對於潘季馴的看法，朱載坖是支持的，大明的橋梁技術要有所發展，就必須要不斷的嘗試，而且潘季馴也做了詳細的計劃，朱載坖認為完全值得一試，但是除了技術上的問題之外，內閣關心的還有就是造價問題，修築直道本來就是一項耗資極為巨大的事情，再加上大規模的整修橋梁的話，會使得整個直道的造價進一步提升，這是內閣必須要關注的事情。
據潘季馴的估算，要想將黃河大橋修建起來，所需要的銀錢大概在四十萬元左右，這個數字可不小了，整個京廣直道上，大大小小的橋梁何止一百了，雖然這些橋梁的規模可能不如黃河大橋的規模大，但是總體算下來所需要的費用也是不菲的，這點是內閣輔臣們所擔憂的。
之前工部也已經核算過了要將北直隸等處的橋梁全部予以翻新所需要的費用，估計在三百萬元以上，如果在加上京廣直道的修築費用，整個工程的開支就將超過兩千萬元，這個數字肯定是極為驚人的，但是朱載坖認為這些費用是合算的，朝廷雖然投入巨資，但是整個北方的交通都得到了極大的改善，不僅僅可以促進當地經濟的發展，也可以節省朝廷的行政成本，這些收益是遠遠比朝廷的投入大的。
內閣輔臣們當然知道道路的修通對於當地的好處，但是張居正看了申時行一眼，申時行出來說道：“陛下，眼下朝廷開支浩大，太倉有些支應不住。”
朱載坖當然明白申時行的意思，就是想要朱載坖動支內帑嗎？朱載坖說道：“內帑自然是可以撥出的，但是需要多少？朕的內帑也不多了。”
其實朱載坖的內帑還是相對比較充裕的，朱載坖每年的內帑收入主要是一百萬的金花銀，還有少府監鑄錢錢息，王直經營貿易所賺取的利潤，還是內官監下屬各個工場的利潤，一年下來，大概在七百萬左右，但是除了宮廷開支之外，禦馬監禁兵、親軍諸衛是由內帑全部供養的，京營和內外官軍的年節賞賜，大小官吏的恩俸等，也是從內帑開支的，所以雖然朱載坖的內帑收入不小，但是開支也不小，每年的結餘也不多，這多多年下來，朱載坖是在內帑存了近兩千萬的結餘，但是那是大明壓箱底的錢，輕易不能動支的。
申時行的意思是從內帑動支八百萬，其中五百萬用於京廣直道的建設，三百萬用於北方橋梁的修建和加固，朱載坖聽了之後，當即予以拒絕，朱載坖說道：“內帑是有一筆銀子，但是主要是為防備天災和用兵所準備的，動支數目過大，一旦有天災或者用兵之事，朝廷如何應對？”
朱載坖的意思是動支四百萬，一半用作京廣直道的建設經費，一半用作北方各省的橋梁修建費用，但是張居正和申時行等人肯定是不乾的，他們據理力爭，認為內帑確實是需要留一筆錢以備不測，但是太倉也需要修一筆銀子以備不時之需，現在朝廷的財政收入雖然是增長了不少，但是開支也極為巨大，戶部的日子並不寬裕，能省一點是一點，雖然他們不知道朱載坖的內帑具體數目有多少，但是肯定是一個極為巨大的數字，所以他們希望朱載坖多出一點。
張居正認為最少也要六百萬才行，張居正說道：“陛下，修築直道和橋梁也是造福百姓的事情，陛下內帑充裕，何妨多出一些呢？”
朱載坖現在像護崽的老貓一樣，對張居正說道：“張師傅從哪裡聽到的風言風語，朕的內帑多嗎？多乎哉？不多矣！”
君臣兩人拉鋸了一番之後，最終以五百萬成交，而除了此事之外，朱載坖還詢問潘季馴是否有精通營建的人才推薦，朱載坖很清楚，潘季馴肩負著治河重任，像修建橋梁這些事情，應該有專人來負責，潘季馴向朱載坖推薦了南京工部營繕司主事葛鏡，他雖然是舉人出身，但是精於營造，尤其是橋梁的營造，朱載坖當即下旨命令召其赴京師來。
同時在營建方式上，朱載坖認為要以鋼筋鐵條加水泥然後再用石塊壘砌，這樣才能夠保證安全承重，朱載坖的要求很簡單，就是不惜物料，務求堅固牢靠，京廣和兩京直道，都是朝廷的交通命脈，絕對不能輕忽的。
除此之外，就是基建工程兵的組建問題，朱載坖之前命令以武功三衛為基礎組建大明的基建工程兵，經過內閣與練兵軍務處、兵部、戶部、工部、五軍都督府等衙門的商議，認為將武功三衛升格為武功都指揮使司，下轄武功前後中左右五衛和武固前後中左右五衛，一共十衛，總員額五萬六千人。
武功都指揮使司隸屬於中軍都督府，由朝廷直接指揮，雖然采用衛所編製，但是武功都指揮使司從軍官到士卒全都是從各衛所和民間招募而來的，享受和鎮協官軍一樣的待遇，作為技術兵種，工程兵在軍中並不鮮見。
自夏朝始，軍隊即有築城設障、架橋修路等工程作業。據《周禮》，西周軍隊中設有"掌固"和"司險"等官職，掌修築城郭溝池及有關防守之事。
春秋戰國時期，保障軍隊作戰行動的工程作業已有相當規模，《六韜》中記載了軍隊中組織工程作業的專職官員的名稱、任務，軍隊行軍時要攜帶的渡河、架橋、築城、設障的器材和進行土木工作業的工具等。指揮管理工程兵的軍官被稱為股肱，六韜中說道：“股肱四人，主任重持難，修溝塹，治壁壘，以備守禦。”
不過大明的武功都指揮使司是第一個成建製的工程兵部隊，主要負責朝廷邊堡、邊牆的營建，重要的橋梁和各種基礎設施的營建，同時作為官軍的一個兵種，一樣要進行軍事訓練，發給火銃甲胄等兵仗，以便在戰區遂行任務。
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