對於朝廷來說，軍隊火器化之後，除了糧餉之外，對於官軍來說，用彈藥裝備等加以製約也是一個重要的辦法，朝廷要對於這些物資予以嚴厲禁榷，保證朝廷對於這些軍需供應的絕對控製，同時在規劃工業發展的時候，也要提前做好規劃，對於涉及到軍工的各種工場，在設置的時候也要充分考慮各種條件。
現在朝廷重點建設的是北直、徐州和遼東三個大型的工業官營工業基地，除此之外，對於廣東、南直等地的民間工場也采取積極扶持的態度，朝廷每年從南直、廣東采購大量的軍器零配件，用以保證朝廷的軍器生產，但是也要嚴厲禁止民間私造軍器，朱載坖命令刑部發布告示，將各種火器也列入管製，對於私自持有朝廷製式火器的，比照持有強弩、甲胄加三等出發，對於火藥和製造火藥所用的硝石、硫磺也要予以禁榷，嚴格管製，私自製造火藥的也要重處。
官軍所用的各種軍器、彈藥，都要嚴格管理，尤其是彈藥，官軍各部參謀司要與統兵大將一道製定年度訓練計劃，官軍每年訓練要消耗多少彈藥，多少彈藥用於儲備準備作戰，然後上報五軍都督府和練兵軍務處，在五軍都督府和練兵軍務處批準之後，將各都司、鎮所需要的彈藥製成表格之後，上陳朱載坖批準之後才下達給兵部，由兵部督促軍器監生產。
除了日常訓練和戰備的彈藥之外，除沿邊沿海的官軍可以多留存一些彈藥之外，其餘各部官軍的多餘彈藥都儲備在朝廷的大型軍資倉庫中，由錦衣親軍負責看守，按照朝廷的指令予以調撥。
除了對於軍器彈藥裝備的控製之外，對於糧餉的控製也是很重要的事情，大明現在的軍糧、軍餉發放仍舊是沿襲之前的形勢，由朝廷轉運給官軍各部，然後在各級軍官們組織下進行軍餉的發放，雖然朝廷也派出了清軍禦史等核實官軍人數，但是朱載坖很清楚，這種軍餉發放方式給了各級軍官以舞弊的空間，官軍中軍官肆意克扣軍餉、吃空餉等現象十分常見，甚至朱載坖可以毫不客氣的說，現在的官軍各部，無論是都司衛所還是鎮協官軍，甚至是京營、親軍諸衛、禦馬監禁兵都有克扣軍餉的事情發生。
朱載坖認為，如果在沿用之前的糧餉供給模式，各種弊端叢生，士卒軍餉被克扣，各級軍官從中上下其手，空餉等情況無法杜絕，還有更加的重要的就是士卒無法對朝廷和皇帝忠誠，畢竟他們的糧餉直接掌握在上級軍官們的手中，不管這些糧餉是怎麼來的，畢竟是經過這些軍官們發給士卒的，所以很多時候士卒們和主帥關係過於密切，這顯然不是朱載坖想要的局麵，糧餉都是民脂民膏，是百姓的膏血，朝廷的供養，要忠君愛國，才是官軍的目的。
所以朱載坖認為要改革官軍的糧餉發放製度，朱載坖說道：“以朕所知，各級將校利心重者不獨以少報多，且扣其褂、糧價等費，層層剝削，所餘無多，此為官軍之大弊也。”
這點確實是大明官軍甚至是前代軍隊的通病，統兵大將將軍中的一切事情全部統管，各級軍官們也是如此，士卒們的一切事物都在主官手中掌握，這就必然導致了在軍餉、軍糧的撥發中弊端叢生，而且很多時候從地方官府撥給官軍就存在所謂的漂沒，而逐級漂沒下來之後，真正到了士卒們手中的軍糧軍餉就極為有些了。
這點不光朱載坖清楚，在坐的重臣們也很清楚，朝廷所撥發的軍糧軍餉，有不少是到了私人的腰包中的，朱載坖認為，要建立完善的後勤製度，分去統兵大將的後勤權力，減少在糧餉發放中的各種舞弊問題。首先就是要在軍中也建立起財政管理部門。
朱載坖決定設立總後勤部，負責大明水陸官軍的糧秣、後勤等事務，設戶部左侍郎署總後勤部一名，負責籌計全軍糧餉、裝服等事；每鎮設立正軍需官1名，負責考察全鎮糧餉、服裝等事，並且兼任後勤司長官；每標設立副軍需官1員，其聽從正軍需官指揮差遣，並獨立負責督理本標糧餉、被服事宜，步馬標軍需官兼管軍械、彈藥等事；每營設置軍需長1員，辦理營一級餉械、被服、後勤各事。
同時在衛所官軍中一樣設立專門負責後勤管理的部門，加強對於後勤的管理，將後勤糧秣等事項從統兵大將處轉移到專門的後勤機關中來，這樣做的目的是使得官軍的使整個後勤管理係統相對獨立。每級軍需官並不受其同級官長節製，同時各級軍需官既受上一級軍需長官的差遣，又對總後勤部負責，在整個後勤體係內相互製約，從而儘可能地避免餉械管理的舞弊行為。
同時厘清後勤部門的權限，朱載坖之前在西苑中詳細思考了整個官軍的後勤體係建設，朱載坖很清楚，要直接由朝廷將軍餉發到每名士卒手上先對還是比較困難的，但是先將完備的後勤體係建立起來倒是相對容易的，首先就是明確官軍後勤部門的職權範圍。
朱載坖在仔細思考之後，將其明確為七點：一.統計、核算官軍各部常年額支、雜支並征戰所需各費。
二.文武員弁、士卒所領軍餉、糧秣、被服、軍器裝備並一切出納軍需銀兩等事。
三.征戰時糧餉輸運、購辦等事。
四.官軍士卒應用糧食、被服及馬匹、芻秣等事。
五.駐守營壘、行軍帳篷及炊爨一切器用等事。
六.官軍各部宿舍、操場、打靶場建築營造等事。
七.各鎮、都司及官軍各部所管之土地、房屋、物件並庫儲等事。
按照這個框架先將官軍的後勤管理體製建立起來，當然要注意的是平時和戰時要進行不同的管理，而且統兵大將和後勤軍官們的權責也要分清楚。
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