除了此事之外，朱載坖還要做的就是對於總督和巡撫轄區以及權力分配的問題，不過在做這個事情之前，朱載坖首先要處理的是北方了行政區劃問題，之前朝廷在寧夏和河套地區，隻有都司衛所，並沒有設立相應的地方管理機構，這樣就不利於朝廷開展移民實邊的行動。
朱載坖和內閣、練兵軍務處、吏部、兵部、五軍都督府等衙門會商之後，決定將原來的陝西行都司予以拆分，對於原來的陝西行都司，部分衛所劃歸寧夏，新成立寧夏都司，同時設立寧夏布政使司，加司農少卿徐貞明為右僉都禦史巡撫寧夏，同時負責對於河套的開發。
而剩餘的衛所則和蘭州的府縣新成立甘肅都司和甘肅布政使司，加強朝廷對於西北的控製，同時為肅清海虜做好準備，朱載坖準備下一步就是收拾這些海虜。
除此之外就是湖廣的問題，朱載坖為此專門召集重臣，商量此事，朱載坖召集內閣輔臣和吏部、戶部的堂官，商量對於湖廣進行分治的事情，單獨作為一個省的湖廣，確實是過於大，現在的湖廣，轄有勳陽府、德安府、黃州府、漢陽府、承天府、武昌府、施州衛、荊州府、嶽州府、常德府、長沙府、辰州府、寶慶府、永州府、衡州府、郴州、靖州，比之南直隸地域更大，而且轄區內情況複雜。
湖廣的勳陽府，是有大量北方來的流民，湖廣的南部，則是有大量的土司，僅僅依靠一個巡撫，是顯然無法處理這些事情，所以朱載坖在和重臣們商量了之後決定，以洞庭湖為界，將湖廣析分。
湖廣的北部勳陽府、襄陽府、德安府、黃州府、荊州府、承天府、漢陽府、武昌府和施州衛析分設置湖北布政使司，同時設立湖北總兵即原來的武昌鎮。
而洞庭湖的南部嶽州府、常德府、長沙府、辰州府、寶慶府、永州府、衡州府、靖州、郴州和保靖州宣慰司析分設置湖南布政使司，同時將原本的長沙鎮改稱湖南總兵，同時設立相關的按察使司等衙門，對於朱載坖來說，湖南湖北兩個省要采取不同的管理辦法。
對於湖北來說，交通方便，而且與南直隸相鄰，重點開發江漢平原，將江漢平原變成朝廷的糧倉，同時利用長江水道的運輸能力，轉運糧食。
而湖南則是主要以安定地方，與江西等地加強聯係為主，朝廷的重點當然是在湖北，尤其是江漢平原，所以朱載坖要內閣嚴令湖廣總督勞堪，在湖廣，尤其是湖北厲行清丈田畝和人丁，同時大力興修水利設施，使得江漢平原成為大明的新糧倉，為了保證江漢平原的糧食產量，朱載坖命令即便是實行一條鞭法之後，湖北仍舊要征收很高比例的本色，同時司農寺也要在湖北收儲糧食，通過水路和陸路轉運。
除了湖廣之外，朱載坖開始正式思考南直隸的問題，和湖廣一樣，南直隸也是地域廣大，而且差距極大的地方，蘇鬆、南京是大明最富庶的地方，而北邊的中都鳳陽卻極為貧困，這使得朱載坖早就有了析分南直隸的想法。
當朱載坖把這個想法和首輔張居正說了之後，張居正向朱載坖說道：“陛下，析分南直隸其實前代也有言，對於這些議論，當事者多以為不可。”
朱載坖於是詢問原因，張居正也向朱載坖解釋了原因，因為南直隸其下轄蘇州、鬆江等地富庶非凡，南京與蘇州共領絲織業風騷，揚州鹽業轉運，徐州軍事重地，鳳陽龍脈之地，南直隸之重要，可見一斑。南直隸之強，主要體現在經濟實力的強大上，比較南方地區的賦稅，南直隸是第二名浙江的2.63倍，其賦稅總額占全國賦稅的三分之一，足見經濟實力之強。
更加重要的是，對於大明來說，南直隸不僅僅是經濟重地，財賦重心，對於大明來說，更加重要的是南直隸有著很特殊的政治地位，在南直隸境內，有大明的留都南京應天府和中都鳳陽府，如果一定要析分南直隸的話，要麼將南京和鳳陽排除在外，要麼就以南京和鳳陽建立各自的行政區。
但是無論怎麼建立，似乎都解決不了南京的問題，其實歸根到底，南直隸難以拆分的問題就在於南京的地位比較特殊，對於大明來說，南京地位是很特殊的，不僅僅是留都的問題，更重要的是南京還有一整套的朝廷班子，這就使得南京的地位很尷尬了。
不同於中都，雖然鳳陽府是大明的中都，但是鳳陽沒有任何的朝廷衙門，日後就算是朝廷以鳳陽為省會單設一省的，布按都司等衙門就可以設置在鳳陽府。
但是南京就不同了，如果在南京建省的話，該省的布按都司等衙署怎麼安置就是一個很大的問題，如果安置在南京，那麼南京六部對這些衙門有沒有管理權，應該如何管理？
現在的南直隸巡撫就不駐南京，一般是在鎮江和蘇州有巡撫衙署，就是為了避免和南京六部產生衝突，與之相對應的就是北直隸，北直隸的布按燈衙門也不駐京師，在保定府，所以在沒有解決這個問題之前，析分南直隸是很難的。
但是朱載坖要析分南直隸的決心已定，因為現在的南直隸實在是太過於大而繁雜了，蘇鬆等地是大明的經濟重心，兩淮鹽場是大明鹽政的重心，還有運河等一係列事務，南直隸實在是事務太多，還有祖陵、孝陵、南京六部等事項，實在是事務繁忙，雖然朝廷設置了浙直總督，但是浙直總督的主要工作還是管理南直隸的事務，對於浙江是無暇管理的。
為了使得朝廷的總督區劃更加合理，朱載坖命令張居正考慮析分南直隸，這樣一來，原本的南直單獨成為一個總督轄區，閩浙成為一個總督轄區，就更加合理了。
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