但是之前的賞撫要予以全部取消，兀良哈部要向從大明手中獲取賞賜，要麼是向大明提供情報，尤其是有關女真人和土蠻部的情報，要麼就是隨同大明官軍出征，斬獲首級，換取賞賜，除此兩種情況之外，不能濫施賞賜。
朱載坖支持了李春芳和高拱的意見，下旨拒絕圖們汗的求貢，同時準允兀良哈部通貢，但是嚴格限製通貢的規模，隻允許大寧鎮一口通貢，不準其在索要賞撫之類的東西。
朱載坖處理了這些事情，就開始處理北直隸的屯墾問題了，隨著北直隸的水利興修了之後，戶科給事中徐貞明之前曾經上疏建議在北方興修水利,推廣種稻。朱載坖對此事很重視，將徐貞明的奏疏轉發給順天巡撫申時行，要求他在北直隸試行，看能否在北方種植水稻。
申時行在永平府種植水稻，取得了成功，但是卻被很多官員上疏彈劾，而且朱載坖發現彈劾申時行的還多是北直隸出身的官員，朱載坖一下子警惕起來了，事出反常必有妖，朱載坖一麵命令陸繹和馮保密查此事，一麵召見了內閣首輔李春芳和東閣大學士潘晟。
朱載坖將這些彈劾申時行的奏疏給兩位閣臣們看了之後問道：“這北直隸出身的官吏紛紛上疏彈劾申時行，這可有些奇怪啊！”
這事確實蹊蹺的很，按說申時行此舉是為了發展北直隸的農業，改善當地的經濟條件，使的百姓們能夠多收一些糧食，這是善政啊，這彈劾確實是蹊蹺的很，所以朱載坖召見了李春芳和潘晟兩人，因為他們都是南方人，麵對朱載坖的這個問題，兩位閣臣們都是苦笑。
李春芳為朱載坖解釋了其中的緣由，說白了，就是因當地民眾憚於力作，而北方貴勢之家擔心他們的大量荒閒土地，因修水利之後失去蘆葦薪蕩之利，還要像江南一樣交納賦稅，所以極力反對，堅決不允許在北方興修水利，推廣水稻的種植。
朱載坖明白了其中的意思，說一千道一萬，就是為了利益，因為朝廷征收田賦，按照土地的肥瘦，由不同的征收比例，也就是所謂的科則，東南為什麼賦稅重，就是因為科則重，平攤下來，東南八府的科則是很重的，鬆江府每畝2鬥一升，蘇州2鬥，常州一鬥三升，數倍於北方的科則。
而北方的科則本來就是比南方輕很多，這些被豪強官僚所占的所謂蘆葦地的科則更是極少，按照朝廷規定，這種蘆葦地上等每畝征銀三分或錢三十文，中等征銀二分或錢二十文，下等征銀一分或錢十文，基本上等於免稅，這本來是朝廷為了舒緩民力的善政，但是在實際執行過程中變成了豪強地主巧取豪奪的辦法。
他們以各種形式將這些土地弄到手，然後租佃給百姓耕種，向百姓收取地租，往往高達兩鬥左右，簡直是無本的買賣，現在徐貞明和申時行準備在北方興修水利，推廣水稻種植，那豈不是壞了他們的大事，一旦朝廷大麵積推廣水稻種植，原本的科則肯定會被修改提高，這等於是在從這些地主身上割肉，他們怎麼能答應啊！
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