而奉詔抵達京師活佛索南加措已經和禮部開始接洽的，朱載坖之所以召見他，主要是為了利用他在青藏地區巨大的影響力，來幫助朝廷穩定青海，其實在朱載坖肅清海虜的時候，整個朝堂之上對於朝廷經略青海都是很有意見的，很多臣子們認為，經略青海隻不過是徒費錢糧罷了，青海對於大明短時間內並不能帶來很大的利益，隻不過是為了朱載坖成就所謂霸業的添頭罷了，對於這種說法，朱載坖不屑一顧。
誠然，青海之前一直不被朝廷重視，主要原因在於青藏高原海拔太高，並且物產匱乏，不利於駐軍，並且，還會增加朝廷的財政負擔。畢竟，朝廷也要考慮成本問題。但是青海是交通要道，四川、西藏、西域、蒙古，對於大明來說，青海的位置何其重要？已經是不言而喻了。
朝廷隻要控製了青海，使得青海從此與西藏的聯係減弱，成為中原溝通西藏、新疆最重要的通道，從此西藏、新疆、川滇等地一旦有變，則朝廷大軍可立至！這是朱載坖所最看重的事情，朝廷可以以青海為跳板，經略西域和西藏，假以時日，可以將青藏都納入大明的版圖之中。這是這些臣子們所不能理解的。
朱載坖在索南加措到來之前，已經先召見了閣部重臣和禮部尚書徐學謨了，對於這個和索南加措的商談，朱載坖雖然不會親自出麵，但是仍舊是非常之重視的，朱載坖很清楚，索南加措是一把雙刃劍，用的好了確實是能夠幫助朝廷穩定青海，但是若是用的不好，反而會遺禍子孫，這其中的分寸，要謹慎拿捏才行啊。
朱載坖問道：“張閣老，內閣對於此事有什麼看法？”
朱載坖首先詢問張居正和內閣輔臣對於此事的意見，對於怎麼樣用索南加措幫助朝廷安定青海，內閣的意思是要利用索南加措在當地的影響力，幫助朝廷安撫當地的百姓，同時加以教化，但是要嚴防宗教勢力的擴大，尤其是寺院把持地方政務，是要嚴厲禁止的，要限製寺院僧人數量，不準寺院私藏軍器等物，將寺院置於朝廷的控製之下。
對於內閣的這個看法朱載坖大體上是認同的，但是朱載坖也很清楚，青海地域廣大，有些地方，朝廷未必能夠管的住，尤其是青海靠近西藏的地方，這些地方朝廷還是要借重於索南加措和他背後的格魯派的。
朱載坖略一思考之後說道：“這樣吧，在青海的極邊之地，尤其是靠近烏斯藏的地方，可以劃給活佛管理，同時朝廷要冊封活佛為法王，將這些地方封為法王的教化地，但是青海，是大明的青海，這點他索南加措要明白，朕給他才是他的，朕不給的，他不能搶！青海必須實行改土歸流，朝廷要設置州縣，同時對青海的行政區劃，也要加以詳細的規劃，將靠近四川的劃給四川，靠近雲南的劃給雲南，以減輕青海本省的壓力。”
對於索南加措，朱載坖準備兩手並用，現在朝廷要倚重他穩定青海，所以必須要給予他一些好處，但是決不能使得索南加措的力量過於擴大，影響到朝廷在青海的統治，對於青海，要堅決的實行改土歸流，朱載坖之所以派李成梁統兵肅清青海，就是認為他是一把好刀，李成梁不怕殺戮，隻怕人頭不夠多，之前是朱載坖強行命令李成梁不得濫殺的，現在對於仍舊留在青海，但是卻不想服從朝廷的管理的這些人，那就隻有剿滅一個辦法了，朱載坖對於這些人沒有任何心慈手軟的想法，必須要讓李成梁殺到他們喪膽才行。
安排好了這些事情之後，朱載坖和太子朱翊釴在文華殿內商量事情，對於朱載坖來說，他很清楚，經略西藏、西域，不是朱載坖一個人就能夠解決的事情，是要大明數代君王，一代接一代的完成的事情，朱載坖能夠做的就是為後世之君們打好基礎，給他們以經略西域、西藏的基礎。
朱載坖問道：“太子熟讀經史，你說說看漢唐為什麼要不遺餘力的經略西域、烏斯藏，而自宋以後，卻沒有如此作？”
麵對朱載坖的這個問題，朱翊釴思索良久，向朱載坖陳述了自己的看法，朱翊釴認為，漢唐之所以要積極經略西域和烏斯藏，主要有兩個原因，一方麵是為了斷絕草原勢力的物資來源。每當中原同草原的貿易出現問題，很多遊牧勢力就更加需要從西域的定居城市來獲得糧食和普通手工業產品。單個西域城市的規模有限，但數個相加還是有著可觀的生產力。他們也通過貿易，獲得了各種內亞與中原的物資產出。草原霸主們完全可以通過當地商團，進口到他們不方便直接采購的貨物。
另一方麵是為了給自己開拓一條去中亞的通道。因為草原霸權勢力，往往可以控製七河流域到鄂爾多斯地區的漫長商路，而中原的政權卻無力觸及。因此，很多王朝還是需要走河西走廊到西域，才可能打通去中亞的路線。同時漢唐的統治重心都在關中，西域和烏斯藏對於關中的安全是非常的重要的，唐代之時，吐蕃強大甚至能夠直接攻陷長安，所以漢唐對於西域和烏斯藏是十分重視的。
而本朝的情況又有所不同，本朝起於淮泗，無論是南京還是京師與烏斯藏和西域都實在是太遠了，在大明建立的時候，當時的西域西部已經存在著比較強大的察合台汗國。這麼一個有較大體量和實力的國家存在，實力遠遠勝過幾個西域城邦。
至於當時的西域東部，還有蒙古勢力留下的兩個地方政權吐魯番與哈密。他們都加入了大明的朝貢國體係，不可能成為軍事威脅。相反，他們會積極的保持商路暢通，確保有商隊經過，拉動國內經濟。這樣大明就更沒有動力去出兵西域了。